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- تسلسل وسم معبر عنه (بالإنجليزية: expressed sequence tag) واختصارا (EST) هو تسلسل دنا متمم قصير يُستخدم لتحديد نُسَخِ الجين وهو وسيلة مفيدة في اكتشاف الجينات وتحديد تسلسلاتها. سار تحديد وتعريف الوسوم المعبر عنها بشكل سريع حيث يتواجد حوالي 74.2 مليون وسم في قواعد البيانات العامة. ينتج الوسم المعبر عنه من سَلسَلة واحدةٍ لدنا متمم مستنسخ. الدنا المتمم المستخدم في توليد الوسوم المعبر عنها عادة ما تكون استنساخات فردية من مكتبة الدنا المتمم. التسلسل الناتج هي قطعة منخفضة الجودة نسبيا والتي يكون طولها محدودا بسبب التكنولوجيا الحالية في حوالي 500-800 نوكليوتيد. لأن هذه المستنسخات تتكون من دنا مكمل للرنا الرسول، تمثِّل الوسوم المعبر عنها أجزاء من الجينات المعبر عنها، ويمكن إيداعها في قواعد البيانات إما بصفتها تسلسل دنا متمم أو رنا رسول أو المتمم العكسي للرنا الرسول (السلسلة القالب). يمكن مَوْضَعَة (تحديد موضع) الوسوم المعبر عنها إلى صبغي محدد باستخدام تقنيات الموضعة الجينية، مثل موضعة الإشعاع الهجينة (en)، موضعة هابي (en) أو الموضعة بالتهجين الموضعي المتألق. من ناحية أخرى، إن كان جينوم الكائن هو مصدر الوسم المعبر عنه وكان قد تم تحديد تسلسل جيناته مسبقا، يمكن رصف تسلسل الوسم المعبر عنه مع ذلك الجينوم باستخدام الحاسوب. الفهم الحالي لمجموعة جينات الإنسان (منذ 2006) يشمل تواجد الآلاف من الجينات استنادا فقط على أدلة تسلسل الوسم المعبر عنه. في هذا السياق، أصبحت الوسوم المعبر عنها أداة لتنقيح النسخ المتوقَّعَة من تلك الجينات، والتي تؤدي إلى توقع البروتينات الناتجة عنها وفي النهاية وظيفة هذه البروتينات المتوقعة. علاوة على ذلك، الوضعية التي تم الحصول من خلالها على هذه الوسوم (نسيج، عضو، حالة مرض مثل السرطان) تعطي معلومة على الظروف التي كان ينشط فيها الجين المقابل. تحتوي الوسوم المعبر عنها معلومات كافية تسمح بتصميم المسبار الدقيق من أجل مصفوفات الدنا الدقيقة والتي يمكن استخدامها بعد ذلك لتحديد بروفايلات التعبير الجيني. يستعمل بعض الكتاب مصطلح (EST) لوصف الجينات التي تتواجد عنها معلومات قليلة أو منعدمة باستثناء الوسم. في سنة 2007 راجع ناغاراج وزملاؤه أهمية الوسوم العبر عنها، خصائصها، طرق تحليل قواعد البيانات الخاصة بها وتطبيقاتها في مختلف مجالات علم الأحياء. (ar)
- Una marca o marcador de seqüència expressada (EST, acrònim de l'anglès Expressed Sequence Tag), en biologia molecular és un fragment petit de la seqüència de nucleòtids transcrit i processat, ja sigui un trànscrit codificador de proteïna o no. Com que aquests clons consisteixen en ADN que és complementari al ARNm, els EST representen porcions de gens expressats, i solen aparèixer a les bases de dades com ADNc o ARNm. (ca)
- Expressed Sequence Tags (EST) sind kurze DNA-Sequenzen von meist 100–800 Basenpaaren Länge, die durch die teilweise Sequenzierung von cDNAs von deren 5'- oder 3'-Ende ausgehend gewonnen werden. Da cDNAs durch die reverse Transkription von mRNA erzeugt werden, stellen ESTs also einen Ausschnitt der Sequenz von Genen dar, die im betrachteten Lebewesen, Gewebe oder Zelltyp exprimiert werden, also aktiv sind. ESTs sind dabei im Vergleich zu Komplett-cDNA-Sequenzen oder Genomsequenzierungen mit relativ geringem Aufwand erzeugbar. Die gewonnenen Sequenzinformationen können anschließend in eine EST-Datenbank eingespeist werden und mittels Sequenzvergleichen und bioinformatischer Methoden als Grundlage weiterer Analysen dienen. ESTs gehen stets nur auf eine Einzelsequenzierung zurück, wobei verschiedene cDNAs sich unterschiedlich gut vervielfältigen und sequenzieren lassen. Dies und der teilweise zufällige Ansatz von EST-Gewinnungsverfahren führen dazu, dass ESTs Sequenzen relativ geringer Verlässlichkeit darstellen. Da ESTs nur die Sequenzen reifer mRNAs darstellen, sind in EST-Datenbanken darüber hinaus Introns, Promotoren und andere regulatorisch wichtige Elemente von Genen nicht vorhanden. (de)
- In genetics, an expressed sequence tag (EST) is a short sub-sequence of a cDNA sequence. ESTs may be used to identify gene transcripts, and were instrumental in gene discovery and in gene-sequence determination. The identification of ESTs has proceeded rapidly, with approximately 74.2 million ESTs now available in public databases (e.g. GenBank 1 January 2013, all species). EST approaches have largely been superseded by whole genome and transcriptome sequencing and metagenome sequencing. An EST results from one-shot sequencing of a cloned cDNA. The cDNAs used for EST generation are typically individual clones from a cDNA library. The resulting sequence is a relatively low-quality fragment whose length is limited by current technology to approximately 500 to 800 nucleotides. Because these clones consist of DNA that is complementary to mRNA, the ESTs represent portions of expressed genes. They may be represented in databases as either cDNA/mRNA sequence or as the reverse complement of the mRNA, the template strand. One can map ESTs to specific chromosome locations using physical mapping techniques, such as radiation hybrid mapping, Happy mapping, or FISH. Alternatively, if the genome of the organism that originated the EST has been sequenced, one can align the EST sequence to that genome using a computer. The current understanding of the human set of genes (as of 2006) includes the existence of thousands of genes based solely on EST evidence. In this respect, ESTs have become a tool to refine the predicted transcripts for those genes, which leads to the prediction of their protein products and ultimately of their function. Moreover, the situation in which those ESTs are obtained (tissue, organ, disease state - e.g. cancer) gives information on the conditions in which the corresponding gene is acting. ESTs contain enough information to permit the design of precise probes for DNA microarrays that then can be used to determine gene expression profiles. Some authors use the term "EST" to describe genes for which little or no further information exists besides the tag. (en)
- Un marcador de secuencia expresada o EST (acrónimo en inglés: Expressed Sequence Tag) es una pequeña subsecuencia de una secuencia nucleotídica transcrita (codificante de una proteína o no). Se pueden usar para identificar genes que se transcriben y en el descubrimiento de genes, y para determinación de secuencias. La identificación de los EST ha progresado rápidamente, con aproximadamente 52 millones de ESTs disponibles en las bases públicas (por ej. GenBank mayo de 2008, todas las especies). Los EST son producidos por una ejecución de secuenciación sobre un ARNm clonado (por ejemplo secuenciando varios cientos de pares de bases de un extremo de un clon de ADNc tomado de una biblioteca de ADNc). La secuencia resultante es un fragmento de baja calidad, generalmente de 500 a 800 nucleótidos, que es la longitud de secuenciación de los secuenciadores automáticos más habituales. Como esos clones consisten en ADN, que es complementario al ARNm, los EST representan porciones de genes expresados. Se puede presentar en las bases de datos tanto como secuencia de ADNc/ARNm o complemento reverso de ARNm, la cadena molde. Es necesario crear un clon de ADN, porque es más estable, de tal forma que representa solo una secuencia expresada del ADN. Las ESTs (Expressed sequence tags o bien en español, marcadores de secuencias expresadas) son potentes herramientas al reducir el tiempo para identificar la ubicación de un gen determinado dentro del genoma, los científicos han demostrado mediante la utilización de las ESTs se podido aislar de manera rápida los genes que causan la enfermedad de Alzheimer y el cáncer de colon. Las EST pueden asignarse a ubicaciones específicas del cromosoma utilizando técnicas de mapeo físico, tales como el mapeo híbrido por radiación o la hibridación fluorescente in situ (FISH). Por otra parte, si el genoma del organismo del cual se obtuvo la EST se ha secuenciado se pueden alinear las secuencias EST con este genoma. El entendimiento actual de los genes del genoma humano (2006) incluye la existencia de miles de genes basados solamente en evidencia de EST. En este sentido, las EST se convierten en un instrumento para afinar la transcripciones predichas de esos genes, lo que lleva a la predicción de sus productos proteicos, y finalmente, de su función. Además, la situación en la que se obtienen los EST (tejido, órgano, estado de enfermedad —por ejemplo, cáncer—) proporciona información sobre las condiciones en las que el gen correspondiente está actuando. Los EST contienen suficiente información para permitir el diseño de sondas precisas para chips de ADN que luego se pueden utilizar para determinar la expresión de genes. Algunos autores usan el término «EST» para describir genes de los que no se tiene mucha información. (es)
- Un marqueur de séquence exprimée, ou expressed sequence tag (EST), est une courte portion séquencée d'un ADN complémentaire (ADNc), utilisée comme marqueur pour différencier les gènes entre eux dans une séquence ADN et identifier les gènes homologues dans d'autres espèces. Parce qu'il est généralement assez facile de récupérer des brins d'ARNm des cellules, les biologistes récupèrent ces séquences et les convertissent en ADNc, qui est bien plus stable. Un ARNm étant forcément l'expression d'un gène du génome, cet ADNc n'est pas une copie exacte de la séquence ADN qui a généré l'ARN car, à la suite de l'épissage, l'ARN ne garde pas les régions non codantes de l'ADN (introns). Si le génome est correctement identifié, les gènes le composant ne le sont pas encore tous. Et certains gènes identifiés ont une fonction encore inconnue. En utilisant les EST, on cherche à identifier un gène par le chemin inverse, c'est-à-dire que l'on prend la séquence d'ARN pour trouver la séquence d'ADN qui l'a créée.Cela va permettre de localiser le gène dans le génome, tout en n'ayant aucune information sur le gène lui-même. Pour effectuer une recherche sur la séquence d'ADN originelle, on n'utilise qu'une partie de l'information contenue dans l'ADNc, une centaine de nucléotides. Cette sous-séquence est prise en début ou en fin de séquence. Le début est relativement bien conservé d'une espèce à l'autre ; aussi, pour identifier de manière unique le gène en cause, on a tendance à utiliser la fin de la séquence comme base de recherche. (fr)
- 発現配列タグ（はつげんはいれつタグ、英: expressed sequence tag、略称: EST）とはcDNA配列の一部からなる短い断片であり、遺伝学において遺伝子の転写産物の同定に用いられ、遺伝子の発見や配列決定に有用である。ESTの同定は迅速に進行しており、公共データベースで約7420万種類のESTが利用可能である（GenBank、全生物種、2013年1月1日段階）。 ESTはクローニングされたcDNAからの1度のシーケンシングによって得られる。一般的にESTの生成に用いられるcDNAは中に存在する個々のクローンである。得られる配列は比較的低品質な断片であり、その長さは現在の技術では約500–800ヌクレオチド程度が限界である。cDNAクローンはmRNAに相補的なDNAで構成されており、そのためESTは発現している遺伝子の一部を表すことになる。データベース中のESTは、cDNA/mRNAの配列のいずれか、またはmRNAに対して逆相補的な鋳型鎖の配列を表している。 、、蛍光 in situ ハイブリダイゼーション（FISH）などの技術を用いてESTを染色体上の特定の位置へマッピングすることで、対応する遺伝子の染色体上の位置に関する手がかりが得られる。ESTの由来となった生物種のゲノムの配列決定が行われている場合、計算機を用いてEST配列のアラインメントを行うことができる。 ヒトの遺伝子セットに関する現在の理解には、その存在の証拠がESTのみに基づいている遺伝子が数千個含まれている（2006年段階）。ESTはこうした遺伝子からの転写産物の予測を精密化するツールとなり、そこからさらに遺伝子のタンパク質産物や最終的にはその機能の予測が行われる。さらに、ESTが得られた状況（組織、器官、がんなどの疾患状態）からは、対応する遺伝子が機能する状況に関する情報が得られる。ESTはDNAマイクロアレイのプローブを正確にデザインするには十分な情報が含まれており、遺伝子発現プロファイルの決定に用いることができる。 「EST」という語は、タグ以外の情報がほとんどまたは全く存在しない遺伝子を記述するために利用されることもある。 (ja)
- Le Expressed Sequence Tags (ESTs) sono delle brevi sequenze di DNA che corrispondono alle regioni terminali di sequenze di cDNA più lunghe. Le molecole di cDNA sono ottenute dalla retrotrascrizione della popolazione di mRNA contenuti nelle cellule di un tessuto. In sostanza, le EST rappresentano porzioni di mRNA che permettono di individuare geni espressi tramite un'analisi sistematica del trascrittoma. Negli anni '90 questo approccio è stato utilizzato per scoprire nuovi geni e/o associare la loro espressione a specifici tipi cellulari. Una volta identificati geni di interesse, vengono svolte delle analisi più mirate per ottenere l'intera sequenza del relativo cDNA. Quest'ultimo può essere poi utilizzato come sonda in esperimenti come il northern blot o microarray.Il termine EST fu introdotto nel 1991 da Craig Venter. Le EST non corrispondono necessariamente a frammenti di mRNA, ma possono appartenere anche ad altri RNA non codificanti per alcuna proteina (ncRNA), come i miRNA, sebbene presenti in quantità molto basse. Le EST sono sequenze brevi (in genere tra le 300 bp e le 500 bp) e piuttosto inaccurate (circa un 2% di errore); ciò è dovuto al fatto che la reazione di sequenziamento viene di solito effettuata automaticamente in una sola direzione o comunque non-overlapping. Le EST sono dunque in genere più corte dei trascritti completi, perché sequenziare un intero mRNA è più costoso: questo però può produrre risultati errati nel caso vi siano forme di splicing alternativo non conosciute. L'identificazione di nuove EST procede rapidamente, ed ora le EST pubbliche disponibili ammontano a quasi 75 milioni (GenBank, gennaio 2013), di cui oltre 8 milioni derivano da sequenze umane: tra queste sono comprese molte sequenze ridondanti o che mappano in punti diversi dello stesso mRNA, il che spiega l'enorme abbondanza di EST in rapporto al numero di geni. In base alle conoscenze attuali (2008) del genoma umano, non vi è alcuna verifica sperimentale dell'esistenza di un numero così alto di geni codificanti, infatti si stima che esistano tra 25.000 e 30.000 geni umani. Le banche dati dbEST e Unigene sono state sviluppate per raggruppare tutte le EST appartenenti allo stesso gene. (it)
- Expressed sequence tag (vaak afgekort als: EST) is een stuk cDNA, enkele honderden nucleotiden lang. Een EST was oorspronkelijk bedacht met als doel om transcriptie van genen in gang te zetten, maar is uiterst belangrijk geworden bij de identificatie van genen en bij het bepalen van de structuur van chromosomen. Radioactief gemerkte of fluorescerende EST's kunnen gebruikt worden om genen en hun plaats op een chromosoom aan te geven. Ook kunnen EST's grote mutaties op chromosomen (uitwisselingen van chromosoomarmen) aantonen, wat bijvoorbeeld nuttig kan zijn bij kankeronderzoek.Een EST wordt geproduceerd uit cDNA (terug getranscribeerd mRNA) dat met behulp van restrictie-enzymen in kleine stukjes wordt geknipt. EST's hebben meestal 200 tot 500 nucleotiden. De betrouwbaarheid van het systeem is goed, aangezien de statistische kans dat een gedeelte willekeurig nog een keer voorkomt zeer klein is. Voor een sequentie van 20 nucleotiden is er al een zeer grote specificiteit, namelijk — vanwege de vier mogelijke basen — A, C, T (of U) en G: Dat is 1 op bijna 1,1 biljoen. Dit is een theoretische grens die alleen zou gelden als zowel genoom als EST uit volstrekt toevallige sequenties zouden bestaan. In werkelijkheid zal de specificiteit veel lager liggen, zij het nog altijd zo hoog dat dit als foutenbron verwaarloosbaar is. In het plantenimmuunsysteem wordt ook gebruikgemaakt van het feit dat korte (RNA) sequenties al specifiek zijn voor een sequentie (zie RNAi). (nl)
- Um marcador de sequência genética (ou EST do Inglês expressed sequence tag) é uma sub-sequência curta de uma sequência de ADN complementar. Podem ser usados para identificar transcrições genéticas e são cruciais no processo de descoberta de genes e na determinação de sequências genéticas. A identificação de EST ocorreu a um ritmo acelerado, existindo actualmente cerca de 66 milhões de EST disponíveis em bases de dados públicas como o GenBank. (pt)
- En expressed sequence tag (EST) är en kort nukleotidsekvens som representerar en bit av ett mRNA (oftast eukaryotiska mRNA). Denna sekvens kan antingen innehålla en proteinkodande region, eller inte. EST:er kan användas för att snabbt identifiera gentranskript och är ett instrument som kan användas för att upptäcka gener eller bestämma geners sekvens. Idag finns mer än 69 miljoner EST:er tillgängliga för sökning i öppna databaser, som exempelvis dbEST. (sv)
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- Una marca o marcador de seqüència expressada (EST, acrònim de l'anglès Expressed Sequence Tag), en biologia molecular és un fragment petit de la seqüència de nucleòtids transcrit i processat, ja sigui un trànscrit codificador de proteïna o no. Com que aquests clons consisteixen en ADN que és complementari al ARNm, els EST representen porcions de gens expressats, i solen aparèixer a les bases de dades com ADNc o ARNm. (ca)
- Um marcador de sequência genética (ou EST do Inglês expressed sequence tag) é uma sub-sequência curta de uma sequência de ADN complementar. Podem ser usados para identificar transcrições genéticas e são cruciais no processo de descoberta de genes e na determinação de sequências genéticas. A identificação de EST ocorreu a um ritmo acelerado, existindo actualmente cerca de 66 milhões de EST disponíveis em bases de dados públicas como o GenBank. (pt)
- En expressed sequence tag (EST) är en kort nukleotidsekvens som representerar en bit av ett mRNA (oftast eukaryotiska mRNA). Denna sekvens kan antingen innehålla en proteinkodande region, eller inte. EST:er kan användas för att snabbt identifiera gentranskript och är ett instrument som kan användas för att upptäcka gener eller bestämma geners sekvens. Idag finns mer än 69 miljoner EST:er tillgängliga för sökning i öppna databaser, som exempelvis dbEST. (sv)
- تسلسل وسم معبر عنه (بالإنجليزية: expressed sequence tag) واختصارا (EST) هو تسلسل دنا متمم قصير يُستخدم لتحديد نُسَخِ الجين وهو وسيلة مفيدة في اكتشاف الجينات وتحديد تسلسلاتها. سار تحديد وتعريف الوسوم المعبر عنها بشكل سريع حيث يتواجد حوالي 74.2 مليون وسم في قواعد البيانات العامة. يستعمل بعض الكتاب مصطلح (EST) لوصف الجينات التي تتواجد عنها معلومات قليلة أو منعدمة باستثناء الوسم. في سنة 2007 راجع ناغاراج وزملاؤه أهمية الوسوم العبر عنها، خصائصها، طرق تحليل قواعد البيانات الخاصة بها وتطبيقاتها في مختلف مجالات علم الأحياء. (ar)
- Expressed Sequence Tags (EST) sind kurze DNA-Sequenzen von meist 100–800 Basenpaaren Länge, die durch die teilweise Sequenzierung von cDNAs von deren 5'- oder 3'-Ende ausgehend gewonnen werden. Da cDNAs durch die reverse Transkription von mRNA erzeugt werden, stellen ESTs also einen Ausschnitt der Sequenz von Genen dar, die im betrachteten Lebewesen, Gewebe oder Zelltyp exprimiert werden, also aktiv sind. ESTs sind dabei im Vergleich zu Komplett-cDNA-Sequenzen oder Genomsequenzierungen mit relativ geringem Aufwand erzeugbar. Die gewonnenen Sequenzinformationen können anschließend in eine EST-Datenbank eingespeist werden und mittels Sequenzvergleichen und bioinformatischer Methoden als Grundlage weiterer Analysen dienen. ESTs gehen stets nur auf eine Einzelsequenzierung zurück, wobei versch (de)
- In genetics, an expressed sequence tag (EST) is a short sub-sequence of a cDNA sequence. ESTs may be used to identify gene transcripts, and were instrumental in gene discovery and in gene-sequence determination. The identification of ESTs has proceeded rapidly, with approximately 74.2 million ESTs now available in public databases (e.g. GenBank 1 January 2013, all species). EST approaches have largely been superseded by whole genome and transcriptome sequencing and metagenome sequencing. (en)
- Un marcador de secuencia expresada o EST (acrónimo en inglés: Expressed Sequence Tag) es una pequeña subsecuencia de una secuencia nucleotídica transcrita (codificante de una proteína o no). Se pueden usar para identificar genes que se transcriben y en el descubrimiento de genes, y para determinación de secuencias. La identificación de los EST ha progresado rápidamente, con aproximadamente 52 millones de ESTs disponibles en las bases públicas (por ej. GenBank mayo de 2008, todas las especies). (es)
- Un marqueur de séquence exprimée, ou expressed sequence tag (EST), est une courte portion séquencée d'un ADN complémentaire (ADNc), utilisée comme marqueur pour différencier les gènes entre eux dans une séquence ADN et identifier les gènes homologues dans d'autres espèces. (fr)
- Le Expressed Sequence Tags (ESTs) sono delle brevi sequenze di DNA che corrispondono alle regioni terminali di sequenze di cDNA più lunghe. Le molecole di cDNA sono ottenute dalla retrotrascrizione della popolazione di mRNA contenuti nelle cellule di un tessuto. In sostanza, le EST rappresentano porzioni di mRNA che permettono di individuare geni espressi tramite un'analisi sistematica del trascrittoma. Negli anni '90 questo approccio è stato utilizzato per scoprire nuovi geni e/o associare la loro espressione a specifici tipi cellulari. Una volta identificati geni di interesse, vengono svolte delle analisi più mirate per ottenere l'intera sequenza del relativo cDNA. Quest'ultimo può essere poi utilizzato come sonda in esperimenti come il northern blot o microarray.Il termine EST fu introd (it)
- 発現配列タグ（はつげんはいれつタグ、英: expressed sequence tag、略称: EST）とはcDNA配列の一部からなる短い断片であり、遺伝学において遺伝子の転写産物の同定に用いられ、遺伝子の発見や配列決定に有用である。ESTの同定は迅速に進行しており、公共データベースで約7420万種類のESTが利用可能である（GenBank、全生物種、2013年1月1日段階）。 ESTはクローニングされたcDNAからの1度のシーケンシングによって得られる。一般的にESTの生成に用いられるcDNAは中に存在する個々のクローンである。得られる配列は比較的低品質な断片であり、その長さは現在の技術では約500–800ヌクレオチド程度が限界である。cDNAクローンはmRNAに相補的なDNAで構成されており、そのためESTは発現している遺伝子の一部を表すことになる。データベース中のESTは、cDNA/mRNAの配列のいずれか、またはmRNAに対して逆相補的な鋳型鎖の配列を表している。 、、蛍光 in situ ハイブリダイゼーション（FISH）などの技術を用いてESTを染色体上の特定の位置へマッピングすることで、対応する遺伝子の染色体上の位置に関する手がかりが得られる。ESTの由来となった生物種のゲノムの配列決定が行われている場合、計算機を用いてEST配列のアラインメントを行うことができる。 (ja)
- Expressed sequence tag (vaak afgekort als: EST) is een stuk cDNA, enkele honderden nucleotiden lang. Een EST was oorspronkelijk bedacht met als doel om transcriptie van genen in gang te zetten, maar is uiterst belangrijk geworden bij de identificatie van genen en bij het bepalen van de structuur van chromosomen. Radioactief gemerkte of fluorescerende EST's kunnen gebruikt worden om genen en hun plaats op een chromosoom aan te geven. Ook kunnen EST's grote mutaties op chromosomen (uitwisselingen van chromosoomarmen) aantonen, wat bijvoorbeeld nuttig kan zijn bij kankeronderzoek.Een EST wordt geproduceerd uit cDNA (terug getranscribeerd mRNA) dat met behulp van restrictie-enzymen in kleine stukjes wordt geknipt. EST's hebben meestal 200 tot 500 nucleotiden. (nl)
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