Koimbru dibinājuši Ibērijasķelti. Romas impērijas laikā tā bija pazīstama ar Emīnijas (Aeminium) vārdu un atradās pie lielceļa, kas savienoja Lisabonu (Olisipo) ar Bragu (Bracara Augusta). 468. gadā svēbi sagrāva netālu esošo Konimbrigas pilsētu, tās iedzīvotāji pārcēlās uz Emīniju un pārdēvēja to Konimbrigas vārdā. 711.-878. un 987.-1064. gadā pilsētu pakļāva mauri, 1139.-1256. gadā Koimbra bija Portugāles galvaspilsēta. 1290. gadā pilsētā tika nodibināta universitāte.