基于FASTA格式序列特征提取方法

资源下载链接为： https://pan.quark.cn/s/9648a1f24758 FASTA格式是生物信息学中一种重要的文本格式，用于表示核酸和氨基酸序列。在该格式中，DNA的四种碱基（腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶和鸟嘌呤）分别用A、T、C、G表示，而RNA中胸腺嘧啶被尿嘧啶（U）替代。蛋白质序列则用20个单字母代码表示氨基酸，如苯丙氨酸用F表示，酪氨酸用Y表示。许多生物信息学数据库，如DIP和NCBI，都以FASTA格式存储大量生物序列数据供研究者使用。研究者在使用BLAST等序列比对工具后，比对结果也常以FASTA格式呈现。在分析这些序列时，研究者可能需要对特定功能域或功能位点进行研究，例如在蛋白质相互作用预测中，对氨基酸序列进行二联体（连续两个氨基酸）或三联体（连续三个氨基酸）特征编码分析，这有助于了解蛋白质的结构和功能。 为了满足对大型FASTA格式序列文件进行特定长度词条特征分析的需求，本文提出了一种新的算法——压缩索引树统计算法。压缩索引树是一种高效存储和检索序列数据的数据结构，该算法通过减少存储空间需求和加快查询速度，优化了现有的生物信息学分析工具，这些工具大多缺乏特定长度词条特征分析功能。在FASTA格式文件中，序列的统计是对28个字母的字符串进行的。文件中，序列说明行以“>”开头，后面是描述序列的文字，之后直到下一个“>”开头的说明行之间是序列本身。目前，常见的分析工具如matlab生物信息学工具箱、PexFinder和BLAST等，均未提供特定长度词条特征分析功能。 文章提到的作者初砚硕是生物信息学领域的学者，他在东北林业大学获得计算机应用技术硕士学位，还在大连理工大学分别获得生物工程和计算机应用技术（第二学位）学士学位。通信联系人刘亚秋也具备丰富的研究背景。FASTA格式作为生物信息学研究的基础，简洁地存储了大量核酸和蛋白质序列信息。随着生物信息学