Na primeira fase, as dez equipes enfrentam-se em turno único, todos contra todos. As oito melhores se classificam para as quartas de final, enquanto os dois últimos colocados são rebaixados. Nas quartas de finas, os oito times disputam os jogos em sistema de ida e volta. Classificam-se para as semifinais os vencedores dos confrontos.
A semifinal e final serão no sistema de ida e volta. No caso de empate em pontos, vale o saldo de gols e, persistindo a igualdade, a decisão de vaga ou título vai para a disputa de pênaltis. O campeão e o vice representarão Mato Grosso na Copa do Brasil de 2020 e o campeão na Copa Verde de 2020. Já os dois melhores colocados ganharão vaga no Série D de 2020.