m0_54634272的博客

Rosetta学习爱好者来，今天的主题是全局对接

Sobtop 是一个用于自动生成分子拓扑文件的工具，特别是为 GROMACS 分子动力学模拟准备拓扑结构和参数。它的设计目标是通过自动化过程生成小分子、聚合物或其他复杂分子的拓扑文件，简化研究人员进行分子动力学模拟的流程。

相关的分子data文件在system.data里面，力场参数如bond_coeff,angle_coeff,pair_coeff等参数在system.in.settings里面。在文件2的中间部分，有这么一部分，用三个顿号区分开来的区域，为moltemplate的输入文件，将其另存为system.lt,要去除每行的#|将参数配置好后打开1，另存为GROMOS_54A7_ATB.lt，会看到。中间有两个import，对应于上面提到的两个文件。你也可以自己搜索与自己有关的小分子，我这里只是讲解。

Rosetta 是一种生物物理建模软件，它使用模拟和评分功能来优化结构。

使用packmol构建分子动力学模拟需要的小分子化合物

GROMACS是一个复杂的分子动力学模拟软件，用于模拟生物大分子的物理运动。

PACKMOL 是一个开源软件，用于生成分子动力学模拟所需的初始结构。它的主要功能是根据用户定义的几何约束，将分子放置在指定的体积中，如球形、立方体或其他任意形状，从而为分子动力学模拟准备合理的初始排布。PACKMOL被广泛应用于化学、物理和生物模拟领域。

这是一个“”数据大发现”的时代，大家都在创造数据，使用数据以及分享数据，首先一步我们就需要从数据库download我们需要的数据。这是完整的参数，可以按需使用。-r 递归下载子目录文件。-nH 不创建主机目录。-np 不追溯父文件夹。

下了大概2个小时后，已经下载了78%(6G/7.7G）就断了。无奈ctrl+c停止了；wget的下载中断后也是可以重新连接下载了，（想象一下78%，重新下载的绝望。一开始下载的挺快，然后随着下载继续，下载速度就一直在下滑。我是使用wget去下载 data.tar.gz 压缩包。运行后会生成nohup.out文件，进度就存在里面。当查看下载进度时，可以用下面的命令。

liun专题六_安装ubantu出现【error5】Input/output error的解决办法

设置静态ip地址

xshell，xftp连接虚拟机以及设置xshell复制粘贴快捷键

设置系统语言与安装搜狗输入法，使用更加得心应手

更新源文件，下载文件更快

需要在开机的时候打开一个程序，并且将程序运行的状态显示在终端上。

目录处理在日常工作中是比较常见的，今天就向大家介绍几个常用的跟目录处理有关的命令。一、创建目录：mkdirmkdir 是 make directories 的缩写，该命令最简单的用法就是，直接在 mkdir 后面跟一个你想要创建的目录所在路径加目录名。mkdir /tmp/movie #在tmp目录下创建一个名为movie的目录，其中 /tmp/ 是路径，movie 是你自己起的目录名递归创建目录假设我想在 tmp 目录下创建一个名为 book 的目录，然后再在 book 目录下创建一个名为 p

使用scp将一个Linux系统中的文件或文件夹复制到另一台Linux服务器上复制文件或文件夹（目录）命令：一、复制文件：（1）将本地文件拷贝到远程scp 文件名 用户名@计算机IP或者计算机名称:远程路径本地192.168.1.8客户端scp /root/install.* [email protected]:/usr/local/src（2）从远程将文件拷回本地scp 用户名@计算机IP或者计算机名称:文件名 本地路径本地192.168.1.8客户端取远程服务器12、11上的文件s

1.命令：gzip压缩文件后缀.gzps: gzip test.txt   结果：生成文件test.txt.gz，原文件test.txt消失。注意：只能压缩文件，不能压缩目录，压缩后不保留原始文件，压缩比大概1/5。解压命令：gunzip  压缩文件名ps:gzip -r 文件夹名  结果：压缩文件夹下的文件，不能压缩文件夹。2.命令：bzip2（gzip的升级版，压缩比要比gzip更高一些）压缩文件后缀名：*.bz2语法：bzip2 [选项] 文件        -k 压缩后保留原始文件

Waiting for cache lock: Could not get lock /var/lib/dpkg/lock-frontend. It is held by process 2740 (unattended-upgr)重启大法sudo reboot

在linux命令行运行命令的时候，出现：you need to be root to perform this command这里是要告诉我们，我们没有权限进行命令行内容操作。我们需要重新设置我们的身份，改成超级管理员身份是提示要获取root权限输入su 回车输入密码即可解决操作完成后之前的用户名会变成root，$符会变成#，如下图：...