In questa stagione 2006-2007 la panchina viene affidata al salernitano Raffaele Novelli già allenatore della Squadra Primavera nella Salernitana 2004-2005. Direttore sportivo sarà invece Enrico Coscia, già responsabile del settore giovanile granata ai tempi del presidente Aliberti. La stagione però non parte bene, se si considerano le immediate eliminazioni nelle coppe nazionali: (2-3) a Salerno per il Brescia nella Coppa Italia Nazionale e fuori dalla Coppa Italia di Serie C con lo (0-0) interno ed il (2-0) a Sorrento per i padroni di casa con conseguente eliminazione.
In campionato la squadra granata viene inserita nel girone B della Serie C1. Una sonora sconfitta (4-0) in novembre ad Avellino fa incrinare qualcosa nello spogliatoio, ed il 16 gennaio 2007 dopo la sconfitta (1-0) di Martina Franca, l'allenatore Raffaele Novelli viene sostituito dal tecnico padovano Gianfranco Bellotto, che eredita una squadra al sesto posto della classifica. Pochi giorni dopo anche il D.S. Enrico Coscia rassegna le dimissioni, in polemica col presidente Lombardi. L'allenatore veneto a conti fatti, fa peggio del suo predecessore, ed il campionato dei granata va a chiudersi con un deludente 10º posto, quando invece l'obiettivo stagionale era il ritorno in Serie B, o almeno i Play-off.
^Partita rinviata per l'indisponibilità dello Stadio ternano, e recuperata il 28 marzo 2007.
^Partita rinviata per motivi di ordine pubblico, e recuperata il 10 gennaio 2007.
^Giornata interamente rinviata all'11 marzo 2007, in segno di lutto e condanna per i gravi fatti accaduti il 2 febbraio 2007, al termine di Catania-Palermo.
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