1994년 오이타 트리니티로 창단, 오이타 현, 규슈 리그를 거쳐 아마추어 리그 준우승 자격으로 1996년 일본풋볼리그에 승격했다. 1999년 저작권 문제로 현재의 팀명으로 변경하고 J2에 참가해 2년 연속 3위를 차지했다. 2002년 J2 우승 자격으로 J1으로 승격했다. 2008년 나비스코컵에서 우승하고 리그 4위를 기록하였으나 이듬해 경영난으로 J리그 사무국에 자금 융자를 신청하기에 이르렀고, 이 여파로 최종 순위 17위를 기록하여 다시 강등되었다. 경비 절감을 이유로 주축 선수들을 모두 다른 팀으로 보내고 부사장이었던 황보관 전 감독이 복귀하였다.
2012년 J리그 사무국으로부터 융자받은 3억엔을 모두 갚고 승격 플레이오프에 참가, 교토 상가 FC와 제프 유나이티드를 꺾고 4년 만에 J1으로 재승격을 확정지었다. 그러나 2013년 J1에서 34경기 중 단 2승만을 거두며 18팀 중 최하위인 18위라는 초라한 성적으로 1년만에 J2로 재강등되었다.
2015년에는 J2 22팀 중 21위로 내려앉아 승강 플레이오프까지 몰렸고 같은 해 J3 준우승을 차지한 FC 마치다 젤비아에게 승강 플레이오프에서 2경기 모두 패배하여 J3로 강등되고 말았다. 이는 J리그 역사상 최초로 1부리그를 경험한 팀이 3부리그로 강등된 사례로 기록되었다.
J2리그
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문정식