geo数据差异分析_答疑呀嘿丨如何对GEO数据库的数据进行差异表达基因分析？

又是一周答疑时间到！

感谢本周答疑老师-上海其明的杨老师，侯老师和张老师！

本周又有一些小伙伴提出了他们的问题，有一些真的对大家比较有参考意义，注意认真阅读哦~

Q1－生信分析

问：想对GEO数据库的数据进行差异表达基因分析DEG分析，应该怎么操作呢

答：从GEO数据库得到的芯片数据进行DEG分析可以考虑以下几种思路：推荐使用其明的GCBI平台，只需获取芯片的原始CEL文件即可高效快捷地使用该平台进行芯片的分析。

可以使用GEO 官方的GEO2R 在线交互分析平台，比较简单快捷。

如果是affymatrix 芯片，也可以使用其自带的Expression Console 软件通过导入原始CEL文件进行DEG分析。

也可以使用R语言的一些包工具如(affy、oligo、limma)来通过读入原始CEL文件进行更加个性化的分析。

其中，前3种适合无基础用户，最后一种适合有一些芯片分析基础的用户。

Q2－基因组测序

问：基因组测序和de novo测序有什么区别啊？

答：基因组测序分为de novo测序和重测序。

de novo 测序即从头测序，不需要任何参考基因组信息即可对某个物种的基因组进行测序，利用生物信息学分析方法进行拼接、组装，获得该物种的基因组序列图谱，从而推进该物种的后续研究。

基因组重测序主要用于辅助研究者发现单核苷酸多态性位点(SNPs)、拷贝数变异(CNV)、插入/缺失(Indel)等变异类型，以较低的价格将单个参考基因组信息扩增为生物群体的遗传特征。全基因组重测序在人类疾病和动植物育种研究中广泛应用。

Q3－分析策略

问：大鼠和小鼠的蛋白组学数据，不同时间做出来的，一般这样的数据可以拿来交集一起分析吗？

答：不同物种不适合取交集，因为类似的蛋白在不同的物种中存在的名称可能是不同的，单纯的