Windows 下载和安装 PyMOL 的方法

安装方式如下：（分子对接软件）

方法一：直接从官网下载【免费30天，之后要收费】

1. 访问 PyMOL 官方网站：

• 打开浏览器，访问 PyMOL 官方网站

• 点击 "DOWNLOAD NOW" 按钮，选择适合你操作系统的安装包进行下载。

2. 安装 PyMOL：

• 下载完成后，运行安装包并按照安装向导的指示进行安装。

方法二：通过预编译的 wheel 文件安装【开源版】

1. 安装 Python：

• 访问 Python 官方网站：Python 官方网站

• 下载并安装适合你操作系统的 Python 版本。

2. 安装依赖库：

• 打开命令提示符（CMD），输入以下命令安装必要的依赖库：

  python -m pip install numpy
  python -m pip install pmw
  python -m pip install pyqt5

3. 下载 PyMOL 的 wheel 文件：

• 根据你的 Python 版本和操作系统位数，从以下链接下载对应的 PyMOL 安装包：

• PyMOL 安装包下载

• 例如，如果你使用的是 Python 3.12 和 Windows 64 位系统，可以下载 pymol_launcher-2.6-cp312-cp312-win_amd64.whl 和 pymol-2.6.0a0-cp312-cp312-win_amd64.whl。

4. 安装 PyMOL：

• 将下载的安装包放在一个目录中，例如 D:\YourName\test。

• 在命令提示符中切换到该目录：

  进入 D:\YourName\test

• 安装 PyMOL 启动器：

  python -m pip install --no-index --find-links="%CD%" pymol_launcher-2.6-cp312-cp312-win_amd64.whl

• --no-index：告诉 pip 不要从 PyPI 下载包

• --find-links="%CD%"：告诉 pip 在当前目录中查找安装包

• pymol_launcher-2.6-cp312-cp312-win_amd64.whl：指定要安装的本地 .whl 文件

• 安装 PyMOL 主程序：

  python -m pip install --upgrade --no-deps pymol-2.6.0a0-cp312-cp312-win_amd64.whl

• --no-deps：表示不安装依赖包。如果你已经安装了所有依赖包，可以使用这个选项
• --upgrade：表示升级指定的包到最新版本

5. 运行 PyMOL：

• 在命令提示符中输入以下命令运行 PyMOL：

  where.exe pymol
  pymol

6. 找到pymol.exe所在的文件夹，将该执行文件添加到桌面快捷方式，一般在\python\Scripts文件夹中

方法三：使用 Anaconda 安装【开源版】

1. 安装 Anaconda：

• 访问 Anaconda 官方网站：Anaconda 官方网站

• 下载并安装适合你操作系统的 Anaconda 版本。

2. 安装 PyMOL：

• 打开 Anaconda Prompt。

• 输入以下命令创建一个新的 Conda 环境并安装 PyMOL：

  conda create -n pymol python=3.8 -y
  conda activate pymol
  conda install -c conda-forge pymol-open-source

3. 运行 PyMOL：

• 在 Anaconda Prompt 中输入以下命令：

  pymol