生物信息学分析常用网站

最新推荐文章于 2025-05-28 19:52:38 发布
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分类专栏： 生信基础-python 文章标签： 生物信息学

1.  BLAST（核酸蛋白序列比对）：

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

2.  miRBase（miRNA数据库网站）：

http://www.mirbase.org/

3.  PlantCARE（启动子元件分析网站）：

    http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/

4.  Weblogo（核酸蛋白序列位点保守性分析）：

http://weblogo.berkeley.edu/logo.cgi

5.  CBS Prediction Servers（综合分析，强烈推荐）

http://www.cbs.dtu.dk/services/

其中比较常用的有：

     Promoter 2.0 Prediction Server（转录起始位点预测）

http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/

SignalP 4.1 Server（信号肽预测）

http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

  TargetP 1.1 Server（亚细胞定位预测）

http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/

  TMHMM Server v.2.0（蛋白跨膜结构预测）

http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/

6.  SWISS-MODEL（蛋白三维建模）

https://swissmodel.expasy.org/

7.  RNA22（miRNA靶基因预测）

https://cm.jefferson.edu/rna22/

8.  PDB（蛋白质数据库）

http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

9.  RNAfold web server（RNA二级结构预测）

http://nhjy.hzau.edu.cn/kech/swxxx/jakj/dianzi/Bioinf4/miRNA/miRNA1.htm

10.TAIR（拟南芥数据库）

http://www.arabidopsis.org/

11.文献搜索（农大没有版权的文献下载）

http://www.sci-hub.cc/

12.生物序列的可视化示意图制作（IBS）

http://ibs.biocuckoo.org/

13.InterPro（蛋白质序列分析）

http://www.ebi.ac.uk/interpro/

14.RNA结合蛋白预测

RNA binding motif (RRM) containing

http://www.genenames.org/genefamilies/RBM

RBPmap

http://rbpmap.technion.ac.il/

RNApred

http://www.imtech.res.in/raghava/rnapred/help.html

生物信息神奇网站系列（十）：生物数据库集合
xxxie_的博客
07-13 2020
生物软件与生物数据库是做生物信息两大利器，前面我们介绍了生物软件集合网站omictools与mybiosoftware。这次介绍一个生物数据库的集合。Nucleic Acids Research Database。 十：生物数据库集合 http://www.oxfordjournals.org/nar/database/cap/ OXFORD Journals 在线页面包含一个常用数据库的页面。里...
生物信息神奇网站系列（七）：Mybiosoftware
xxxie_的博客
07-09 852
上一次我们介绍了omictools网站，网站功能很多，因此层级有些乱，想找到合适的软件有些复杂。mybiosoftware是一个传统的博客类网站，可以作为生物软件网址导航，相比于omictools，更加好用一些，没有比较过哪个站点收集生物软件更多。这重要吗，当然不是，谁都不可能把所有软件都使用一遍，软件只是工具，了解工具原理和使用工具同样重要，弱水三千，只取一瓢足矣。 七：生物软件集合mybios...
生物信息学必备网站大全
Ai17316391579的博客
02-16 5709
其涉及面广，包括基因组学和生物信息学中心、生物信息学工具和基因组计划索引、DNA和蛋白质分析工具、生物信息学课程主页、生物信息学和生物技术的学术项目、生物信息学文献参考，以及网上引物。中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心的网站中的生物信息学专题提供与生物信息学有关的新闻信息，生物信息学文献的介绍（包括的课题例如：鉴别肿瘤的亚型，细菌中的基因转移，生物钟与微阵列--哺乳动物的基因组有节奏，混乱的DNA区分人类与黑猩猩等等），相关软件下载，与数据库的链接。该网站还提供研究、工作、演讲、论文等方面的信息。
DeePNAP：一秒预测蛋白-DNA/蛋白-RNA结合强度
最新发布
药研猿的博客
05-28 1315
DeePNAP是一种基于机器学习的蛋白质-核酸结合预测工具，仅需输入蛋白和核酸序列即可快速预测结合亲和力（KD值）和突变自由能变化（ΔΔG）。该模型在14401个数据条目上训练，预测KD时平均皮尔逊相关系数达0.86-0.93，精度优于同类工具。支持DNA/RNA序列输入及多种突变格式分析（单点突变、缺失、多点突变等），计算过程仅需1秒。用户可通过在线平台http://14.139.174.41:8080/input_page 免费使用，结果包含KD、KA、ΔG和ΔΔG等关键参数解读。该成果发表于《Jour
【网址导航】-生物信息分析
leadingsci的博客
08-19 578
生物信息博客 名称 二级分类 来源 网址 高通量测序技术 测序知识 知乎-孟浩然 https://zhuanlan.zhihu.com/ngs-learning 大把时光 编程基础 博客 http://bioinfostar.com/ 思考问题的熊 生物信息 简书 https://www.jianshu.com/...
php-gene邮箱,生信分析网站（基因组学分析）
weixin_39974409的博客
03-28 1062
生信论文的套路ONCOMINE从全景、亚型两个维度做表达差异分析；临床标本从蛋白水平确认(或HPA数据库)，很重要；Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性；cBio-portal数据库做基因组学的分析(机制一)；STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路(机制二)；TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征(机制三)。根据我们的整理，差异分析是基础，生存分析...
生信网站整理
ruby912的博客
05-30 1983
生信网站整理前言生信课程和推荐博客语言PythonRPerl生信分析流程案例GWAS甲基化其他 前言 在生信学习过程中我保存了很多网站，但是因为没有对网站进行记录和管理经常找不到需要的信息，在这篇博客中将汇总我收藏的生信相关网站（持更）。 生信课程和推荐博客 这部分网站为大佬分享／大学开设的生信相关课程资料： HarvardX Biomedical Data Science Open Onlin...
生物信息学序列分析生物信息学常用软件及其使用.ppt
05-08
本篇内容将介绍生物信息学序列分析中常用的一些软件及其使用方法。 首先，软件的使用往往是从获得感兴趣的表达序列标签（EST）开始。EST是cDNA的部分序列，它能代表某个基因在特定时间的表达情况。研究者通过在...
Bioinformatics生物信息学：序列和基因组分析.pdf
04-06
生物信息学是一门综合性的学科，它涵盖了计算机科学、数学、物理学和生物学等多个领域的知识，用于处理和分析生物大分子如DNA、RNA和蛋白质的数据信息。在生物信息学的发展历程中，序列分析和基因组分析一直是研究的...
生物信息学
09-19
9. 生物信息学工具与数据库：介绍常用生物信息学工具和数据库的使用，以及如何获取和解析生物数据。 通过本课程的学习，学生将掌握生物信息学的基本理论和技能，具备解决生物数据问题的能力，为未来在生物医学、...
生物信息学数据分析生物信息学数据分析
10-04
在生物信息学领域，数据分析是核心环节，它涵盖了多种技术和方法，用于解析生命科学中的大量数据。生物信息学数据分析不仅涉及基因组、转录组、蛋白质组和代谢组等多层次的生物学信息，还涵盖统计学、计算机科学以及...
生物信息分析网站
05-01
随着生信分析的热门程度与日俱增，不少做科研的朋友纷纷表示，想换个高大上薪酬高的生物信息工程师做做。可是一听说，生信分析需要编程，就打退堂鼓了。 大部分生信分析只需要用现有的软件，尤其有许多非常好的数据库资源，生物信息分析网站，包括启动子分析、GO分析等网站。
生信常用生物数据分析软件
05-30
本文概括了多种生信分析常用的软件及技术以及具体的用法，还包括有示例代码
生物信息学数据分析 chip-seq
04-04
最后，数据分析的结果需要通过论文、报告或数据库的形式与科研社区共享，促进生物信息学领域的进步。同时，随着单细胞 CHIP-Seq 和其他新技术的发展，数据分析方法也在不断进化和完善，以适应新的挑战和需求。 总结...
启动子的分析和预测
热门推荐
生物医学信息学博客
06-05 12万+
启动子的分析和预测 一、摘要 加深对基因启动子的理解和认知； 学会如何获取已知基因的启动子序列数据； 熟悉不同启动子分析软件的使用及其适用范围； 学会设计启动子克隆引物。 熟悉EPD和TransFac数据库的使用； 学会使用已知的启动子和转录因子TransFac的HMM模型，并能够独立编程，利用该HMM模型来计算鉴别未知启动子 二、材料和方法 1、硬件平台 处理器:Int...
植物研究必备网站
u014033218的专栏
07-11 4514
分类 推荐理由 网址 综合 NCBI (National Center for Biotechnology Information）美国国立生物技术信息中心，包括植物在内的众多生物的核酸序列信息，是分子水平上研究生物的必备网站 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 综合 Phytome是一个比较基因组学数据...
信号处理方面的重要网站
weixin_30527143的博客
04-15 637
1、IEEE 信号处理学会官方网站 http://www.signalprocessingsociety.org 2、TI官方网站http://www.ti.com 3、ADI官方网站http://www.analog.com 4、Matlab官方网站http://www.mathworks.com 5、DSPrelated论坛http://www.dsprelated.com 6、研学...
EEG信号——时域分析、频域分析、时频分析
qq_38341276的博客
04-13 2万+
EEG信号的时频分析
一些生物信息学相关基因处理的常用网站分享
weixin_56577499的博客
03-01 2300
亚细胞定位与蛋白质的功能存在着非常重要的联系，可以通过氨基酸组成进行亚细胞定位的预测。)对目的基因蛋白序列形成卷曲螺旋的倾向性进行预测，以window=14，21和28为实验参数，按照几率>50%就可形成螺旋的规则，比较不同权重情况下的分析结果。跨膜结构域的预测和分析，对正确认识和理解蛋白质的功能、结构、分类、方位及细胞中作用部位均有着重要的指示意义。)对目的基因的磷酸化位点进行预测与分析，对蛋白序列中的Ser、Thr和Tyr三种氨基酸残基可能成为的磷酸化位点作出预测。)对目的基因的信号肽进行预测与分析。
基因生物信息学分析全流程视频教程
资源摘要信息:"本压缩包包含了单个基因生物信息学分析的视频教程完整版，适合对生物信息学感兴趣的学者和研究人员使用。生物信息学是一门综合性的交叉学科，主要研究生物数据的获取、处理、分析和解释。通过该教程，...
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