Adv Sci丨中科院冯桂海/周琪/王鹏飞/马英克等研究发现FemXpress可通过X连锁SNP解析单细胞X染色体失活异质性

最新推荐文章于 2025-08-12 17:34:03 发布

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X染色体失活（XCI）在早期胚胎发生过程中随机沉默一条X染色体，对平衡雌性细胞中X连锁基因剂量至关重要。然而，在单细胞样本中，根据失活X染色体的亲本来源对细胞进行准确分类仍然具有挑战性。

2025年6月29日，中国科学院动物研究所冯桂海、周琪，中国科学院计算机网络信息中心王鹏飞，国家基因组科学数据中心马英克共同通讯在Advanced Science 在线发表题为“FemXpress: Systematic Analysis of X Chromosome Inactivation Heterogeneity in Female Single-Cell RNA-Seq Samples”的研究论文。该研究介绍了一种计算工具FemXpress，利用X连锁单核苷酸多态性（SNP）在雌性单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据中，根据失活X染色体的来源对细胞进行分组。

FemXpress在模拟数据集和真实数据集上均表现出色，无需亲本基因组信息，并且还可以识别逃避XCI的基因。将FemXpress应用于食蟹猴多个组织的单细胞RNA测序数据，我们揭示了不同器官和细胞类型中XCI来源的异质性。在每个器官中，我们识别出候选的XCI逃逸基因，并在每种细胞类型中观察到与XCI起源相关的基因表达差异，这些差异可能导致表型变异。此外，FemXpress在胚胎和结肠肿瘤的scRNA-Seq数据集中，在XCI分期方面表现出色。总而言之，FemXpress提供了一种强大的XCI状态分析方法，为单细胞分辨率下的XCI动态研究提供了新的见解。

在哺乳动物中，X染色体失活（XCI）进化为维持XX雌性和XY雄性之间的基因剂量平衡。在囊胚阶段，每个雌性细胞随机地使两条X染色体中的一条失活，并且这种失活状态稳定地遗传给所有子细胞。通常，XCI由长链非编码RNA Xist启动，Xist募集一系列沉默复合物，逐渐导致Xist结合染色体的异染色质化，最终导致整个染色体失活。也存在物种特异性的调控机制。例如，在发育成胚外谱系的细胞中，父本X染色体的印记在啮齿动物中很常见，但这是否也发生在人类中仍存在争议。此外，在人类失活X染色体上存在的某些组蛋白修饰在小鼠中没有观察到。此外，XCI并不意味着整个染色体处于转录沉默状态。失活X染色体上的部分基因能够逃脱沉默状态，并以细胞类型特异性和物种特异性的方式转变为活跃的表达模式。因此，女性个体的不同组织呈现出XCI的镶嵌模式，其中父本或母本失活X染色体的细胞比例预计为1:1。

从失活X染色体的来源来看，即使是同种细胞类型的细胞，父本或母本X染色体的失活也存在异质性。此外，队列研究表明，XCI倾斜（XCI skew，指偏离预期的1:1比例）在衰老和肿瘤人群中较为常见。因此，揭示XCI状态的异质性并准确区分女性细胞中X染色体失活的细胞群，对于理解亲本X染色体差异对各种性状的影响至关重要。

传统的检测XCI异质性的方法通常基于聚合酶链式反应 (PCR)，通过靶向血液样本中序列变异的等位基因差异来推断个体中父本和母本X染色体失活的比例。或者，在基于模型的研究中，可以分别标记两条X染色体以区分其来源。然而，这些方法的局限性和不准确性显而易见。例如，基于PCR的方法需要事先了解特定的亲本来源SNPs并设计靶向引物。此外，这种低通量方法不适用于检测不同细胞类型之间的差异。同样，涉及分别标记X染色体的策略仅限于模型生物，限制了其在更广泛环境中的适用性。最近，诸如scLinaX之类的生物信息学工具已被开发用于在单细胞水平上分析XCI异质性。虽然 scLinaX 能够量化不同细胞群体中基因特异性逃逸，但它不支持基于失活 X 染色体亲本来源对细胞进行分类。

在本研究中，我们展示了 FemXpress，这是一种用于研究雌性 scRNA-Seq 样本中 XCI 异质性的分析工具，它通过基于 X 染色体上表达基因的连锁单核苷酸多态性 (SNP) 对细胞进行聚类。FemXpress 对模拟人类数据和小鼠真实测序数据的细胞分类准确率均超过 90%。通过识别同质 XCI 细胞中具有双等位基因表达的 SNP，FemXpress 预测了潜在的 XCI 逃逸基因，其中几个基因此前已被报道。随后，我们将 FemXpress 应用于同一只猴子的多组织数据。我们的分析揭示了 XCI 来源的显著异质性，不仅在同一器官内的不同细胞类型之间，而且在不同组织之间也存在。此外，我们在三个器官中鉴定了数百个 XCI 逃逸基因。至关重要的是，在每个器官的同一种细胞类型中，我们发现了一些由于失活X染色体的亲本来源差异而导致表达差异的基因。这些基因可能促成了表型多样性。此外，我们将FemXpress的应用扩展到了其他公共数据集，包括来自同一发育阶段个体的单细胞数据以及来自不同女性患者结肠肿瘤的单细胞数据。

总而言之，FemXpress利用来自女性样本的单细胞数据来揭示XCI异质性并识别逃避XCI的基因，为精确分析女性scRNA-Seq样本（尤其是在临床相关样本中）提供了一种有价值的方法。