Nikolaus Harnoncourt, østerriksk dirigent, gambist og cellist, en av sin generasjons ledende dirigenter og en meget sentral personlighet innenfor orienteringen mot en mer forskningsbasert og autentisk oppføringspraksis for barokkmusikk fra 1950-årene og fremover.
Harnoncourt hadde adelig bakgrunn. Faren, som var ingeniør, hadde grevetittel og moren var tippoldebarn av keiser Leopold 2. Han vokste opp i Graz og studerte cello og gambe ved Musikkakademiet i Wien. Han var 1952–69 cellist i Wiener Symphoniker.
Harnoncourt grunnla 1953 barokkensemblet Concentus Musicus Wien sammen med sin kone, fiolinisten Alice Harnoncourt (f. 1930). Alice ble konsertmester for ensemblet, en stilling hun beholdt til 1985, og musikerne ble hentet fra Wiener Symphoniker. Formålet var å fremføre barokkmusikk på eldre instrumenter (eller kopier av slike) etter nøye studier av barokktidens praksis. Ensemblet drev utelukkende med studier de første fire årene, før de i 1957 holdt sin første konsert. Denne kunnskapen og fremragende teknisk beherskelse av de gamle instrumentene gav Harnoncourt og ensemblet en sentral posisjon i formidlingen av komponister som Monteverdi og Bach.
Concentus Musicus Wien ble snart en inspirator for en rekke tilsvarende miljøer over hele verden. I 1962 gjorde de sin første innspilling for det tyske selskapet Telefunken, og denne ble fulgt av en rekke bemerkede innspillinger. De gjorde sin første USA-turne i 1966.
I 1969 sluttet Harnoncourt i Wiener Symphoniker for å bli dirigent. I 1972 ble han lærer ved Mozarteum i Salzburg. Han mottok den danske Sonning-prisen i 1993.
Som dirigent utvidet Harnoncourt sitt repertoar, som etter hvert fikk et spenn fra renessansemusikk til Jacques Offenbach og Giuseppe Verdi. Han ble en ettertraktet gjestedirigent ved de ledende symfoniorkestrene, blant annet Wiener Philharmoniker og Concertgebouworkesteret. Han dirigerte opera ved Wiener Staatsoper og Operaen i Zürich. I 1992 gjestet han Festspillene i Salzburg for første gang. Harnoncourt ledet Nyttårskonserten i Wien i 2001 og 2003.
Harnoncourt annonserte i desember 2015, 86 år gammel, at han trakk seg tilbake fra dirigentgjerningen på grunn av høy alder.