怎么使用openbabel的pybel？

LRJ-jonas

已于 2023-03-28 21:07:50 修改

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文章标签： python 开发语言

于 2023-03-19 19:55:09 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_55097528/article/details/129645254

文章介绍了如何安装OpenBabelGUI及其Python绑定pybel，提醒了使用pip和conda的正确命令。pybel用于处理分子数据，包括Molecule类的各种属性如atoms、charge、energy等。此外，文章还提到了SMARTS匹配功能和分子的结构操作，如加氢、去氢、局部优化等。

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首先进行Open Babel GUI 安装：http://openbabel.org/wiki/Category:Installation

而使用pybel则需要它的python绑定：

可以使用 pip 或 conda 来安装 Open Babel 的 Python 绑定。（使用pybel）

如果您使用 pip，在命令行中输入 pip install openbabel 来安装。（最新版的openbabel-3.1.1.1会报错，请规避）
如果您使用 conda，在命令行中输入 conda install openbabel -c conda-forge 来安装。

请注意必须使用 from openbbel import pybel 才能import pybel

上述代码会给我画一个苯环，成功！

另外，千万不要直接使用 pip install pybel 之类的命令，这个不是openbabel的pybel，而是另一个工具包PyBEL。（含泪哭诉）

Molecule(OBMol)

Molecules有以下属性特征： atoms, charge, data, dim, energy, exactmass, formula, molwt, spin, sssr, title and unitcell (晶体数据)。atoms 特征提供了分子中所有Atoms的列表。data 特征返回字典对象，可用来获得和编辑与分子相关的数据 ( 是MoleculeData对象，但可当作普通的字典对象）。unitcell 特征可获得任何与分子有关的“unit cell”数据(OBUnitCell)。

Molecule类

OBMol: 就是OB的分子,内含相应的C++方法
atoms: 原子对象的列表
charge: 分子电荷
conformers: 构象?返回的是c++ vector.
data: 返回分子一些属性信息的字典,用于构造MoleculeData.
dim: 返回Long型?! 的整数,0/2/3维
energy: 返回分子的能量
exactmass: 精确分子量
formula: 分子式
molwt: 分子量
spin: 自旋度
sssr: 最小环的集合(C++)
title: 分子名
unitcell: 晶胞信息,有的话.
addh(): 加氢
removeh(): 去氢
calcfp(fptype='FP2'): 计算指纹返回指纹对象Fingerprint.指纹类型参考全局变量
calcdesc(descnames=[]): 计算相应描述符, 如果不指名就会全部计算.描述符参考全局变量.
draw(show=True, filename=None, update=False, usecoords=False): 产生2维分子描述.show是否在屏幕显示, filename可以指定写到图像文件,后两者是否更新以及使用现有坐标.
localopt(forcefield='mmff94', steps=500): 局部优化,力场和优化步数.如果没有坐标会优先使用make3D().需要分子有H.
make3D(forcefield='mmff94', steps=50): 先产生3维坐标再调用局部优化,参数是局部优化参数.
write(format='smi', filename=None, overwrite=False): 将文件写到文件,格式,文件名以及是否覆盖已有文件. 如果不指名文件名, 返回文件内容的字符串.

MoleculeData(obmol)

使用ob的分子产生相应附加数据的对象（字典），其实用途不大，更常用mol.data。

>>> mol=readfile("sdf","calculatedprops.sdf").next()# (readfile is described below)

>>> print mol.molwt100.1

>>> print len(mol.atoms)

>>> print mol.data.keys()

{'Comment': 'Created by CDK', 'NSC': 1, 'Hydrogen Bond Donors': 3, 'Surface Area': 342.43, .... }

>>> print mol.data['Hydrogen Bond Donors']

>>> mol.data['Random Value']=random.randint(0,1000)# 添加一个噪音描述符

SMARTS matching

用法：Smarts(smartspattern)

Pybel 提供了一个简单的 API 用来链接 Open Babel SMARTS pattern 匹配.。A Smarts object is created, and the findall() method is then used to return a list of the matches to a given Molecule.

Here is an example of its use:

>>> mol = readstring("smi","CCN(CC)CC") # 创造一个三乙胺基团
>>> smarts = Smarts("[#6][#6]") # 匹配乙基基团
>>> print smarts.findall(mol)
[(1, 2), (4, 5), (6, 7)]