MPI在ubuntu 下的配置

### MPI在Ubuntu下的配置详解 #### 一、安装与配置MPI 在Ubuntu系统中配置MPI（Message Passing Interface），主要用于并行计算任务，是科学计算、大数据处理等领域的重要工具。以下步骤详细介绍了如何在Ubuntu环境下安装并配置MPICH2版本的MPI。 **1. 安装依赖包** - 使用`apt-get`命令安装必要的基础库和Python环境，确保系统环境的兼容性。 ``` $ sudo apt-get install libc6 $ sudo apt-get install python $ sudo apt-get install python-support ``` **2. 安装MPICH2** - 安装MPICH2文档和软件包，文档可用于后续参考。 ``` $ sudo apt-get install mpich2-doc $ sudo apt-get install mpich2 ``` **3. 配置MPD（MPI Daemon）** - 创建并编辑`.mpd.conf`文件，设置秘密口令，增加安全性。 ``` touch ~/.mpd.conf ``` 在文件中输入： ``` secretword=mysecret ``` - 设置文件权限，确保只有用户自己可以读写。 ``` chmod 600 ~/.mpd.conf ``` **4. 编写mpd.hosts文件** - 创建`mpd.hosts`文件，列出集群中的各个节点名。 ``` node1 node2 ``` **5. 关闭防火墙** - 使用iptables命令临时允许所有输入和输出，随后禁用ufw防火墙。 ``` sudo iptables -P INPUT ACCEPT sudo iptables -P OUTPUT ACCEPT sudo ufw disable ``` **6. 下载和编译Hydra** - 从官网下载Hydra并解压至指定目录，然后执行编译和安装过程。 ``` ./configure make make install ``` #### 二、SSH无密码访问配置 为了实现MPI程序在不同节点间的无密码访问，需配置SSH密钥对，并在各节点之间共享公钥。 **1. 安装SSH服务** - 使用`apt-get`安装SSH服务。 ``` $ sudo apt-get install ssh ``` **2. 生成SSH密钥对** - 运行`ssh-keygen`命令，创建密钥对。 ``` $ ssh-keygen -t rsa ``` 按提示操作，直接按回车键可使用默认设置。 **3. 授权SSH访问** - 将公钥复制到`authorized_keys`文件中，赋予适当权限。 ``` $ cp ~/.ssh/id_rsa.pub ~/.ssh/authorized_keys $ chmod go-rwx ~/.ssh/authorized_keys ``` **4. 分发密钥** - 在每个节点上重复上述步骤，确保各节点间可相互访问。 #### 三、设置多节点环境 假设已有三台虚拟机，分别为node0、node1和node2，需进行以下操作： **1. 修改主机名** - 使用文本编辑器修改`/etc/hostname`文件，更改主机名为对应节点名。 **2. 设置网络** - 参照已有虚拟网卡的IP配置，设置各节点的网络参数，确保在同一子网内。 **3. SSH密钥分发** - 收集所有节点下的`authorized_keys`文件，合并后重新分发至各节点的`~/.ssh/`目录下。 #### 四、测试MPI环境 完成以上步骤后，可以通过编译并运行一个简单的MPI程序来测试集群是否正常工作。 **1. 编译MPI程序** - 使用`mpicc`命令编译C/C++源代码。 **2. 执行MPI程序** - 使用`mpiexec`命令指定节点文件，运行并行程序，测试集群功能。 通过以上步骤，可在Ubuntu系统中成功配置并运行MPI环境，为并行计算提供坚实的基础。