| 送交者: Gibbon[☆品衔R4☆] 于 2020-01-28 20:05 已读 11521 次 22 赞 | Gibbon的个人频道 |
我是工科出身，写东西不带出处和资料，浑身难受。看到好多猜测病毒是不是人工造的贴，咱也来猜。 6park.com写在前面：所有资料工具是公共可得资料；且来源于美国 NCBI。谁要是灯塔国都不信，我也没办法了。 1. 找到SARS 和 武汉 病毒碱基序列。 2003 年SARS 病毒： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AY278741.1?report=genbank&to=29727 武汉病毒： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947.3?report=fasta&to=29903 2. 用FASTA格式查看，保存。 如图1所示，先戳这里：6park.com如图2所示，再戳这里： 你已经以FASTA格式保存好两种病毒的碱基了。 6park.com3. 用BLAST来对比俩组碱基 BLAST (basic local alignment search tool)是常用的比对工具。学有余力的同学自行阅读：https://en.wikipedia.org/wiki/BLAST_(biotechnology) BLAST网上就有在线应用：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome。打开这个链接，上传第二步里保存的FASTA文件， 6park.com如图3所示。（e.g., 1：武汉；2：SARS） 6park.com戳图4的BLAST按钮，大功告成。 6park.com4.结果 6park.comE-value ： 0。这值已经溢出直接取0了，意思是是高度相关。关于e-value介绍：http://www.metagenomics.wiki/tools/blast/evalue 6park.com图5，高度相关碱基的分布。红色表示高度相关区段。 6park.com图6，对比点状图。实线部分表示匹配。 6park.com5. 讨论 先说个常识：碱基的变异随机出现在任何一个位置上，自然环境下完全不可控。 6park.com综上所述，这种病毒在17年间，或者更长时间的自然变异下， 1）依然高度相关； 2）仅仅在不到几百个碱基出现变异； 3）且出现变异的区段分布相对集中且不随机。 6park.com诚然，完全自然发生的几率不为0。只是这些几百个碱基的变异造就了一个 1）潜伏期长； 2）传染性强； 3）携带病毒者临床症状不明显，甚至没有症状； 4）依然可以跨物种感染。 的近乎完美的病毒。 6park.com再加上 1）发生在交通枢纽大型城市； 2）发生在人流最大的春运时期； 3）发生在最易出现呼吸道感染时期，且其临床症状与感冒非常类似。 6park.com最后打个比方来做总结： 6park.com一只随机敲打琴键的猴子，也可能弹出命运交响曲。只是不会有人说命运交响曲是随机产生的。 6park.com########################################################################################################### 编辑，谢谢这位网友shz勘误，我的确读错了比例尺，不是几百碱基，而是几千碱基。我同时把这位网友的看法全文抄录如下： 6park.com“综上所述，这种病毒在17年间，或者更长时间的自然变异下， 1）依然高度相关；（对 碱基同源性>80%） 2）仅仅在不到几百个碱基出现变异；（明显错误，变异的碱基超过三千多） 3）且出现变异的区段分布相对集中且不随机。（分布不集中，仔细看序列比对，变异的区域贯穿整个基因组） 6park.com 所以不可能是人工编辑的结果。可以查查全球能研究并在研的SARS病毒的实验室都有几个” 6park.com再次编辑，也有网友认为我从一开始就是错的，这位北冥巨鲲网友的全文摘录如下： https://club.6parkbbs.com/other/index.php?app=forum&act=threadview&tid=12955823 “截至1月30日，武汉新型冠状病毒基因组测序已经完成29组，其中包括中国22例（深圳7例，武汉5例，其他地区10例），美国5例，泰国2例。 6park.com 6park.com1月24日，上海中科院通过protein modeling发现武汉新型冠状病毒的spike protein（S protein）结构和Angiotensin converting enzyme 2 (ACE2) 受体receptor极为相似；几乎同时间，美国NIH病毒研究中心通过反向工程学证明ACE2就是武汉新型冠状病毒的受体，也就是说病毒如何入侵细胞的机制已经明确。 6park.com 6park.com在此基础上，目前各种可能抑制ACE2受体的蛋白酶抑制剂Protease inhibitor都在实验中，同时病毒表面的蛋白酶C30 Endopeptidase也在进行各种药物可能着路点实验。 6park.com 6park.com疫苗目前在同步进行，预计2020年5月投入生产。 6park.com 6park.com至于军版那位所谓的“工科生”您就别搞笑了，28种不同冠状病毒相互之间用BLAST对比基因组，哪组E-value不是0？这28种病毒的感染能力，传播能力，感染群体一样吗？ 6park.com 6park.com军版贴链接:https://club.6parkbbs.com/military/index.php?app=forum&act=threadview&tid=15534174 6park.com 6park.com其中能够感染人类的6种冠状病毒（武汉新型冠状病毒发现前），用BLAST对比哪组E-value不是0？6种能够感染人类的冠状病毒 229E, NL63, OC43, HKU1, MERS, SARS，前4种只能引起伤风的症状，后面两种（SARS和中东呼吸综合征）会死人的，能一样吗？ 6park.com 6park.com碱基同源性>80%就是高度相关？您和香菇的碱基同源性都大于80%。 ” 6park.com编辑，按照SARA vs. 武汉病毒的方法，SARS vs. MERS, SARS vs. HUK1 都不明显相关。: https://club.6parkbbs.com/military/index.php?app=forum&act=threadview&tid=15537790 6park.com 编辑，有网友和我分享了如下俩片文章，他认为“综上所述，从武汉病毒所泄露的可能性>美国投毒10000倍” 6park.com1）美国北卡送交的，关于感染人类的文章 https://www.nature.com/articles/nm.3985 2）“武汉病毒所”送交的，关与分离定性的文章 https://www.nature.com/articles/nature12711 以下是这位网友得出结论的讨论过程： 以及总结链接和全文： https://club.6parkbbs.com/other/index.php?app=forum&act=threadview&tid=12955977 “Gibbon网友根据SARS 和武汉病毒相似性80%断定是美国投毒。其实追溯过往发表的文章，武汉病毒所早在2013年就从蝙蝠身上分离了这个病毒 （https://www.nature.com/articles/nature12711），请注意这部分工作武汉病毒所是通讯作者及单位。随后武汉病毒所的葛杏意和石征利与美国合作于2015年改造了这个病毒用于人类感染 （https://www.nature.com/articles/nm.3985）。其后葛和石把改造后的病毒带回武汉病毒所继续研究。 巧合的是，这次疫情起源于距病毒所几公里远的市场。大家难道还不清楚怎么回事么？” 6park.com贴主:Gibbon于2020_01_28 20:12:58编辑
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6park.com贴主:Gibbon于2020_01_28 21:58:25编辑 6park.com贴主:Gibbon于2020_01_29 9:34:35编辑评分完成：已经给 Gibbon 加上 1000 银元！
6park.com贴主:Gibbon于2020_01_29 15:34:59编辑 6park.com贴主:Gibbon于2020_01_30 13:51:06编辑 6park.com贴主:Gibbon于2020_01_30 13:51:50编辑 6park.com贴主:Gibbon于2020_01_30 13:55:03编辑 6park.com贴主:Gibbon于2020_01_30 14:00:20编辑 6park.com贴主:Gibbon于2020_01_30 14:48:44编辑 6park.com贴主:Gibbon于2020_01_30 14:56:08编辑 6park.com贴主:Gibbon于2020_01_30 15:08:06编辑 6park.com贴主:Gibbon于2020_01_30 18:10:53编辑 6park.com贴主:Gibbon于2020_01_30 18:11:49编辑 6park.com贴主:Gibbon于2020_01_30 18:16:02编辑 6park.com贴主:Gibbon于2020_01_30 18:17:14编辑 6park.com贴主:Gibbon于2020_01_30 18:18:36编辑 6park.com贴主:Gibbon于2020_01_30 18:29:05编辑 6park.com贴主:Gibbon于2020_01_30 18:29:59编辑
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