- 博客(13)
- 收藏
- 关注
RSS订阅原创 NCBI Datasets 下载序列的利器
您可以使用它来查找和下载基因和基因组的序列、注释和元数据，使用我们的命令行界面(CLI)工具或NCBI Datasets web界面。这个示例中获取了gene-id为672的基因序列ncbi_dataset/data/gene.fna和蛋白质序列ncbi_dataset/data/protein.faa。这里的命令挂在了后台，如果中断可以再次提交，会从中断的地方再下载的。通过上述的下载，小花相信你已经下载了好了datasets，下面来看看datasets怎么用叭～运行以下命令下载所有人类基因的基因数据包。
2023-12-18 17:55:51
1689
1
原创 ggClusterNet 让关联网络分析变得简单
用ggClusterNet 做网络分析图并计算网络中的拓扑学指数，尤其是鲁棒性数值，来体现网络的稳健性。
2023-03-24 17:40:04
1773
3
原创 生信软件（1）bioawk
生信人一定用过三剑客awk、grep、sed，生信牛人——李恒，根据awk的源代码，进行修修补补专门用于生信的小工具。取特定长度bp的序列；取出大于200bp序列的id ，序列等等；fastq转fasta
2022-10-20 17:46:50
692
原创 Linux批量删除同一时间产生的文件
这样我们就学会了批量删除相应时间点产生的文件，再也不担心错误操作了~~~例如：在当前的目录下，存在两个时间点产生的文件，我们想删除。首先grep一下，提取某个时间点的文件。最后结合xargs命令进行删除。
2022-09-30 09:43:19
672
原创 awk引用外部变量
避免上述错误，我们需要修改我们的代码awk'{print"'"$str"'"}'shell解释完后变成awk{print"hello"}file。首先这里awk'{print"'到这里shell不会解释。其中这一块有关awk中引用外部变量的方法引用外部变量$i。然后$strshell解释其内容即为hello。，命令中单引号''引起来防止shell对其进行解释。为了看懂下面的代码，需要知道怎样引用awk的外部变量。为啥又多了一个双引号呢？问题看不懂下面的代码。...
2022-07-21 17:04:29
1116
原创 fastq转化成fasta格式
第一行以符号“@”起始，对应于序列ID和相应的描述信息；第二行为实际测得的碱基序列；第三行以符号“+”起始；而第四行的字符串则记录了第二行序列中，每个碱基所对应的测序质量。
2022-07-20 13:03:35
2759
2
原创 寻找当前目录和子目录下的所有.txt 的文件
shopt命令参数globstar，可以使得**匹配零个或者多个子目录。寻找当前子目录和目录下的所有.txt的文件，可以。开启shoptglobstar参数。没有开启的时候我们只能。
2022-07-18 17:21:50
1877
原创 找出下面字符串不大于6的单词
题目：找出字符串不大于6的单词"welcome to shell world"方法二：用数组进行提取;直接从数组中提取这里注意学习一下，[]、[[]]、（）、(())、{}等的用法
2022-07-07 18:00:56
122
原创 conda基础操作，下载软件
conda的安装 软件有关安装包的conda命令 用conda安装软件包时，从下方网址搜索需要的安装包 Package repository for anaconda :: Anaconda.org例如:fastqc软件的搜索，并按照所给出的指令，进行下载Fastqc :: Anaconda.org 注意：下载中有询问，一律输入"y"，继续进行 镜像指的是：可以通过这些渠道（channels）下载我们所需的软件，conda会自带自己的渠道（ch......
2022-07-06 15:09:11
4155
原创 LINUX三剑客&正则 强强联合
grep sed awk 正则 取行 取列 提取 增加 删除 替换 累加 统计解决大部分的生信分析处理数据的小技巧
2022-06-24 17:08:43
668
原创 shell中改文件名的方法
shell中改文件名的方法rename——应用于多文件批量修改例如：更改文件名中的字符串对于命名不规律的文件名，添加/删除后缀方法三：xargs与mv 联合，添加/删除后缀方法四：简单的for循环根据自己的习惯选择合适的方法，总结下来，我认为rename 可以满足大部分的操作需求 ，可以多次尝试，从此改名变得简单~~......
2022-06-22 17:23:27
18793
原创 xargs 命令学习
xargs 命令学习二、xargs 命令的作用用做不能够接受标准输入的命令，把上述的命令改为以下的形式就可以得到想要的结果：xargs 标准格式如下执行的命令紧跟xargs后面，接受xargs传来的参数以上代码就相当于三、xargs单独使用......
2022-06-22 13:37:58
630
空空如也
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人