ジャパンラグビートップリーグ2006-2007は2006年9月1日から2007年1月14日までレギュラーシーズンが行われた。 前年（2005-06年度シーズン）までは、リーグ戦とプレーオフの「マイクロソフトカップトップ8トーナメント」は別大会の扱いで、リーグ戦1位チームがリーグ優勝の扱いだったが、本年度より大会の仕組みを変更し、レギュラーシーズンを予選リーグ、マイクロソフトカップを決勝トーナメントと位置づけ、その上でプレーオフ進出枠を上位4チームに減らし、そこで行う「プレーオフ・マイクロソフトカップ」の優勝チームをリーグ優勝とみなす方式にした。 レギュラーシーズン首位通過の東芝ブレイブルーパスがマイクロソフトカップを制し、3連覇を達成した。
