En gel bestående av agarose. En slik agarosegel er standard å bruke under DNA-elektroforese.
Agarosegelen blir plassert under vann (en bufferløsning) i et elektroforesekar. DNA-prøvene blir forsiktig lagt til de ulike brønnene ved hjelp av en pipette. Én prøve legges i hver brønn. Elektrodene blir deretter festet og strømkilden skrudd på. Selve bevegelsen av DNA-fragmentene tar vanligvis rundt 30–60 minutter. Hastigheten av DNA-fragmentene er påvirket av tykkelsen på gelen, distansen mellom elektrodene, spenningen og lengden av DNA-fragmentene. Små fragmenter reiser raskere, og dermed lengre.
Elektroforese

Elektroforese er en laboratorieteknikk som ved hjelp av strøm separerer molekyler basert på elektrisk ladning, størrelse og form. Separasjonen kan brukes til å identifisere molekyler og organismer. Elektroforese blir ofte brukt på biomolekyler som peptider, proteiner og nukleinsyrer (DNA og RNA).

Faktaboks

Uttale

elektroforese

Etymologi
av elektro- og gresk -forese ‘å bære’

Teknikken baserer seg på bevegelse av elektrisk ladde molekyler i et elektrisk felt.

Analyse av resultatet til en DNA-elektroforese med UV-lys. Etidiumbromid (EtBr) binder seg inni DNA. UV-lyset på 300nm eksiterer elektronene i EtBr til et høyere energinivå. Elektronene faller tilbake til et lavere energinivå og sender ut fotoner med en bølgelengde på 590nm (rød/oransje).

Bruk

Bildet viser en DNA-elektroforese. To DNA-prøver har blitt lagt til i banene lengst til venstre, og en kjent DNA-standard (med fragmenter av kjent størrelse, kalt en DNA-stige) er i banen lengst til høyre. Brønnene skimtes øverst, og DNA-et har reist nedover. Små fragmenter reiser raskere gjennom gelen enn store, og dermed lengre. Slik separeres fragmentene etter størrelse.
DNA-elektroforese
Lisens: CC BY SA 3.0

Elektroforese brukes innen biokjemi, medisin og molekylærbiologi, både til analyse og til isolering av enkeltkomponenter i en blanding. Analysemetodene kan brukes til å påvise et protein eller et gen i en prøve. I tillegg kan kapillærelektroforese brukes i DNA-sekvensering (Sanger-sekvensering) for artsbestemmelse av de fleste organismer.

Elektroforese av proteiner gir ulike mønstre for forskjellige dyre- og plantearter, også for individer innenfor samme art. Dette brukes innen landbruksforskning til identifikasjon og beskrivelse av planter, og i næringsmiddelkontrollen for å bestemme hvilken dyreart kjøttet kommer fra. I biologisk taksonomi (biologisk systematikk) brukes elektroforese som et ledd i å bestemme slektskapet mellom arter.

Elektroforese kan brukes på flere måter i medisinsk diagnostikk. Enkelte sykdommer fører til spesifikke proteiner i blod og andre kroppsvæsker. Disse proteinene kan påvises gjennom elektroforese for å stille en diagnose. Et annet bruksområde er ved infeksjoner, der gelelektroforese gjør det mulig å påvise virulensgener og Sanger-sekvensering brukes til å bestemme hvilken bakterieart som forårsaker infeksjonen.

Elektroforese er dessuten en viktig metode innen genmodifisering. Det er mulig å lage et stort antall kopier av et spesifikt gen gjennom PCR. Kopiene av dette genet kan isoleres fra alt annet DNA ved hjelp av elektroforese. Gjennom ulike teknikker kan det isolerte genet settes inn i arvestoffet til en organisme (danne GMO) til bruk i forskning eller industriell produksjon.

Metoder

Det finnes flere ulike former for elektroforese. Felles for dem er at analysen foregår i et kar med én elektrode i hver ende. I den ene enden er elektroden negativt ladet (minuspol) og i den andre enden er det positiv ladning (plusspol). Karet inneholder ofte vann som er gjort strømledende ved at det inneholder løste elektrolytter, kjent som en bufferløsning.

I de fleste elektroforeseteknikker brukes et porøst medium i løsningen, vanligvis en gel. Ofte er gelen en tynn rektangulær skive der flere prøver kan settes av ved siden av hverandre, slik at de kan sammenlignes. Forbindelsene som skal separeres, er som regel for små til å kunne ses med det blotte øye, og de må derfor farges eller merkes radioaktivt. På den måten kan mengder på mindre enn én milliondels gram (mikrogram) påvises.

Siden molekylene som skal analyseres har en elektrisk ladning, vil de bevege seg i en bestemt retning når det sendes elektrisk strøm gjennom karet: Positivt ladede molekyler vandrer mot den negative polen, mens negativt ladede vandrer mot den positive polen.

Hvis strømmen er konstant, beveger hver partikkel seg med en egen konstant hastighet. Hastigheten bestemmes av partiklenes ladning, form og størrelse, feltstyrken og løsningens viskositet. Forskjellige partikler vandrer derfor med ulik hastighet og kan skilles fra hverandre basert på hvor langt i feltet de har beveget seg. Slik fungerer elektroforese som et verktøy for separasjon av molekyler og andre partikler i sammensatte blandinger. Molekylene kan identifiseres ved at det tilsettes standarder med kjent størrelse. Disse standardene inneholder komponenter som vil bevege seg med en kjent hastighet, slik at molekylene i prøven kan sammenlignes med disse. Slike standarder må tilsettes i hver enkelt analyse for at resultatet skal være gyldig.

1) For å støpe en gel til elektroforese heller man agarose i et kar. Øverst plasseres en kam. 2) Når gelen er størknet, tar man ut kammen, som etterlater brønner. 3) Brønnene fylles med prøvemateriale. Brønnen til venstre fylles med et kjent materiale som man kjenner hastigheten til. 4) Man setter spenning på gelen. 5) Etter noe tid har prøvene vandret nedover gelen og danner ulike bånd. 6) Båndene i brønn 2 og 3 avleses mot båndene i den kjente «DNA-stigen».

Av .
Lisens: CC BY 4.0

Gelelektroforese

DNA-elektroforese skiller DNA-fragmenter av ulik lengde. Øverst i bildet ses brønner i gelen der DNA-et legges ned. Fragmentene vandrer nedover gelen under påvirkning av et elektrisk felt. De større DNA-fragmentene bruker lenger tid gjennom gelen enn de mindre, og over tid blir de ulike fragmentene sortert etter størrelse. Fragmentene er som oftest oppkopiert i store antall ved hjelp av PCR. DNA-et er i dette tilfellet hentet fra honningbier, Apis mellifera.
Gelelektroforese av DNA-fragmenter
Av /Shutterstock.

Den vanligste teknikken er elektroforese i en gel i et konstant elektrisk felt. Dette brukes blant annet i analyse av nukleinsyrer (DNA/RNA). I porøse geler med små porer skilles DNA-fragmenter svært godt etter størrelse. Ved å behandle DNA-et med etidiumbromid (eller et tryggere alternativ) og eksponere gelen for UV-lys, vil man kunne se DNA-båndene med det blotte øye.

Pulsfeltelektroforese

Pulsfeltelektroforese er elektroforese i gel der molekylene periodisk blir tvunget til å forandre retning. Store DNA-molekyler (>50 000 basepar) er vanligvis vanskelig å separere i en vanlig gelelektroforese, men ved periodisk å endre retningen på strømmen, er det mulig å separere enorme DNA-molekyler (>10 000 000 basepar). Denne økte separeringsevnen brukes blant annet til å kartlegge menneskets kromosomer.

Ved en vanlig gelelektroforese er strømretningen konstant, men i dette tilfellet av pulsfeltelektroforese endres retningen periodisk med 60 grader.
Gelelektroforese og pulsfeltelektroforese
Lisens: CC BY NC SA 3.0

SDS-elektroforese

SDS-elektroforese brukes til å bestemme molekylvekten til proteiner. Her utføres elektroforesen i gelmediet med negativt ladede såpemolekyler (SDS: natriumdodekylsulfat) som bindes til proteinene og gir dem en enhetlig ladning, slik at det bare er størrelsen som bestemmer vandringshastigheten. Denne metoden kan også brukes til å skille hydrofobe proteiner. Gelmediet består vanligvis av polyakrylamid.

Ved SDS-elektroforese er gelen plassert vertikalt inni et glassbur. Proteinene beveger seg nedover.
SDS-elektroforese
Lisens: CC BY NC SA 3.0

Isoelektrisk fokusering

Aminosyrer og proteiner har både positive og negative ladninger, men alle har en spesifikk pH-verdi der molekylet totalt sett er elektrisk nøytralt, noe som betyr at det har like mange positive og negative ladninger i molekylet.

Isoelektrisk fokusering er en elektroforesemetode som utføres med en pH-gradient. Proteiner eller aminosyrer vil bevege seg i det elektriske feltet til de når det området med en spesifikk pH som gjør dem nøytrale, det isoelektriske punktet.

Kapillærelektroforese

Serumelektroforese er når man gjør elektroforese på proteinene i blodserum. Resultatet kan se ut omtrent som dette. Den horisontale aksen viser avstanden mellom den positive og den negative elektroden. Proteinenes vandring starter ved den negative siden og vandrer mot den positive. Arealet under den røde kurven viser hvor mye protein som er til stede. I illustrasjonen er alfa-1 (α1) og -2 (α2), beta (β) og gamma (γ) markert. Prealbumin ligger foran albumin i et elektroforesemønsteret og vises ikke i figuren.

Av /Store medisinske leksikon ※.

Kapillærelektroforese er en teknikk som brukes for å analysere spormengder av blant annet aminosyrer og fettsyrer, men også til Sanger-sekvensering. Teknikken bruker små, tynne kapillarrør av kvarts som enten kan være fylt med bufferløsning eller en gel.

Sanger-sekvensering bruker kapillærelektroforese med en gel for å skille DNA-fragmenter. Dette kan bestemme sekvensen av et kort DNA-fragment (opptil 1000 basepar). Det er også mulig å ha en pH-gradient i kapillarrøret og dermed gjennomføre isoelektrisk fokusering.

Ved Sanger-sekvensering føres DNA-molekyler i ulike størrelser gjennom et kapillærrør, der de korteste DNA-fragmentene beveger seg raskest. I forkant er fragmentene kopiert fra én ende av den samme originale DNA-tråden slik at lengden varierer fra ett til tusen basepar. Det ytterste nukleotidet i hvert fragment er merket med et fargestoff som er spesifikt for hvert nukleotid. Til slutt eksiteres fargestoffene av en laser, og emisjonen måles av en sensor. Rekkefølgen av fargestoffene avdekker dermed rekkefølgen av nukleotider fra den analyserte enden av den originale DNA-tråden.
Kapillærelektroforese/Sanger-sekvensering
Lisens: CC BY NC SA 3.0

Todimensjonal gelelektroforese

Todimensjonal gelelektroforese er en teknikk der to prosesser kombineres. For eksempel kan isoelektrisk fokusering brukes i den ene retningen og soneelektroforese vinkelrett på den første retningen. Denne metoden brukes blant annet innen cellebiologi for å kartlegge blandinger av proteiner og peptider i celler. Den kombineres ofte med MALDI-massespektrometri for identifisering av de separerte proteinene.

Les mer i Store norske leksikon

Kommentarer

Kommentarer til artikkelen blir synlig for alle. Ikke skriv inn sensitive opplysninger, for eksempel helseopplysninger. Fagansvarlig eller redaktør svarer når de kan. Det kan ta tid før du får svar.

Du må være logget inn for å kommentere.

eller registrer deg