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Modern Biophysical Chemistry Detection and


Analysis of Biomolecules 2nd Edition Peter Jomo
Walla

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Modern Biophysical
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in a variety of electronic versions)
Peter Jomo Walla

Modern Biophysical Chemistry

Detection and Analysis of Biomolecules

Second, Updated and Expanded Edition


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 2014 Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA,


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To my wonderful wife Uli and my great kids Christian,
Maike, Paul and Johanna
VII

Contents

Foreword to the Second Edition XIII

Introduction 1
What is Biophysical Chemistry? – An Example from Drug
Screening 1

Part One Basic Methods in Biophysical Chemistry 11

1 Basic Optical Principles 13


1.1 Introduction 13
1.2 What Does the Electronic Structure of Molecules Look Like?
Orbitals, Wave Functions and Bonding Interactions 15
1.3 How Does Light Interact with Molecules? Transition Densities
and the Transition Dipole Moment 20
1.4 Absorption Spectra of Molecules in Liquid Environments.
Vibrational Excitation and the Franck–Condon Principle 24
1.5 What Happens After Molecules have Absorbed Light? Fluorescence,
Nonradiative Transitions and the Triplet State 27
1.6 Quantitative Description of all Processes: Quantum Efficiencies,
Kinetics of Excited State Populations and the Jablonski Diagram 33
Problems 38
Bibliography 39

2 Optical Properties of Biomolecules 41


2.1 Introduction 41
2.2 Experimental Determination of Absorption and Fluorescence
Spectra 41
2.3 Optical Properties of Proteins and DNA 45
2.3.1 Intrinsic Absorption and Fluorescence of Amino Acids,
Peptides and Proteins 45
2.3.2 Intrinsic Absorption of Nucleotides, DNA and RNA 47
2.4 Optical Properties of Important Cofactors 49
VIII Contents

2.4.1 Haem 49
2.4.2 Nicotinamide Adenine Dinucleotides 52
2.4.3 Flavins 53
2.4.4 Chlorophylls 54
2.4.5 Carotenoids 56
Problems 58
Bibliography 58

3 Basic Fluorescence Techniques 61


3.1 Introduction 61
3.2 Fluorescent Labelling and Linking Techniques 61
3.2.1 Primary Amino Group Reactive Labels 63
3.2.2 Thiol Group Reactive Labels 64
3.2.3 Avidin–Biotin Techniques 65
3.2.4 His-Tag 66
3.2.5 Thiolinkers and Gold Surfaces 67
3.2.6 Fluorescent Proteins 67
3.3 Fluorescence Detection Techniques 68
3.4 Fluorescence Polarization Anisotropy 70
3.4.1 Principles and Theoretical Background 70
3.4.2 Application Example: Receptor–Ligand Interactions 78
3.4.3 Application Example: Estimation of Molecular Mass 79
3.4.4 Application Example: Enzyme Function and Kinetics 80
3.4.5 Application Example: Enzyme Inhibition, Activation and
Regulation 83
3.5 Förster Resonance Energy Transfer 84
3.5.1 Principles and Theoretical Background 84
3.5.2 Application Examples 90
3.6 Fluorescence Kinetics 93
3.7 Fluorescence Recovery after Photobleaching 98
3.8 Biochemiluminescence 99
Problems 100
Bibliography 103

4 Chiroptical and Scattering Methods 105


4.1 Chiroptical Methods 105
4.1.1 Circular Dichroism (CD) 105
4.1.2 Optical Rotatory Dispersion 107
4.2 Light Scattering 109
4.2.1 Scattering of Light at Molecules Smaller than the Optical
Wavelength 110
4.2.2 Scattering of Light at Particles Equal to or Larger than
the Optical Wavelength 112
4.2.3 Dynamic Light Scattering 115
4.3 Vibrational Spectra of Biomolecules 115
Contents IX

Problems 118
Bibliography 119

5 Magnetic Resonance Techniques 121


5.1 Nuclear Magnetic Resonance of Biomolecules 121
5.1.1 Principles 121
5.1.2 Theoretical Framework 123
5.1.3 Primary Information Deduced from NMR Spectra 125
5.1.4 Pulsed NMR Spectroscopy 126
5.1.5 Two-Dimensional NMR Spectroscopy 130
5.1.6 Correlated Spectroscopy (COSY) 130
5.1.7 Nuclear Overhauser Effect and NOESY Spectra 135
5.1.8 NMR-Based Structural Analysis of Biomolecules 138
5.2 Electron Paramagnetic Resonance 141
Problems 145
Bibliography 147

6 Mass Spectrometry 149


6.1 Introduction 149
6.2 MALDI-TOF 149
6.2.1 Ionization 149
6.2.2 Analyser 152
6.2.3 Detector 153
6.2.4 Signals and Signal Improvements 154
6.3 ESI-MS 156
6.3.1 Ionization 156
6.3.2 Analyser and Detection 158
6.3.3 Signals and Signal Improvements 161
6.4 Structural and Sequence Analysis Using Mass
Spectrometry 163
Problems 164
Bibliography 165

Part Two Advanced Methods in Biophysical Chemistry 167

7 Fluorescence Microscopy 169


7.1 Introduction 169
7.2 Conventional Fluorescence Microscopy 169
7.2.1 Confocal Fluorescence Microscopy 169
7.2.2 Laser Scanning Microscopy 174
7.2.3 Wide-Field Fluorescence Microscopy 174
7.3 Total Internal Reflection Fluorescence Microscopy 176
7.4 Light-Sheet Microscopy 178
Problems 180
Bibliography 181
X Contents

8 Super-Resolution Fluorescence Microscopy 183


8.1 Stimulated Emission Depletion (STED) Microscopy 184
8.2 Photoactivated Localization Microscopy (PALM) and
Stochastic Optical Reconstruction Microscopy (STORM) 187
8.3 3D Super-Resolution Fluorescence Microscopy 190
8.3.1 3D-STED 190
8.3.2 3D-PALM/STORM 191
8.4 Imaging of Live Cells 191
8.4.1 Observation Duration 192
8.4.2 Irradiation Intensity 193
8.4.3 Imaging Depths 194
8.4.4 Labelling Conditions 194
8.5 Multicolour Super-Resolution Fluorescence Microscopy 195
8.6 Structured Illumination Microscopy 195
8.7 SOFI 197
8.8 Final Comparison 199
Problems 201
Bibliography 202

9 Single-Biomolecule Techniques 203


9.1 Introduction 203
9.2 Optical Single-Molecule Detection 203
9.2.1 Application Example 1: Observation of the Rotation of Single
ATPase Complexes 206
9.2.2 Application Example 2: Single-Molecule Observation
of the Elementary Steps of Biomolecular Motors 209
9.3 Fluorescence Correlation Spectroscopy 213
9.3.1 Autocorrelation Analysis and Observable Key Parameters 214
9.3.2 Autocorrelation Analysis, Mathematical Background 220
9.3.3 Quantitative Determination of Important Parameters
from Autocorrelation Curves 221
9.3.3.1 Relationship Between Volume and Molecular Mass of a
Protein and its Diffusion Time 222
9.3.3.2 Two-Dimensional Diffusion and Active Transport 222
9.3.3.3 Mixtures of Fluorescing Particles 223
9.3.4 Further Correlation Effects 224
9.3.5 Cross-Correlation Analysis 226
9.4 Optical Tweezers 230
9.4.1 Theoretical Background 230
9.4.2 Application Examples 236
9.4.2.1 Unfolding of RNA and DNA Hairpins 236
9.4.2.2 RNA Polymerase 238
9.4.2.3 DNA-Polymerase 239
9.5 Atomic Force Microscopy of Biomolecules 240
9.5.1 Principle of an AFM 241
Contents XI

9.5.2 Application Examples 242


9.5.2.1 Unfolding of DNA Hairpins 242
9.5.2.2 Receptor–Ligand Binding Forces 244
9.5.2.3 Protein Unfolding 244
9.6 Patch Clamping 245
9.6.1 Ion Channels 245
9.6.2 Patch Clamp Configurations 246
Problems 250
Bibliography 254

10 Ultrafast- and Nonlinear Spectroscopy 257


10.1 Introduction 257
10.2 Nonlinear Microscopy and Spectroscopy 258
10.2.1 Multiphoton Excitation 258
10.2.2 Advantages and Disadvantages of Two-Photon Excitation
in Fluorescence Microscopy 259
10.2.3 How are Nonlinear Optical Signals Observed From
Biological Samples? 262
10.2.4 Further Distinct Properties and Advantages of Two-Photon
Excitation 263
10.2.5 Wavemixing and Other Nonlinear Optical Techniques 266
10.3 Ultrafast Spectroscopy 270
10.3.1 Pump–Probe Spectroscopy 270
10.3.2 Application Example: Ultrafast Light-Harvesting and Energy
Conversion in Photosynthesis 274
10.3.2.1 Chlorophyll b ® Chlorophyll a ® Reaction Centre Energy Flow 276
10.3.2.2 Carotenoid ® Chlorophyll Energy Flow 278
Problems 280
Bibliography 282

11 DNA Sequencing and Next-Generation Sequencing Methods 285


11.1 Sanger Method 285
11.2 Next-Generation Sequencing Methods 287
11.2.1 Dye Sequencing (Approach I) 289
11.2.2 Sequencing by Ligation, Pyrosequencing and Ion Semiconductor
Sequencing (Approaches II to IV) 292
11.2.2.1 Emulsion PCR 292
11.2.2.2 Sequencing by Ligation (Approach II) 294
11.2.2.3 Pyrosequencing (Approach III) 296
11.2.2.4 Ion Semiconductor Sequencing (Approach IV) 297
11.2.3 Single-Molecule Real-Time Sequencing (Approach V) 299
Problems 300
Bibliography 301

12 Special Techniques 303


12.1 Introduction 303
XII Contents

12.2 Fluorescing Nanoparticles 303


12.3 Surface Plasmon Resonance Detection 308
12.4 DNA Origami 310
12.5 DNA Microarrays 314
12.6 Flow Cytometry 317
12.7 Fluorescence In Situ Hybridization 319
12.8 Microspheres and Nanospheres 320
Problems 321
Bibliography 321

13 Assay Development, Readers and High-Throughput Screening 323


13.1 Introduction 323
13.2 Assay Development and Assay Quality 323
13.3 Microtitre Plates and Fluorescence Readers 326
13.4 Application Example: Drug Discovery and High-Throughput
Screening 332
Problems 336
Bibliography 337

Index 339
XIII

Foreword to the Second Edition

It has now been five years since the first edition of this book entitled “Modern
Biophysical Chemistry” appeared and of course it was high time that this book
was updated with the latest exciting developments that are now established
enough to be included in a text book. As already mentioned in the first edition,
the field of biophysical chemistry is huge, covering aspects of chemistry, biology,
physics and even medicine and so it is not easy to assess which aspects are really
the most important ones that must be included. As for the first edition, I have
tried to make a selection of methods and application examples that contain gen-
eral concepts that also cover the basis for most of the techniques and applica-
tions that are not considered explicitly in the book. Since this selection can be
done in many different ways I ask those who are disappointed that their method
or application is not explicitly included here to excuse me. The goal was a book
that allows a comparatively quick insight to be gained into the very large range
of possibilities provided by modern biophysical chemistry, while still being
detailed enough to use this knowledge for the first steps in actually applying it
for research.
Amongst the important developments of recent years are certainly significant
improvements achieved in DNA sequencing by next-generation methods as well
as super-resolution microscopy that goes beyond the resolution of conventional,
diffraction-limited microscopy. Therefore, these two developments are now rep-
resented by two, entirely new chapters in the book. Also, other new develop-
ments have been included, such as light-sheet microscopy, introduced now in
Chapter 7, and DNA origami techniques in Chapter 12. In addition, new prob-
lems have been added. To further improve the clarity many figures have been
coloured and, in general, we have made major efforts to optimize the clarity and
conciseness throughout the entire book. To help readers focus on the important
equations in all mathematical subjects they are now marked by black boxes
throughout the entire book.
I would like to thank again all persons who helped me to improve the first
edition and of course also those who helped me with the second edition with
their very useful and often essential comments.
Special thanks go to Dr Stefan Bode, Dr Anna Cypionka, Professor Dr Christian
Eggeling, Professor Dr Jörg Enderlein, Dr Jan Frähmcke, Professor Dr Karl-Heinz
XIV Foreword to the Second Edition

Gericke, Matthias Grunwald, Dr Ulrich Haupts, Dr Hendrik Hippchen, Professor


Dr Henrike Heise, Christoph-Peter Holleboom, Chao-Chen Lin, Dr Martin
Michels, Professor Dr Filipp Oesterhelt, Dr Wiebke Pohl, Professor Dr Christoph
Schmidt, Sabrina Schröder, Professor Dr Jakob Sørensen, Professor Dr Dirk
Schwarzer, Dr Michael Teufel, Dr Andreas Volkmer and finally Laura van den
Heuvel. In addition, I especially thank Silke Lubahn for generating most of the
figures in this book and Julia Lüttich for her extremely valuable support through-
out the entire time this second edition was being prepared. Gratitude is also
expressed to Dr Pen-Nan Liao for his assistance with the solutions to the questions
asked in the book. Last, but not least, I would like to thank all persons at Wiley-
VCH who helped with the production of this book and especially Lesley Fenske,
Dr Peter Capper, Mamta Pujari and Dr Frank Weinreich for their patience regarding
my special requests and wishes.

Braunschweig and Göttingen, May 2014


1

Introduction

What is Biophysical Chemistry? – An Example from Drug Screening

Biophysical chemistry is a fascinating field of research because it combines


aspects of chemistry, biology, physics and sometimes even medicine in one
discipline. Owing to this diversity it is difficult to give an exact definition
of biophysical chemistry. In principle, everything in biology or medicine is
based on a chemical or physical foundation. For a physical chemist, one
reasonable definition is ‘Biophysical chemistry is the application of princi-
ples known from physical chemistry to elucidate biomolecular and bio-
chemical questions’. For a biologist a reasonable definition might be
‘Biophysical chemistry is the description of the physicochemical properties
of biomolecules’.
Actually, it makes a lot more sense to answer the question ‘Why do we need
biophysical chemistry?’. In recent years more and more questions relevant to
biology have been answered using methods originating from the field of physics
or physical chemistry. These problems require at least some basic understanding
in all three disciplines. However, often a physicist or chemist feels uncomfortable
talking about topics that seem to be quite simple for a biologist and vice versa. In
many cases it turns out that something that sounded very complicated to one
scientist is not difficult at all after he or she realizes that the other scientist is
simply using unfamiliar wording. An example is the definition of a ‘vector’.
Chemists and physicists usually regard a vector as a mathematical object. How-
ever, if molecular biologists are talking about vectors they often mean a plasmid
vector for transferring genetic material into a cell. The field of biophysical chem-
istry is a bridge between these disciplines. The following example illustrates a
typical problem that can only be solved with a basic knowledge of all these
disciplines.
For the development of a drug, in pharmaceutical research in many cases one
very important parameter is the affinity of potential drug candidates for a spe-
cific receptor or enzyme. The mechanism by which many drugs act is simply
based on their ability to selectively block the active site of specific biomolecules.

Modern Biophysical Chemistry: Detection and Analysis of Biomolecules, Second Edition. Peter Jomo Walla.
 2014 Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA. Published 2014 by Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA.
2 Introduction

For example, the biomolecular targets of many antibiotics are enzymes


responsible for the cell-wall synthesis of bacteria. Since it is very hard to find
such compounds that also have as few side effects as possible it is useful to
look at as many compound structures as possible. Pharmaceutical companies
often have a very large pool – up to millions – of already synthesized com-
pound structures. Often, in a first step in the process of industrial drug devel-
opment, many of these compound structures are tested for their affinity to a
specific target using high-throughput screening (HTS). If a compound struc-
ture with a high affinity can be found (a ‘Hit’) it can be used as starting point
for further drug development. But how can the affinity of a million com-
pounds be measured with sufficient speed and accuracy? A day lasts 86 400 s.
If the accurate measurement of the binding affinity takes only one second per
compound, then more than 11 days of constant measurements are required for
one million compounds.
One possibility for a fast and robust solution to this problem is to use fluores-
cence polarization anisotropy (FPA) assays. The mathematical and technical
aspects of such assays are described in detail in Chapter 3 but here it serves as a
first insight into what the field of biophysical chemistry can mean.
The problem is biological or medical – for example, you want to find a mole-
cule that blocks specifically the binding site of a certain receptor that is closely
associated with the development or progression of a certain disease. In a fluores-
cence polarization assay you could first label a small natural ligand of the recep-
tor chemically with a fluorescent molecule (Figure I.1). When you subsequently
mix the labelled ligand with the receptor they form a stable receptor–ligand
complex. Often, this complex has a large molecular mass and is therefore tum-
bling and rotating very slowly in solution. If this complex is excited with

Figure I.1 Schematic representation of a ligand complex its rotational diffusion in


typical fluorescence polarization assay. In a solution is very slow. Consequently,
first step a small ligand is labelled with a the orientation of the polarization of the
fluorescent marker and forms a stable emitted photons is very similar to the
receptor–ligand complex with a receptor. orientation of the polarization of the laser
Owing to the large mass of the receptor– excitation.
What is Biophysical Chemistry? – An Example from Drug Screening 3

Figure I.2 If a chemical compound out of a polarization orientation of emitted photons is


large pool of synthetic compounds has a sig- very different from that of the laser excitation.
nificantly higher affinity for the receptor it A hit is found that can be used for further
replaces the labelled ligand. The free ligand tests or modification to evaluate it as a poten-
exhibits very fast rotational diffusion. This can tial drug structure.
be measured very quickly because now the

polarized laser light, most of the fluorescing molecules emit light with a very
similar polarization. This polarization can be measured for instance with polar-
ization filters (here comes the physics!).
In a next step, a chemical compound to be tested is added to the solution. If
the compound is capable of binding more strongly to the receptor than the natu-
ral labelled ligand then the labelled ligand will be forced out of the binding site
and the chemical compound itself blocks the site (Figure I.2). Now, however, the
fluorescently labelled natural ligand is diffusing and rotating freely in the solu-
tion. Since the fluorescently labelled ligand is small its rotational diffusion is
faster than the time it typically takes for the label to emit fluorescence. There-
fore, most photons are now emitted with an arbitrary, very different polarization
from that of the exciting laser light. By measuring this different polarization the
binding constant of each chemical compound can be determined very accurately
even within a few hundred milliseconds.
This assay principle is an example of a competitive binding assay measured by
fluorescence polarization anisotropy. Since this experiment requires knowledge
from all three disciplines – chemistry, biology and physics – it is a good example
of what biophysical chemistry can mean. Of course, biophysical chemistry meth-
ods are not restricted to industrial applications and are probably even more
important in basic research.
The intention of this book is to give an insight into the most important
basic, as well as modern, biophysical chemistry methods and their application
in both basic and industrial science. The book is divided into two parts. In
Part 1 (Basic Methods in Biophysical Chemistry) essential traditional, but still
4 Introduction

modern, methods are described for the investigation of biomolecular pro-


cesses and the characterization of biomolecules. Important examples are fluo-
rescence methods such as fluorescence polarization and Förster energy
transfer (FRET) techniques as well as more modern methods for the charac-
terization of biomolecules by mass spectroscopy or pulsed NMR. In addition,
an insight into important labelling techniques and techniques for linking bio-
molecules with each other or to immobile supports is given. In Part 2
(Advanced Methods in Biophysical Chemistry) more specialist methods are
described that can be employed, for example, when none of the basic methods in
Part 1 can be used to answer a particular biomolecular question. Important
examples are fluorescence correlation spectroscopy, high-resolution STED
microscopy, optical tweezers, atomic force microscopy of biomolecules, patch
clamping techniques and the use of fluorescing nanoparticles. In this part, rather
technical applications are also discussed, such as DNA sequencing, fluorescence-
assisted cell sorters, and DNA chips. This part also contains a section on princi-
ples in assay development and applications in industrial high-throughput
screening.
Throughout the book you will find application examples that illustrate the
use of the described methods for typical biomolecular questions. Table I.1
summarizes the methods along with application fields, important equations
and gives the section in which application examples and the equations can
be found. As already mentioned, the most important equations are also
marked by a box throughout the entire book.
This book was originally based on my lectures on biophysical chemistry. The
field of biophysical chemistry is huge and so it is difficult to encapsulate the
most relevant methods in a single book. I ask all of those who feel that their
methods or application examples should have been included or who think that
their method was not described in sufficient detail to excuse me. For the same
reasons also the given literature references constitute only selected examples for
further reading. It was not our intention to present the entire literature relevant
for the topics presented in this book since this would be beyond the scope and
also not very didactic. Of course, I am always very happy to receive any com-
ments or criticism that will help improve any future editions of this book.
11

Part One
Basic Methods in Biophysical Chemistry

In Part 1 of this book the more established modern techniques are presented
that are nowadays very broadly applied in many labs throughout the world. It
starts with a chapter that introduces the basic principles governing the interac-
tions of electromagnetic radiation (“light”) with molecules and biomolecules.
These interactions are the basis for many of the methods presented not only in
Part 1 but also in some chapters of Part 2. Important examples are general meth-
ods such as absorption spectroscopy and a plethora of advanced fluorescence
techniques (Chapters 2 and 3) as well as very important techniques such
as NMR studies of biomolecules (Chapter 5), but also methods such as super-
resolution microscopy (Chapter 8), single-biomolecule detection (Chapter 9),
nonlinear spectroscopy (Chapter 10) and next-generation DNA-sequencing
methods (Chapter 11).
The introductory chapter (Chapter 1) aims at providing a brief and concise but
still thorough review of the interaction of electromagnetic radiation with mole-
cules for readers with a more chemical or physical background and serves as an
introduction into these interactions for readers with a more biological back-
ground. Readers who require a rather quick overview and who have at least
some basic knowledge about orbitals of molecules might focus on Sections 1.1,
1.3, 1.5 and the beginning of Section 1.6 only. These parts should suffice to have
enough background information to understand the subsequent chapters. For
example, they will already give an indepth idea about transition dipole moments
and the polarization of light, which are central for quite a number of the meth-
ods presented in this book.
In Chapters 2 and 3, absorption and fluorescence properties in the visible
spectral range of important biomolecules and fluorescence markers are pre-
sented as well as the application of the corresponding techniques to investigate
biomolecules and biomolecular processes. Important examples are the determi-
nation of biomolecule concentrations or purities as well as investigations of
receptor–ligand equilibria, enzymatic conversions and activators and inhibitors.
In Chapter 3 some very central concepts in modern biophysical chemistry are
also discussed in more detail, such as labelling and linking techniques, Förster

Modern Biophysical Chemistry: Detection and Analysis of Biomolecules, Second Edition. Peter Jomo Walla.
 2014 Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA. Published 2014 by Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA.
12 Basic Methods in Biophysical Chemistry

resonance energy transfer (FRET) and fluorescence polarization assays. Also, the
mathematical framework for the latter two is discussed in more detail, but read-
ers who require a quick overview can also focus only on the description of the
equations that are marked by boxes, which represent, in general, the central
equations throughout this book.
Chapter 4 summarizes some very important optical methods that do not pri-
marily rely on the absorption and emission of unpolarized or linearly polarized
light in the visible spectral range but rather on scattering of light, the use of left-
and right-handed circular light or light in the infrared spectral region. These
techniques are, in general, of great use to derive information about the size,
shape and secondary structural elements of biomolecules without any labelling
of the samples.
Chapter 5 gives an overview of the application of nuclear magnetic resonance
(NMR) techniques, which work with electromagnetic radiation in the radiowave
range. NMR allows for the analysis of biomolecular structures under more phys-
iological conditions than is possible with classical electron or X-ray microscop-
ies. Chapter 5 also aims at providing an insight into the physical basics behind
multidimensional NMR that are essential for such studies and how the informa-
tion derived from such techniques can be used to derive a final 3D structure of
proteins. Also, the use of electron paramagnetic resonance (EPR) for investigat-
ing biomolecules is described in this chapter.
Chapter 6, finally, presents techniques that allow very accurate determination
of one of the most central parameters for characterizing biomolecules, namely
their molecular weight. In this chapter it is discussed how mass spectrometry
can be applied to biomolecules without harming their structural integrity and
what further very useful information can be derived using advanced mass spec-
trometric methods.
13

1
Basic Optical Principles

1.1
Introduction

To understand important optical methods used to investigate biomolecules, such


as fluorescence polarization anisotropy, Förster resonance energy transfer, fluo-
rescence lifetime techniques (Chapter 3), optical single-molecule detection tech-
niques (Chapter 9), fluorescing nanoparticles (Chapter 12) or high-resolution
fluorescence microscopy such as STED and PALM (Chapter 8), a basic under-
standing of the interaction of light with molecules and biomolecules is required.
Such basic knowledge is also necessary in understanding the use of magnetic
resonance techniques (Chapter 5). In the following sections we discuss a few
fundamental principles of the physical processes that govern the interaction of
light with biomolecules, optical markers or other relevant matter such as nano-
particles. This chapter provides a brief but wide-ranging insight into important
physical and quantum mechanical basics of these processes also for, but not lim-
ited to, readers without a physical or chemical background, while being mathe-
matically and physically as exact and concise as possible. Readers that look for a
rather quick overview and that have at least some basic knowledge about orbitals
of molecules might focus on sections 1.1, 1.3, 1.5 and 1.6 only. Please be aware
that a complete, indepth treatment of quantum mechanics and molecular spec-
troscopy is beyond the scope of this chapter. Only the fundamentals that are
needed for the biophysical chemistry methods presented in the following chap-
ters are discussed. For further information about quantum mechanics and
molecular spectroscopy, the reader might refer to the more specialized books
given in the bibliography at the end of this chapter.
Light is a wave of oscillating electric and magnetic fields propagating through
space (Figure 1.1). The electric- and magnetic-field components of this electro-
magnetic radiation are oscillating in phase perpendicular to the propagation direc-
tion and with respect to each other. The smallest possible units of light are
elementary particles called photons. These possess a specific amount of energy, E,

Modern Biophysical Chemistry: Detection and Analysis of Biomolecules, Second Edition. Peter Jomo Walla.
 2014 Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA. Published 2014 by Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA.
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demander, sur un ton détaché : — Touché, mon vieux ? —
Salement, répondit-il en continuant de mordre un cigare non allumé.
Un autre racontait d’une voix lente et quelque peu amère, qu’il avait
compté faire venir ici un de ses enfants dont il avait payé le voyage
par une traite sur la Banque Orientale. Mais maintenant… Eh bien !
lecteurs, voilà où ça fait mal, cet arrêt de paiement : c’est la
destruction de projets, de jolis projets nourris avec amour, attendus
avec impatience, peut-être depuis des années ; l’effondrement
d’agréables arrangements de famille, sans compter toute la ruine
matérielle qu’il entraîne. Fait surprenant, on ne critiquait pas la
banque car on faisait soi-même des affaires en Orient et l’on
comprenait la situation, tout en s’apitoyant sur le sort du Directeur de
Yokohama et des employés, désormais sur le pavé (car une banque
qui a fait faillite n’est pas une bonne recommandation dans la
carrière d’un jeune homme).
— Nous allons bien cette année, dit un plaisant d’un air
renfrogné. Un meurtre prémédité, un procès retentissant et une
banqueroute. Ça nous pose bien devant les touristes, hein ?
— Saperlipopète ! pensez donc à ceux qui sont en mer, portant
sur eux des lettres de crédit, eh ? Ils vont arriver et retenir les
meilleures chambres dans les hôtels et puis ils s’apercevront qu’ils
n’ont pas un sou vaillant, dit un autre.
— Peu importe ces gens-là, reprit un troisième. Pensons à ceux
qui sont ici. En voilà un, deux, trois, qui sont âgés et que la
catastrophe laisse sans un centime. Pauvres diables !
— Ceci me fait penser à une autre victime, ajouta un voisin, et sa
femme est au pays ; c’est terrible.
Et il se mit à siffler tristement. Les conversations allaient leur
train, et l’on se mit à discuter les chances d’un dividende. — Ils sont
allés à la Banque d’Angleterre, dit un Américain d’un ton traînant, et
la Banque d’Angleterre les a éconduits, disant que leurs garanties
n’étaient pas suffisantes.
— Nom d’une pipe ! et un poing s’abattit sur la table pour
souligner la remarque. J’ai fait un jour la moitié de la traversée de la
mer Méditerranée avec un directeur de la Banque d’Angleterre ; si
j’avais su, je l’aurais envoyé promener par-dessus le bastingage, et
lui aurais demandé des garanties avant de lui passer une chaloupe.
Nous aurions bien vu alors si les siennes étaient assez bonnes.
— Baring est fichu, oui, mais pas la Banque Orientale, répondit
l’Américain, en faisant sortir la fumée par son nez. Cette affaire m’a
bien l’air dé-ci-dé-ment prob-lé-ma-tique, hein ?
— Oh ! on remboursera entièrement les fonds ; ne craignez rien,
dit un homme qui n’avait pas perdu d’argent et prodiguait des
consolations.
— Je suis actionnaire, reprit l’Américain en continuant de fumer.
La pluie tombait toujours et les parapluies dégouttaient dans les
porte-parapluies, tandis que des gens mouillés entraient et sortaient,
s’accordant à dire tous que c’était une mauvaise affaire. Enfin le jour
baissant fit place à l’obscurité bruineuse (temps vraiment en
harmonie avec la situation). On avait la sensation réconfortante que
tout le monde fraternisait dans les malheurs qui venaient de
s’abattre sur la petite communauté qui ne voulait plus subir de
pareils chocs. Tandis qu’en Angleterre, les victimes emporteraient
leur peine chez elles, pour souffrir en silence, ici, tous les sinistrés
se groupaient pour affronter et supporter le désastre en commun. Il
est probable que les chrétiens d’antan devaient mieux lutter
lorsqu’ils se trouvaient cinquante à la fois en présence des lions.
Finalement, le Club se vida ; les célibataires rentrèrent chez eux,
pour faire leurs comptes tout seuls (il est probable qu’il y aura de
bons poneys à vendre bientôt), et les hommes mariés pour réfléchir
et demander conseil. Que Dieu le garde, celui dont la femme ne le
soutient pas en ce moment critique ! Mais les femmes des
concessions d’outre-mer sont aussi courageuses que les hommes.
On pleurera sur les projets détruits, on sera obligé de changer les
petits d’école et la carrière des aînés, d’écrire des lettres
désagréables à la famille, et d’en recevoir de plus déplaisantes
encore de parents qui vous répondront « qu’ils vous l’avaient
toujours dit ». Il faudra se restreindre, supporter la gêne dont le
monde extérieur ne s’apercevra pas, tandis que les femmes se
tireront de ce mauvais pas, le sourire aux lèvres.
Elles sont belles vraiment les opérations financières
d’aujourd’hui, surtout lorsqu’il arrive que le mécanisme ne fonctionne
pas très bien. Ce soir, on verra des visages soucieux, aux Indes,
chez les planteurs de Ceylan, chez les courtiers en chanvre de
Calcutta, chez les courtiers en coton de Bombay, sans compter les
petits ménages qui ont des épargnes en banque. A Hong-Kong,
Singapour et Shanghaï, il y aura également des répercussions
profondes, et Dieu seul sait l’étendue du désastre qui s’abattra sur
Cheltenham, Bath, St-Leonards, Torquay et autres camps d’officiers
retraités. Ils sont heureux en Angleterre d’être au courant des
événements au moment où ils se produisent, mais ici on est à l’autre
bout du monde, et la situation n’est pas bonne. Tout ce qu’on sait,
c’est qu’il y a une affiche sur une porte fermée, exposée à la pluie,
en vertu de laquelle tout l’argent qui était à eux hier encore a disparu
et peut ne jamais revenir. Il faut donc recommencer tous les efforts
qui avaient permis de réaliser ces économies, bien que les victimes
soient déjà âgées ou plus souvent fatiguées, et que le
découragement soit général. Toute la petite colonie ira se coucher
bien triste ce soir, et il en est sans doute de même pour beaucoup
par le monde entier. Qu’on me permette de dire cependant que
parmi ceux atteints ici, et certains sont cruellement touchés,
personne n’a geint, ni pleurniché, ni cédé au désespoir. Il n’y avait
pas d’espoir de lutte. C’était l’amère défaite, il fallait l’accepter, et
c’est ce qu’on fit, debout.
UNE DEMI-DOUZAINE DE TABLEAUX

« Certains hommes, lorsqu’ils deviennent riches, amassent des


tableaux dans une galerie » : de leur vivant leurs amis les envient,
mais à leur mort le marteau du commissaire-priseur disperse la
collection dont l’authenticité est contestée.
Une façon bien meilleure de procéder, c’est d’étaler vos tableaux
sur la terre entière et d’aller les contempler selon que la destinée
vous le permet. Ainsi personne ne peut ni les voler ni les défigurer,
et aucun revers de fortune ne peut vous acculer à une vente. Le
soleil et la tempête chauffent et aèrent votre galerie gratuitement et,
en dépit de tout ce qu’on a pu dire de sa crudité, la Nature n’est pas,
à tout prendre, mauvais encadreur. L’idée qu’on ne vivra peut-être
pas assez longtemps pour admirer certains trésors une deuxième
fois apprend aux yeux à voir vite, tant que dure la lumière, et la
possession d’une telle galerie fait naître en soi un très beau mépris
pour les étalages dorés, les vagues barbouillages que l’on appelle
tableaux.
Dans le Pacifique nord, à main droite lorsqu’on avance vers
l’Ouest, se trouve suspendue une petite étude, sans valeur
particulière comparée à quelques autres. La brume s’est abattue sur
une étendue huileuse de mer délavée ; à travers la brume
s’esquissent à peine les ailes de chauve-souris d’un vaisseau qui fait
la pêche aux otaries. A l’avant-plan, bondissant, ou peu s’en faut,
hors du cadre, une barque à rames, peinte dans les tons bleus et
blancs les plus crus, arrive en surgissant par dessus la crête d’une
houle. Un homme en jersey rouge-sang, chaussé de longues bottes
et tout étincelant d’humidité, est debout à l’avant. Il tient en l’air le
corps d’une otarie au ventre argenté, dont la peau ruisselle en
gouttelettes d’eau comme autant d’adulaires. Or l’artiste qui saurait
peindre cette brume argentée, ce reflet frétillant et huileux du
bateau, les poignets rouge-saignant de l’homme, serait un véritable
ouvrier.
Mais ma galerie ne court à présent aucun risque d’être copiée.
J’ai fait, il y a trois ans, dans le lit pierreux d’un ruisseau, entre une
rangée de trois cents petits dieux sculptés, couverts de lichen, et
une bordure d’azalées flamboyantes, la rencontre d’un artiste qui
était en train de jurer affreusement. Il avait cherché à peindre un de
mes tableaux — tout simplement un grand rocher délabré par les
eaux, et couronné de touffes de fleurs, avec, pour arrière-plan, une
montagne encapuchonnée de neige. Naturellement, il n’avait pas
réussi parce que la perspective faisant totalement défaut dans cet
ensemble, il venait d’essayer d’en modifier les lignes pour que, dans
son pays, elle y figurât tant soit peu. Mais nul ne peut faire tenir dans
une chopine le contenu d’un litre. Les protestations élevées depuis
que le monde est monde par tous les récipients contraints de trop
recevoir ont réglé cette question-là depuis longtemps, et nous ont
donné les théories de travail inventées par des instruments
imparfaits en vue d’instruments imparfaits, qu’on appelle les Règles
de l’Art.
Heureusement que ceux qui ont peint les tableaux de ma galerie
sont nés avant que l’Humanité n’existât. Voilà pourquoi, loin d’être
enfermés dans d’encombrants cadres dorés, ils sont disposés fort
avantageusement entre des latitudes, des équinoxes, des moussons
et autres choses analogues, de sorte que, même si l’on tient bien
compte de la partialité qu’éprouve pour eux un propriétaire, on
admettra qu’ils ne sont pas si mal après tout.

Là-bas, au sud où ne vont jamais les vaisseaux,

c’est-à-dire entre le talon de la Nouvelle Zélande et le Pôle Sud, il


existe une marine qui montre un bateau à vapeur essayant de se
rajuster au milieu de l’entre-deux des lames monstrueuses ; la lueur
moite du jour mourant vient plus de l’eau que du ciel, et les vagues
paraissent incolores à travers la bruine, seules deux ou trois crêtes
blanches, côté du vent, émergent brusquement de la brume le long
du flanc ruisselant du navire. Une lampe brûle dans la cabine de la
barre, de sorte qu’une seule plaque de couleur jaune vient tomber
sur les pistons peints en vert de la roue du gouvernail au moment où
ils font tourner les chaînes. Une grosse vague a déferlé sur le pont.
L’arrière du bateau se dresse dans une mousse d’écume soulevée
par l’hélice qui sort de l’eau, et le pont, depuis la pompe jusqu’au
gaillard d’avant, est submergé sous une nappe d’eau vert-gris, unie
et lisse comme celle qui court au devant d’un moulin, sauf là où elle
jaillit au-dessus du treuil et des mâts de charge.
En avant on ne voit rien que cette lueur blafarde ; à l’arrière le
sillage interrompu s’en va fuyant loin sous le vent, véritable ficelle de
cerf-volant coupée, qu’on aurait laissé tomber sur la mer. La seule
trace de calme dans ce tumulte, c’est l’œil, fixe, et tel un bijou, d’un
albatros qui avance tranquillement porté par le vent, indifférent et
presque à portée de la main. C’est l’égoïsme monstrueux de cet œil
qui crée le tableau. D’après toutes les règles de l’art, il devrait y avoir
à l’arrière-plan un phare ou bien la jetée d’un port pour montrer que
tout finira bien. Mais rien de pareil et peu importe à cet œil rouge
que la chose qui se meut au-dessous de ses ailes immobiles survive
ou succombe.
Le pendant de ce tableau se trouve suspendu dans l’Océan
Indien et en dit long, mais n’en est pas plus mal pour cela. Ici vous
avez une chaude lumière tropicale et un rivage revêtu de
majestueux palmiers, qui se prolonge jusque dans une mer
immobile, vaporeuse, fumante, polie jusqu’à étinceler de reflets
bleus d’acier. Le long du rivage, cherchant comme la bête blessée
cherche une tanière, se presse un bateau à vapeur chargé qui n’a
jamais été construit pour faire de la vitesse. C’est pourquoi il laboure
et arrache les vagues, les empile sous son avant, et n’arrive pourtant
pas à les enfouir sous lui proprement. Des ballots, couleur claire,
sont empilés autour des deux mâts, et ses ponts sont chargés et
surchargés de passagers à la peau brune, depuis le gaillard d’arrière
où ils gênent l’équipage jusqu’à l’avant où ils gênent le gouvernail.
La cheminée est peinte en bleu sur fond jaune, ce qui lui donne
un air de fête n’allant pas très bien avec le pavillon noir — signe qu’il
y a le choléra à bord — pendu à son grand mât. Il n’ose pas
s’arrêter, il ne doit communiquer avec personne. La preuve, ce sont
ces traînées d’eau de chaux qui coulent le long de ses flancs. Le
voilà donc qui avance, frayant son chemin le long du rivage
magnifique, lui, ses passagers grouillants, et la maladie qui en plein
jour détruit et lui ronge le cœur.
Voici encore un tableau, le plus beau de ceux qui se trouvent
dans toutes les salles orientales, avant d’en finir avec les eaux
bleues de la mer. La plupart des nations de la terre sont en train de
se disputer sous un large pan de toile blanche recouvrant un pont
bondé de monde. Un bol en cuivre, très profond, plein de riz et
d’oignons frits, et cause de la dispute, est renversé à l’avant-plan.
Des Malais, des Lascars, des Hindous, des Chinois, toute la gamme
des teintes raciales, depuis le safran jusqu’au noir de goudron, se
débattent et se contorsionnent autour de cette pâture, tandis que
leurs turbans et coiffures vermillon, cobalt, ambre et émeraude
gisent à terre. Aplatis contre l’ocre jaune des pavois en fer à droite et
à gauche, se trouvent des femmes et des enfants épouvantés, aux
vêtements isabelle et turquoise, et à demi protégés par un
amoncellement de literie renversée, de paillassons, de boîtes de
laque rouge, de malles en bambou tressé où se mêlent des assiettes
d’étain, des hukas en cuivre et en laiton, des pipes à opium en
argent, des cartes à jouer chinoises, et assez d’accessoires pour
affoler une demi-douzaine d’artistes. Au centre de cette foule
d’hommes à moitié nus et furieux, le dos gras et nu d’un Birman,
tatoué depuis la clavicule jusqu’au pagne de la ceinture de dessins
contorsionnés, de diables rouges et bleus, attire d’abord l’œil. C’est
un dos méchant. Au delà brille un kris malais ; un ara bleu au dos
rouge et jaune enchaîné à une épontille étale ses ailes en face du
soleil dans un paroxysme de terreur. Une demi-douzaine d’ananas
rouge-or et de bananes qu’on a fait tomber de l’endroit où ils étaient
suspendus pour mûrir gisent entre les pieds des combattants. Un
des ananas a roulé jusqu’à la fourrure longue et brune d’un ours
muselé. Son propriétaire, hindou à la barbe broussailleuse, se
penche à genoux sur l’animal, sa mante rejetée en arrière
découvrant un bras dur et brun, ses doigts prêts à défaire la boucle
qui retient la muselière. Le coq du vaisseau, vêtu de blanc tacheté
de sang, de la boucherie regarde ce qui se passe, et un chauffeur
noir de Zanzibar ricane à travers les barreaux de la chambre de la
machine, tandis qu’un rayon de soleil tombe en plein dans sa
bouche rose. L’officier de service, homme aux favoris rouges, s’est
agenouillé sur la passerelle pour regarder à travers le garde-fou,
tandis qu’il fait passer de sa main gauche à sa main droite un long
revolver mince et noir. La lumière fidèle du soleil qui met tout en
place, prête à ses favoris et au duvet sur le dos de son poignet
basané la couleur exacte du pot de cuivre, de la fourrure de l’ours, et
des ananas foulés aux pieds. Pour compléter il y a la mer bleue au
delà des bâches.
Trois années de travail acharné, sans compter les connaissances
spéciales de toute une existence, seraient nécessaires pour copier
— même pour copier — ce tableau-là. Monsieur un Tel, membre des
Beaux-Arts, saurait sans aucun doute dessiner l’oiseau ; Monsieur
un Tel (également membre de l’Académie) l’ours, et des centaines
de messieurs la nature morte ; mais quel est l’homme qui saurait
réunir l’ensemble et lui donner cette vie échevelée et bondissante de
mouvement et de couleur ? Et y serait-il arrivé que quelque
personne entre deux âges, venue de la province, qui n’aurait jamais
vu un ananas sauf dans une assiette ni un kris sauf au musée de
Kensington, viendrait raconter que ce tableau n’évoque en elle
aucun souvenir et que par conséquent il ne vaut rien. Si cette galerie
pouvait être léguée à la nation, il se pourrait qu’il y eut là un gain
réel, mais la nation se plaindrait des courants d’air et du manque de
chaises. Mais peu importe. Dans un autre monde nous verrons
certains messieurs qui auront pour tâche de chatouiller le dos des
porcs de Circé à travers toute l’éternité. En outre ils ne devront se
servir que de leurs mains pour cette besogne.
Les salles japonaises, visitées et mises en ordre pour la
deuxième fois, renferment plus de tableaux qu’on n’en pourrait
décrire en un mois, mais la plupart d’entre eux sont petits et, la
lumière toujours exceptée, se ramènent aux dimensions humaines.
Cependant il en est un qui pourrait paraître difficile. C’était un
cadeau inattendu, ramassé dans une ruelle de Tokio la nuit. La
moitié de la ville se promenait, et les vêtements de tous les habitants
étaient indigo, les ombres de même, tandis que la plupart des
lanternes en papier étaient des taches rouge-sang. A la lumière de
fumantes lampes à huile, les gens vendaient des fleurs et des
arbustes, — diaboliques petits sapins nains, pêchers et pruniers
arrêtés en pleine croissance, bouquets de glycine, taillés et élagués
jusqu’à perdre toute ressemblance avec des plantes saines,
grimaçant et se penchant hors de pots enduits d’un vernis vert. Dans
le papillotement des flammes jaunes, ces invalides forcés et les
visages jaunes qui émergeaient au-dessus d’eux vacillaient de-ci de-
là fantastiquement mêlés ensemble. Lorsque la lumière s’arrêtait de
trembler ils reprenaient leur fausse apparence de couleur verte
jusqu’à ce qu’un souffle de vent chaud de la nuit parmi des lumières
blafardes relançât une fois de plus toute la ligne dans une folle
danse de diablotins, dont les ombres gambadaient sur les devants
des maisons derrière eux.
A un coin de rue des hommes riches avaient rassemblé et laissé
sans garde tout l’or, tous les diamants et tous les rubis de l’Orient,
mais en s’approchant on s’apercevait que ce trésor n’était qu’un
groupe de poissons d’or dans un bocal en verre : poissons jaunes,
blancs et rouges, chacun possédant de trois à cinq queues en forme
de fourches et des yeux très à fleur de tête.
Il y avait des écuelles de bois remplies de minuscules poissons
vermeils où des petits enfants plongeaient leurs filets et leurs doigts,
en poussant des cris pendant qu’ils pourchassaient quelque beauté
particulière, tandis que les poissons effrayés battaient éperdument
l’eau de leurs queues et soulevaient une multitude de petites perles.
Les enfants portaient des lanternes affectant la forme de petits
poissons rouges en papier, qui oscillaient à l’extrémité de minces
lattes de bambous, et ces lueurs glissaient parmi la foule, pareilles à
une constellation de minuscules étoiles qui se serait égarée.
Lorsque les enfants se tenaient au bord d’un canal pour interpeller
des amis invisibles qui se trouvaient en dessous dans des barques,
ces lumières roses étaient symétriquement reflétées dans les eaux.
Le rayonnement des mille petites lumières de la rue montait droit
jusque dans les ténèbres au milieu du réseau des fils
télégraphiques. Exactement à la lisière du miroitement indécis, sur
une espèce de niche à pigeons, à quarante pieds au-dessus du sol,
était assis un pompier japonais, enveloppé dans son manteau,
montant la garde en cas d’incendie. Il ressemblait, et de façon
désagréable, à quelque atrocité bulgare ou à quelque « déviation
des lois de l’humanité » birmane, car il avait l’air figé et tout
recroquevillé dans son perchoir. C’était là un superbe tableau et dont
toutes les parties s’harmonisaient à merveille. Or, sans tenir compte
de ces choses et d’autres encore, — qui toutes sans exception sont
des merveilles et des miracles — la vaste généralité des gens se
contente de rester dans des ateliers et, dans un jour qui n’est pas un
jour, de fabriquer des études qu’on dénomme « spécimens de
couleur », obtenues au moyen de pots et de bidons, de loques et de
briques. Leur collection sans valeur coûte, en fin de compte, tout
autant qu’un billet de première classe jusque dans des mondes
nouveaux où les « proportions » sont données avec la lumière du
soleil. Faire quelque chose parce que c’est, ou même pas, nouveau
sur le marché, c’est commettre un péché, un péché qui entraîne
avec lui son propre châtiment. Mais, malgré tout, il semble qu’il doit y
avoir des choses à peindre dans ce bas monde, autres et
supérieures à celles qui se trouvent, mettons, entre le cap Nord et
Alger. Rien qu’eu égard au tableau, et ne tenant même pas compte
du plaisir intense qu’on a à jouer la partie, peut-être cela vaudrait-il
la peine de s’aventurer en dehors du cercle ordinaire des sujets et
de voir… de voir ce qui arriverait. On a dit que lorsqu’un individu est
capable de dessiner convenablement quelque chose, il peut
s’attaquer à n’importe quoi. Au pis aller il ne pourra qu’échouer et il y
a bien des choses au monde qui sont pires que l’insuccès. Parier,
par exemple, lorsqu’on sait qu’on ne peut perdre, ou bien jouer avec
des cartes truquées, est immoral et vous fait chasser des clubs. Au
contraire, s’en tenir de propos délibéré à un seul travail bien défini
où l’on est sûr de réussir et gagner de l’argent, passe pour être de la
vertu, et vous ouvre les clubs. Il doit exister un moyen terme, comme
il doit exister quelque part un célibataire sans situation ni réputation,
ni autre vanité à perdre, qui désire ardemment connaître les
possibilités de sa palette ici-bas. Celui-là fera ses malles et s’en ira
bien au large, pour lutter avec des effets qu’il ne pourra jamais
reproduire. Malgré tout son échec sera glorieux.
« LES CAPITAINES COURAGEUX »

Il y a loin de Yokohama à Montréal, et le rivage n’est pas attirant.


Trois voyages sur cinq, le Pacifique Nord, trop grand pour rester
complètement à ne rien faire, trop paresseux pour mettre en train
une tempête, boude et fume comme une cheminée ; les voyageurs
venant tout récemment des chaleurs du Japon s’étiolent dans le froid
et une rosée visqueuse suinte des agrès. La grise monotonie de la
mer ne rappelle en rien le chez-soi, étant encore neuve et pas
accoutumée à la procession des quilles. Elle renferme un très petit
nombre de tableaux et les meilleures d’entre ses histoires — celles
qui se rapportent au braconnage de morses parmi les Kuriles et les
mauvais quartiers russes — ne peuvent être livrées à la publicité. Il y
a un homme à Yokohama qui dans une vie antérieure mettait le feu
aux galions en compagnie de Drake. C’est un noble aventurier sur
l’échelle la plus vaste, plein de ressources, — par instant sachant se
tailler des royaumes, et sur les hautes mers un conquérant en même
temps qu’un invétéré jouteur avec la Mort. Parce qu’il ne fait que
fournir les peaux de phoques aux marchands en gros de son pays,
la renommée de ses exploits, ses batailles brillantes, ses escapades
plus brillantes encore, et sa très brillante stratégie seront perdues au
milieu de schooners de soixante tonnes ou racontées seulement par
des marins ivres auxquels personne ne prête créance. Or il est un
grand Esprit assis sous les palmiers du Groupe des Navigateurs, à
mille lieues de l’Équateur, qui, couronné de lauriers et de roses,
assemble les perles de ces régions. Lorsqu’il aura fini avec ce qui se
passe là-bas peut-être s’occupera-t-il des Mers Fumeuses et des
Merveilleuses Aventures du Capitaine. — Et alors on aura une
histoire qui vaudra la peine d’être écoutée.
Mais dès qu’on touche la terre ferme, la mer et tout ce qui se
trouve sur elle paraissent irréels. Cinq minutes après que le
voyageur a pris le train à Vancouver, la poésie de l’eau bleue cesse ;
mais alors commence celle d’un genre différent — la vie du train qui
finit par l’absorber comme la vie à bord. Quand on a roulé une
semaine en wagon on peut se considérer comme faisant partie de la
machine. On sait quand le train s’arrêtera pour prendre de l’eau,
attendra pour recevoir des renseignements au sujet du viaduc qu’il
aura à traverser, abandonnera le wagon restaurant, se glissera sur
une voie de garage pour laisser passer le courrier destiné à l’Ouest,
bramera à travers la nuit épaisse pour qu’on envoie une locomotive
de remorque pour aider à gravir la rampe. Le renâclement, le
cliquetis, et le gémissement des freins à air ont un sens pour lui, et il
apprend à distinguer entre les bruits celui fait par une lampe mal
ajustée, et celui que font désagréablement entendre les petites
pierres sur un talus raide, le hoot toot !! qui fait se sauver de la voie
les vaches errantes et le rugissement rauque de la locomotive
lorsqu’elle franchit les signaux. En Angleterre le chemin de fer vint
tard dans un pays tranquille entouré de toutes les terreurs de la loi et
il est resté toujours depuis un peu en dehors de la vie quotidienne —
un objet digne de respect. Dans ce pays-ci il s’en va les mains dans
les poches, une paille à la bouche, sur les talons de la piste
grossièrement tracée ou de la route de bûcheron, sorte d’impérieuse
nécessité dépourvue de plate-forme ou de règlements, et que les
gens malades et les jeunes enfants traitent avec une familiarité qui
parfois se répercute sur le taux de la mortalité.
Il se trouva que dans notre train il y avait une fillette âgée de sept
ans, qui honora de sa présence notre compartiment de fumeurs
lorsque d’autres distractions manquaient, et c’est elle qui dit au
conducteur : — Quand est-ce que nous changerons d’équipe ? Je
voudrais bien cueillir des nénuphars — des jaunes — . Elle savait
qu’une simple halte ne suffirait pas, mais qu’il lui faudrait l’arrêt
régulier de quinze minutes, lorsqu’on enlevait du dernier wagon la
boîte à outils peinte en rouge et qu’une équipe nouvelle montait
dans le train. Le gros homme se pencha vers la petite Impudence :
— Tu voudrais cueillir des nénuphars, eh ? Qu’est-ce que tu ferais si
le train repartait et emmenait maman ? — Je prendrais le train
suivant, répondit-elle, et je dirais au conducteur de m’envoyer à
Brooklyn, c’est là que je demeure. — Mais supposons qu’il refuse ?
— Il faudrait bien qu’il s’exécute, répondit la jeune Amérique. Je
serais une enfant perdue.
Or, de la province d’Alberta à Brooklyn, E. U. A., il peut y avoir
trois mille kilomètres. Une vaste étendue de cet espace date d’hier
et se trouve parsemée de villes qui sont à toutes les phases
imaginables de développement, depuis la ville n’ayant qu’un dépôt
de locomotives ou deux longues huttes et un camp chinois quelque
part dans les basses collines des Selkirks jusqu’à Winnipeg avec sa
rue principale longue d’une lieue et ses journaux batailleurs.
Actuellement il y a une épidémie de politique dans le Manitoba et
l’on voit partout dans les villes des fanfares et des avis annonçant
des réunions de comités. A cause de leur proximité avec les États-
Unis elles ont attrapé par contagion l’habitude d’être mal
embouchées, et multiples sont les accusations de brigue, de
corruption et de mauvaise vie. Il est doux de découvrir une ville-
enfant, qui n’a que trois hommes sachant imprimer, en train de
lancer des jurons et des malédictions à travers les plaines illimitées
comme si elle était un centre chrétien adulte.
Toutes les villes nouvelles ont leurs propres besoins à considérer
et le premier de ceux-ci est une voie ferrée. Si la ville se trouve déjà
sur une ligne, alors il en faut une nouvelle pour exploiter le pays plus
à l’intérieur, mais ce qu’il faut, coûte que coûte, c’est une ligne. Pour
l’obtenir elle vendrait son âme corrompue, pour s’indigner ensuite de
ce que la voie ferrée devant laquelle elle s’était prosternée à plat
ventre traverse maintenant l’endroit avec désinvolture et comme en
pays conquis.
Chaque ville nouvelle se figure pouvoir devenir une Winnipeg,
jusqu’au moment où l’attrait de la chose s’est un peu effacé, et le
journal de l’endroit, laissant glisser les pattes d’arrière du Désespoir
le long du mât de l’Orgueil, dit d’un air de défi : « Tout au moins un
vétérinaire et une pharmacie ne seraient pas mal reçus dans notre
ville ; en vérité cinq bâtiments nouveaux ont été érigés dans notre
ville depuis le printemps. » De loin, rien de plus facile que de sourire
de tout cela, mais il faut qu’il ait la tête solide celui qui sait garder
son sang-froid lorsqu’une ville toute pareille à celle-ci — sorte
d’aventurière — qui ne possède en tout que dix maisons, deux
églises et une ligne de rails est prise de la folie des grandeurs. Le
lecteur, en Angleterre, dira : « Fort bien, mais tout cela ce n’est que
des mensonges. » Peut-être ; mais a-t-on menti lorsqu’il s’est agi de
Denver, de Leadville, de Ballarat, de Broken Hill, de Portland, ou de
Winnipeg, il y a vingt ans ; ou encore d’Adélaïde lorsque des
lotissements ne trouvaient pas d’acquéreurs il y a moins d’une
génération ? A-t-on menti au sujet de Vancouver, il y a dix ans, ou de
Creede il n’y a pas vingt mois ? Guère, et c’est là ce qui fait que le
passant prête l’oreille aux dires les plus fantastiques.
Tout est possible, surtout au milieu des Montagnes Rocheuses,
où les minerais abondent dans les villes minières, les centres du
pays à ranches, et les villes qui approvisionnent les régions
agricoles. Il y a d’innombrables petits lacs dans les collines, enfouis
dans les bois actuellement, qui avant vingt ans d’ici seront des
rendez-vous d’été encombrés de monde. Vous autres en Angleterre
vous ne vous faites aucune idée de ce que veut dire aux États-Unis
« passer l’été », encore moins de l’argent qu’on dépense pendant les
congés annuels. Les gens ont à peine commencé à découvrir
l’endroit qui s’appelle les Sources Chaudes de Banff, à deux jours de
voyage à l’ouest de Winnipeg. Sous peu on connaîtra une demi-
douzaine d’endroits à moins d’une journée à cheval de Montréal, et
c’est le long de cette voie-là que l’on gagnera de l’argent. A ce
moment aussi on fera pousser du blé pour le marché anglais, à
quatre cents kilomètres au nord des champs actuels à l’ouest, et la
Colombie britannique, qui est peut-être le pays le plus beau au
monde après la Nouvelle Zélande, possédera sa ligne à elle de
bateaux de six mille tonnes qui ira jusqu’en Australie, et le
spéculateur anglais ne gaspillera plus son argent sur des
républiques sud-américaines instables, ni ne le donnera en otage
aux États-Unis. Il le gardera dans sa famille ainsi que doit le faire un
homme sage. Alors les villes qui aujourd’hui sont seules au milieu de
la solitude, et dont certaines sont marquées sur la carte comme
ports de Hudson Bay, deviendront de grandes villes parce que…
mais c’est peine perdue que d’essayer de faire comprendre aux
gens que réellement, nous possédons un Empire dont le Canada
n’est qu’une seule partie, un Empire qui n’est pas borné par des
statistiques d’élection au Nord et par des émeutes d’Eastbourne au
Sud, un Empire qui n’a pas encore même été entamé.
Mais revenons-en aux villes nouvelles. Trois fois en une seule
année la fortune est venue frapper à la porte d’un homme que je
connais. Une fois à Seattle, lorsque cette ville n’était plus qu’une
tache grisâtre après un incendie ; une fois à Tacoma, au temps où le
tramway à vapeur déraillait deux fois par semaine ; et une fois à
Spokane Falls. Mais dans le rugissement de la terre prise de la
fièvre du développement rapide il ne l’entendit pas et elle s’en fut lui
laissant seulement de la tendresse, presque de la faiblesse, pour
toutes les villes nouvelles et le désir, heureusement limité par le
manque d’argent, de perdre au jeu dans chacune d’elles. Parmi
toutes les grandes émotions qu’offre la vie, il y en a peu qui puissent
être comparées au tourbillon « boom » qui bat son plein. Et puis,
malgré tout, c’est moral, parce que réellement vous méritez « vos
bénéfices extravagants » par le labeur, la sueur et en veillant fort
tard dans la nuit, en travaillant comme un forcené — ainsi que
doivent faire tous les pionniers. Et songez donc à tout ce que cela
renferme ! Ruée folle vers la nouvelle localité ; argent jeté comme
autant de jetons pour tout juste se nourrir ; arrivée des wagons
remplis d’où l’on projette au petit bonheur sur la plate-forme pas
encore clouée toutes les matières premières d’une cité — hommes,
bois de construction, bardeaux ; routes taillées à coups de hache et
tracées au moyen de piquets à travers la face dénudée des
solitudes ; unique lampe électrique de la ville dressée au milieu des
cris et des exclamations, c’est-à-dire un arc non apprêté et grésillant
au bout d’un mât de sapin non encore écorcé ; foule suante,
bousculante, aux ventes de lotissement et qui hurle : « Donnez-le à
la femme », cri qui arrête toutes les autres enchères lorsque la seule
autre femme de l’endroit indique le prix qu’elle veut donner pour un
lot ; bureaux de gérance de propriétés immobilières bondés ; les
agents de ces bureaux eux-mêmes, romanciers à imagination
prodigieuse, égarés là ; carte magnifique rose et bleue de la cité,
suspendue dans l’estaminet avec toutes les voies ferrées de
Portland à Portland se croisant dans son centre ; malédiction mal
orthographiée contre ce « satané trou d’enfer » griffonnée sur le côté
d’un fourgon égaré, par quelque individu qui a perdu son argent et
s’en est allé ; conférences aux coins des rues des syndicats vieux de
six heures établis par des hommes qui n’avaient pas encore vingt-
cinq ans ; mépris, non voilé, pour la ville voisine également prise de
la fièvre de développement et pour cela même absolument au-
dessous de tout ; piétinement interminable des pieds pesants sur les
trottoirs en bois, où parfois un étranger pris des affres de la
conviction, se retourne vers un autre étranger, pour le saisir par les
épaules et crier dans son oreille : — Seigneur Dieu ! n’est-ce pas
superbe, n’est-ce pas merveilleux ? et enfin sommeil d’hommes
complètement épuisés, trois par chambre dans l’hôtel qui n’est
qu’une baraque où l’on lit sur une pancarte : « Repas, dix francs ;
Rafraîchissements, 1 fr. 75 c. On ne blanchit pas. Le gérant ne
répond de rien. » Est-ce que la simple liste de ces exposés vous
laisse froid ? C’est possible ; mais c’est également possible de voir
dans une nouvelle ville, au bout de trois jours, une douzaine au
moins d’archevêques se disputant l’acquisition de lotissements
avantageux comme jamais ils ne se seraient battus pour mitre ni
pour crosse. Un « Boom » est contagieux comme l’est une panique
dans un théâtre.
Au bout d’un certain temps tout se calme, et alors le charpentier,
qui est aussi architecte, pourra appuyer ses bras nus sur le comptoir
et les vendre au plus offrant, car les maisons poussent comme des
champignons après la pluie. Les hommes qui ne construisent pas
encouragent ceux qui construisent, parce que construire veut dire
qu’on a confiance dans la ville, sa ville à soi ; à soi tout seul. Au
diable toutes les autres villes quelles qu’elles soient ! Derrière la
foule des hommes d’affaires le journal hebdomadaire de la ville agit
comme un fouet sur un troupeau de bétail. On comble d’honneur, et
toujours de la façon la plus extravagante, ceux qui sont vertueux —
ceux qui font travailler, qui construisent des magasins, qui dépensent
de l’argent ; on attaque avec sauvagerie et virulence les mauvais,
c’est-à-dire celui qui « achète hors la ville », celui qui a l’intention de
s’en aller, celui qui reste à ne rien faire ; le tout au moyen d’invites,
d’encouragements en prose, en vers, en zincographie à l’adresse de
tout ce monde extérieur qui préfère vivre dans des villes autres que
la Nôtre.
Or l’éditeur, la plupart du temps, commence en mercenaire, et
finit en patriote. Cela également est bien, bien humain. Quelques
années plus tard, si la Providence est bonne, vient le revenu des
placements judicieux. Peut-être la ville a-t-elle résisté à l’épreuve du
« boom » et ce qui n’était que douve est maintenant de la brique de
Milwaukee ou de la pierre de taille qui, bien que d’un dessin affreux,
résistera aux intempéries. L’hôtel baraque est maintenant la Maison
Une Telle, pouvant accommoder deux cents pensionnaires. Le
gérant qui vous servait jadis en bras de chemise et était son propre
commis d’hôtel, resplendit en drap fin, et vous oblige à lui rappeler
votre première rencontre.
Des villas suburbaines ornent, plus ou moins, la plaine qui
répugnait jadis à la fantaisie la plus libre (et la fantaisie était très libre
dans les premiers temps). Des voitures traînées par des chevaux
font entendre leurs clochettes là où le grand traîneau de la prairie
s’embourbait en face du bar ; et maintenant il y a un chemin de fer
de ceinture électrique qui paie des dividendes fabuleux. Alors, vous,
qui vous sentez plus âgé que Mathusalem et deux fois plus
important, vous sortez en ville et prenez un air de protection envers
les choses en général, tandis que le gérant vous apprend la fortune
colossale que vous auriez faite si vous étiez resté « fidèle à la ville ».
Ou bien le « boom » a fait fiasco et la ville elle-même est morte —
morte comme le cadavre d’un jeune homme que l’on étend au matin
sur la couche mortuaire. Le succès n’a pas justifié le succès. De dix
mille habitants il n’en reste pas trois cents, et ceux-là vivent dans
des huttes dans les faubourgs des rues en briques. L’hôtel avec ses
appartements moisis n’est qu’une vaste tombe ; les cheminées des
factoreries sont froides ; les villas n’ont pas de vitres, et l’herbe
pousse au milieu des chaussées, narguant les annonces
prétentieuses dans les boutiques vides. Il n’y a rien à faire sinon
attraper des truites dans les cours d’eau que les égouts de la ville
devaient contaminer. Une truite de deux livres est là à s’éventer à
l’ombre du conduit souterrain principal où les aunes ont poussé peu
à peu jusqu’à toucher le mur de la ville ; vous payez et, plus ou
moins, vous faites votre choix.
Lorsqu’un homme a vu ces choses et quelques autres qui
accompagnent un « boom » il peut dire qu’il a vécu et « parlé avec
ses ennemis à la porte. » Il a entendu raconter à nouveau les Mille et
une Nuits et il sait le sens intime de ce conte qui, au dire de
certaines petites personnes, n’existe plus. En cela elles mentent
effrontément, car Cortès n’est pas mort ni Drake, et quant à Sir
Philip Sidney, il meurt tous les trois mois, si du moins vous savez où
regarder. Les aventuriers et les « Capitaines courageux » du temps
jadis ont seulement modifié un peu leur accoutrement, et changé
leur métier pour être mieux en accord avec le monde dans lequel ils
se meuvent. Clive revint du pays de Lobengula il y a quelques mois
et affirma qu’il y existait un empire, mais ne rencontra cependant
que très peu qui voulurent le croire. C’est dans une hutte de tôle
ondulée, à Johannesburg, il y a dix ans, que Hastings étudia une
carte de l’Afrique du Sud. Depuis lors il a considérablement modifié
cette carte à l’avantage de l’Empire, mais le cœur de l’empire
s’entiche d’urnes électorales et de mesquins mensonges. L’illustre
Don Quichotte demeure aujourd’hui sur la côte nord de l’Australie où
il a trouvé le trésor d’un galion espagnol coulé. De temps à autre il
tue des nègres qui se cachent sous son lit pour le tuer, lui, à coups
de lance. Le jeune Hawkins, avec un Boscawen plus jeune encore,
qui lui servait de second à bord, faisait, jusqu’à l’année dernière, la
chasse aux vaisseaux pirates autour de Tajurrah ; maintenant ils l’ont
envoyé sur la côte de Zanzibar pour qu’il devienne, à force d’être
grillé, amiral, et le vaillant Sandoval tient la « République » mexicaine
à la gorge depuis au moins quatorze années. Les autres, importants
personnages tous, qui n’ont guère peur des responsabilités, vendent
des chevaux, ouvrent des chemins, boivent le sang gris, construisent
des chemins de fer au delà des limites des bois, traversent à la nage
des rivières, font sauter des souches d’arbres, créent des villes là où
il n’y en avait pas, dans les cinq parties du monde. Seulement, les
gens ne vous croient pas quand vous le leur racontez. Ils ont tout
sous la main et sont beaucoup trop bien nourris. De sorte qu’ils
disent de la réalité la plus terre à terre : « C’est du romantisme.
Comme c’est intéressant » et de la réalité usée et rebattue : « Voilà
du pur romantisme. » Ce n’est que le siècle à venir qui, passant en
revue ses héros, reconnaîtra les nôtres.
En attendant, cette terre — nous en tenons une bonne tranche
jusqu’à présent, — est remplie de choses étonnantes, de miracles,
de mystères, de merveilles, et, faute de mieux, il est bon de circuler,
de les voir toutes et d’en entendre parler.
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