Op 8 december 2015 maakte Nkunku zijn officiële debuut in het eerste elftal. In een met 2−0 gewonnen UEFA Champions League wedstrijd tegen Sjachtar Donetsk kwam hij drie minuten voor tijd het veld in als vervanger van Lucas Moura.[1] Op 5 maart 2016 maakte hij zijn competitiedebuut met een basisplaats in de thuiswedstrijd tegen Montpellier HSC. Op 7 januari 2017 was Nkunku voor een eerste keer trefzeker, bij een 7–0 zege op SC Bastia in de eerste ronde van de Coupe de France. Hij speelde in de vier seizoenen sinds zijn debuut elk jaar iets meer in het eerste elftal, maar werd nooit een basisspeler. Met Paris Saint-Germain won Nkunku drie keer het Ligue 1, twee keer de Coupe de France, tweemaal de Coupe de la Ligue en drie keer de Trophée des Champions.
Nkunku tekende in juli 2019 een contract tot medio 2024 bij RB Leipzig, de nummer drie van de Bundesliga in het voorgaande seizoen. Dat betaalde €13 miljoen voor hem aan Paris Saint-Germain.[2] Nkunku debuteerde op 11 augustus 2019 voor RB Leipzig in het met 2–3 gewonnen bekerduel tegen VfL Osnabrück. Een week later maakte hij ook zijn competitiedebuut, waarin hij ook trefzeker was: hij zette de 0–4 eindstand tegen Union Berlin, nadat hij na 64 minuten binnen de lijnen kwam voor Timo Werner. Bij een 0–5 overwinning tegen Schalke 04 in februari 2020 werd Nkunku de eerste speler met minstens vier assists in één Bundesliga-wedstrijd sinds Szabolcs Huszti in 2012.[3] In de Champions League bereikte RB Leipzig dat seizoen voor het eerst in de clubgeschiedenis de halve finales van een internationale competitie. In de halve finale tegen Nkunku's voormalige club Paris Saint-Germain verloor RB Leipzig met 0–3 en werd Nkunku bij de rust gewisseld. Gedurende het seizoen 2020/21 bereikte RB Leipzig de finale van de DFB-Pokal. In de finale tegen Borussia Dortmund gaf Nkunku weliswaar de assist bij de treffer van RB Leipzig, maar verloor de club met 1–4. Op 15 september 2021 was Nkunku verantwoordelijk voor alle drie de doelpunten van zijn team bij een 6–3 nederlaag tegen Manchester City. Het was de eerste hattrick in zowel de carrière van Nkunku als de Champions League-clubgeschiedenis van RB Leipzig.[4] Nkunku brak in seizoen 2021/22 definitef door bij Leipzig. Hij speelde in alle 34 competitiewedstrijden, waarvan 31 als basisspeler. Daarbij maakte hij twintig doelpunten. Nkunku won dat jaar ook de DFB-Pokal met Leipzig, de eerste grote prijs in de geschiedenis van de club. Hij maakte het enige doelpunt van zijn team in de finale (1–1 tegen SC Freiburg) en benutte ook de eerste penalty in de beslissende strafschoppenserie (4–2). Nkunku won ook in 2022/23 de DFB-Pokal met Leipzig. Deze keer maakte hij het openingsdoelpunt in de finale, die zijn ploeggenoten en hij met 2–0 wonnen van Eintracht Frankfurt.
Nkunku verruilde RB Leipzig in juli 2023 voor Chelsea, waar hij voor zes jaar tekende. De Engelse club betaalde circa €60.000.000,- voor hem. Dat was het hoogste bedrag dat Leipzig ooit voor een speler ontving.[5]
Nkunku maakte deel uit van verschillende Franse nationale jeugdelftallen. Hij nam met Frankrijk −20 deel aan het WK –20 van 2017. In maart 2022 werd Nkunku voor het eerst door Didier Deschamps opgeroepen voor het eerste elftal, voor de oefenwedstrijden tegen Ivoorkust en Zuid-Afrika. Tegen de eerstgenoemde tegenstander maakte Nkunku op 25 maart 2022 zijn interlanddebuut.