生物信息学
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python-码博士
这个作者很懒，什么都没留下…
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Rosetta 二：手把手教你用Rosetta的全局对接模块
Rosetta学习爱好者来，今天的主题是全局对接原创 2024-09-21 11:24:38 · 2358 阅读 · 0 评论 -
分子动力学工具篇二：Sobtop的安装与使用
Sobtop 是一个用于自动生成分子拓扑文件的工具，特别是为 GROMACS 分子动力学模拟准备拓扑结构和参数。它的设计目标是通过自动化过程生成小分子、聚合物或其他复杂分子的拓扑文件，简化研究人员进行分子动力学模拟的流程。原创 2024-09-21 10:24:03 · 5935 阅读 · 6 评论 -
分子动力学工具篇一：TAB与moltemplate的安装与使用
相关的分子data文件在system.data里面，力场参数如bond_coeff,angle_coeff,pair_coeff等参数在system.in.settings里面。在文件2的中间部分，有这么一部分，用三个顿号区分开来的区域，为moltemplate的输入文件，将其另存为system.lt,要去除每行的#|将参数配置好后打开1，另存为GROMOS_54A7_ATB.lt，会看到。中间有两个import，对应于上面提到的两个文件。你也可以自己搜索与自己有关的小分子，我这里只是讲解。原创 2024-09-21 10:14:36 · 1601 阅读 · 1 评论 -
Rosetta 一：手把手教你用Linux安装Rosetta（全网最简洁）
Rosetta 是一种生物物理建模软件，它使用模拟和评分功能来优化结构。原创 2024-09-21 10:08:11 · 7847 阅读 · 5 评论 -
PACKMOL 二：手把手教你用packmol构建含有 1 400 个 PS 单体的纳米球
使用packmol构建分子动力学模拟需要的小分子化合物原创 2024-09-20 19:37:17 · 3507 阅读 · 0 评论 -
手把手教你用linux安装Gromacs（2024 GPU-CUDA）
GROMACS是一个复杂的分子动力学模拟软件，用于模拟生物大分子的物理运动。原创 2024-09-20 19:11:23 · 12910 阅读 · 7 评论 -
PACKMOL 一：手把手教你用Linux安装 packmol
PACKMOL 是一个开源软件，用于生成分子动力学模拟所需的初始结构。它的主要功能是根据用户定义的几何约束，将分子放置在指定的体积中，如球形、立方体或其他任意形状，从而为分子动力学模拟准备合理的初始排布。PACKMOL被广泛应用于化学、物理和生物模拟领域。原创 2024-09-20 17:47:16 · 1365 阅读 · 0 评论 -
GROMACS基础教程与自动化脚本使用说明
GROMACS是一个复杂的分子动力学模拟软件，用于模拟生物大分子的物理运动。原创 2024-08-12 20:08:10 · 1957 阅读 · 0 评论 -
NGS基因测序（panel）报告解读数据库汇总
今天我们来梳理一下肿瘤基因报告解读常见的数据库，大家有机会可以自己查询并且解读原创 2024-01-08 15:22:46 · 1690 阅读 · 0 评论 -
植物根系基因组与数据分析
Bray-Curtis距离是以该统计指标的提出者J. Roger Bray和John T. Curtis的名字命名的，主要基于OTUs的计数统计，比较两个群落微生物的组成差异。与unifrac距离，包含的信息完全不一样；相比于jaccard距离，Bray-Curtis则包含了OTUs丰度信息。bray-curtis距离其中，S_(A,i)和S_(B,i)表示第i个OTU分别在A群落和B群落中的计数。min表示取两者最小值。举例说明：群落A和群落B的OTU统计如下表，community。原创 2023-09-03 15:00:19 · 1181 阅读 · 0 评论 -
origin 拟合计算酶的Kcat Km 值
在Setting：Function Selection页面内的Category选择Pharmacology, Function选择米氏方程（MichaelisMenten）, 而后点击Fit便可得到拟合结果了。全选X 与Y坐标数据，然后选择菜单栏Analysis: Fitting: Nonlinear Curve Fit：Open Dialog。公式 Kcat=Vmax/ 酶浓度，得到Kcat值。拟合计算得到的是Vmax 和Km，然后利用。origin拟合计算Kcat Km值。原创 2023-08-26 21:26:16 · 1659 阅读 · 0 评论 -
R/S选择性胺转氨酶的模体设计指导发现新型转氨酶
R/S选择性胺转氨酶的模体设计指导发现新型转氨酶原创 2023-03-01 16:11:54 · 955 阅读 · 0 评论 -
深度学习模型与湿实验的结合，有望用于代谢通量分析
在做蛋白质结构改造的道路上，需要强大的计算机编程的辅助，在深度学习领域，找到了一个强大的工具，因此研究一下如何与湿实验进行结合。原创 2022-07-03 23:39:05 · 476 阅读 · 0 评论 -
深度学习预测酶活性参数提升酶约束模型构建从头环境搭建
这个模型不仅能够很好的预测整体数据集和测试数据集。更值得一提的是，即使对于测试数据集中那些蛋白或者底物没有出现在训练数据集中的数据，模型也有很好的预测能力。同时，这套深度学习模型也能够精准的预测酶的多功能性。除此以外，模型也能够捕捉酶的某些氨基酸突变所带来的酶活性的影响...............原创 2022-06-19 13:55:24 · 7162 阅读 · 7 评论 -
alphafold2环境部署
一、安装运行环境（以下所有命令直接复制到终端执行即可无论多行还是单行命令）1,安装docker环境如果没有安装docker，直接执行docker会有安装docker的提示，复制安装命令执行即可。安装完成后，执行docker version 出现docker的版本信息即安装成功。2,安装python环境同上，执行python，没有安装的情况下会有安装命令提示，执行安装命令即可，安装后执行 python3 有版本信息即安装成功。3,安装显卡驱动（此处可能会提示curl命令未安装，同上按提示安装即可）原创 2022-05-03 19:30:03 · 3541 阅读 · 2 评论 -
alphafold-multimer环境部署
Alphafold2（AF2，二狗）发布以后，一大堆科学家把这个人类历史上最高精度的蛋白质预测模型当起了玩具，并且把大家的新发现发在了推特上（open science 的形式）。其中一个最重要的发现是他们发现AF2虽然是在单体上进行的训练，却没有能力进行复合物的预测。在open science的召唤下，deepmind团队在2021年10月6号上线了Alphafold-multimer，一款针对复合物进行重新训练的神经网络。...原创 2022-04-19 00:38:33 · 6910 阅读 · 6 评论 -
分析全基因组上的蛋白信息
背景在ncbi上查一个细菌的全基因组，搜取全基因组上的这五种信息:gene，locus_tag，note，location，蛋白序列的前10个氨基酸（为什么爬这个最后讲），并分析这个基因组上对于蛋白的注释note，来找到基因组上对自己有用的信息。以它为例。效果图写入csv文件的样子代码思路首先观察网页原代码，发现要搜寻的数据并不在原网页，于是深度挖掘，发现数据的url地址在这一块，且存储在了17个url里面通过对这个网址的请求，发现数据确实在里面且可以访问。于是接下来进行数据的处理，说原创 2022-04-29 22:42:51 · 1767 阅读 · 0 评论