クリプトスポリジウム症（英: cryptosporidiosis）とは、アピコンプレックス門のクリプトスポリジウム属に属する原生動物の寄生により、哺乳類の腸が障害を受ける寄生虫病である。糞口経路によって伝播し、免疫系が健全なヒトに対しては自然寛解性の下痢が主要な症状である。しかし AIDS 患者のように免疫不全状態の場合には、重症化ししばしば致死的になる。1976年まで確認されていなかったにもかかわらず、現在、最も一般的な水系感染症の1つとして世界中で認められている。環境抵抗性のシスト（オーシスト）により伝播し、これを摂取すると小腸で脱嚢して腸管上皮組織への感染が成立する。日本においては感染症法の2003年11月の改定以降は5類感染症に指定されており、届出が必要であり全数把握が義務付けられている。
