バイオ燃料（バイオねんりょう、英: Biofuel）とは生物体（バイオマス）を利用した燃料全般を言う。直接燃焼させる他、用途に応じてアルコール燃料や合成ガス、コークス状やペレット状の固形燃料のように加工され、バイオマス発電や航空機、自動車、船舶など幅広い機械の燃料として使われる。食用バイオマス(穀物など)を用いて製造するものを第一世代バイオ燃料、非食用のバイオマス(木質燃料や廃棄物)を用いて製造するものを第二世代バイオ燃料という。再生可能エネルギーの一つとして扱われる。
