m0_54634272的博客

Rosetta学习爱好者来，今天的主题是全局对接

Sobtop 是一个用于自动生成分子拓扑文件的工具，特别是为 GROMACS 分子动力学模拟准备拓扑结构和参数。它的设计目标是通过自动化过程生成小分子、聚合物或其他复杂分子的拓扑文件，简化研究人员进行分子动力学模拟的流程。

相关的分子data文件在system.data里面，力场参数如bond_coeff,angle_coeff,pair_coeff等参数在system.in.settings里面。在文件2的中间部分，有这么一部分，用三个顿号区分开来的区域，为moltemplate的输入文件，将其另存为system.lt,要去除每行的#|将参数配置好后打开1，另存为GROMOS_54A7_ATB.lt，会看到。中间有两个import，对应于上面提到的两个文件。你也可以自己搜索与自己有关的小分子，我这里只是讲解。

Rosetta 是一种生物物理建模软件，它使用模拟和评分功能来优化结构。

使用packmol构建分子动力学模拟需要的小分子化合物

GROMACS是一个复杂的分子动力学模拟软件，用于模拟生物大分子的物理运动。

历经千辛万苦终于把mmdetection的2.11.0版本下载下来了，包括mmdet=2.11.0；mmcv-full=1.2.4，以及源文件中的mmdetection源码。然后再去安装mmpycocotools，pip install mmpycocotools。