微細藻類（びさいそうるい、英：Microalgae or microphytes）は、藻類のうち淡水・海水・堆積物などの水分中にみられる植物プランクトンであり、1ミリメートルから1マイクロメートルほどの大きさである。基本的には単細胞生物であり、単細胞生物同士が接着した群体を構成するものもある。 微細藻類は光合成が可能で、地球の大気に含まれる酸素の約半分を生成している 。微細藻類は水圏の生態系における食物連鎖の基盤を担っており、上位の生物の栄養段階に栄養を供給している。微細藻類のバイオマス（生物量）の指標はクロロフィルaの濃度が用いられる。微細藻類の種類は20万から80万とみられているが、特定されているものは約5万種にとどまる 。
