內政部於民國17年4月成立，依「內政部組織法」，設有秘書處及民政司、土地司、警政司、衛生司等1處4司，同年10月國民政府組織法公布，行五院制，內政部直屬行政院，嗣後組織幾經調整，「內政部組織法」於民國38年5月24日經總統修正公布全文29條，設民政司、戶政司、警政司、社會司、勞工司、合作司、總務司、統計處、會計處、人事室等7司2處1室，下轄地政署、衛生署、調查局、中央警官學校等2署1局1學校。嗣後原麻醉藥品經理處、藥品供應處、傷殘重建院改隷內政部，並將人事室擴編為人事處，地政署及衛生署縮編回復地政司及衛生司。 民國38年12月政府遷臺後，內政部為因應政策需要，陸續增設秘書室、役政司、政風處、人口政策委員會、法規委員會、訴願審議委員會、資訊中心、政黨審議委員會、性侵害防治委員會、家庭暴力防治委員會、消防署、建築研究所等單位（機關），警政司擴編為警政署、營建司擴編為營建署、中央警官學校改制為中央警察大學。民國45年4月調查局改隷司法行政部，民國58年藥品供應處裁撤，民國59年傷殘重建院裁撤併入行政院國軍退除役官兵輔導委員會，民國60年3月衛生司擴編為衛生署直隸行政院，麻醉藥品經理處隨同改隸。 民國88年7月配合臺灣省政府功能業務與組織調整，原臺灣省政府民政廳等單位分別併入內政部，並依據行政院民國88年6月28日核定「內政部中部辦公室及臺北第二辦公室設置要點」規定，設置中部辦公室，並設置北區老人之家等14個社政機關及土地測量局、土地重劃工程局2個地政機關。又為因應社會變遷及內政業務持續推展，於民國88年至98年間，成立役政署、空中勤務總隊、入出國及移民署、兒童局及國民年金監理會，並將性侵害防治委員會及家庭暴力防治委員會整併為家庭暴力及性侵害防治委員會，人口政策委員會併入戶政司；土地測量局、土地重劃工程局及北區老人之家等13家社政機構完成法制化，前兩者並更名國土測繪中心及土地重劃工程處。 內政部配合行政院組織調整，民國101年1月1日社會司性別平等業務併入行政院性別平等處，民國102年7月23日社會司福利服務、社會救助、社會保險等業務、國民年金監理會、家庭暴力及性侵害防治委員會、兒童局及北區老人之家等14個社政機關併入或改隷衛生福利部。 至民國104年12月底，內政部設有秘書室、民政司、戶政司、地政司、合作及人民團體司籌備處、總務司、人事處、政風處、會計處、統計處、法規委員會、訴願審議委員會及資訊中心，下轄警政署、營建署、消防署、役政署、移民署、中央警察大學、建築研究所、空中勤務總隊等8個所屬一級機關（構）及學校，以及警政署刑事警察局等35個所屬二級機關（構）及學校。
民國112年6月9日修正公布內政部組織法，行政院定自民國112年9月20日施行。內政部組織調整後，設綜合規劃司、民政司、戶政司、地政司、宗教及禮制司、合作及人民團體司、役政司、資訊服務司等8個業務單位，秘書處、人事處、政風處、會計處、統計處、法制處等6個輔助單位與替代役訓練及管理中心，合計15個內部一級單位。下設警政署、消防署、移民署、國土管理署、國家公園署等5個中央三級機關，建築研究所、空中勤務總隊等2個中央三級機構及中央警察大學。