Cellpose 图形用户界面(GUI)使用指南-CSDN博客

Cellpose 图形用户界面(GUI)使用指南

概述

Cellpose 是一款强大的细胞分割工具，其图形用户界面(GUI)提供了直观的操作方式，让用户能够轻松完成细胞分割任务。本文将详细介绍如何使用 Cellpose GUI 的各项功能，包括基础操作、手动标注、模型训练等核心功能。

启动 GUI

启动 Cellpose GUI 非常简单，只需在命令行终端中执行以下命令：

python -m cellpose

首次运行时，系统会自动下载最新的预训练模型权重。对于3D数据，需要使用专门的3D版本：

python -m cellpose --Zstack

基本操作

图像加载

支持拖放操作：可直接将图像文件(.tif, .png, .jpg, .gif)拖入GUI窗口
多通道/多Z轴TIFF格式要求：Z x channels x Ly x Lx

视图控制

平移视图：左键点击并拖动
缩放视图：鼠标滚轮或使用+/-按钮
全视图：双击左键
切换视图：使用PAGE-UP/PAGE-DOWN键可在不同视图间切换

性能优化建议

为获得最佳精度和运行性能，建议调整图像大小使细胞直径小于100像素
确保对图像所在文件夹有写入权限，否则无法保存结果

手动标注功能

标注基本操作

开始绘制：右键点击
绘制过程：移动鼠标(无需按住)
完成绘制：将鼠标移回起始红圈或再次右键点击

标注注意事项

2D模式下建议保持"single_stroke"选项开启
3D模式下可关闭"single_stroke"，在不同平面上绘制多个笔画后按ENTER完成
标注会自动保存到"_seg.npy"文件(3D模式除外)

3D标注特性

系统会自动填充未标注的Z平面，实现稀疏标注
3D标注不会自动保存，需手动保存(CTRL+S)

批量删除功能

GUI提供了高效的批量删除工具：

点击"delete multiple"按钮进入批量删除模式
选择要删除的掩膜(可多选)
点击"done"确认删除
或使用矩形区域选择要删除的掩膜范围

模型训练功能

训练流程

准备图像：将风格相似的图像放入同一文件夹
模型测试：使用内置模型测试效果，选择表现最佳的模型
手动修正：通过绘制新ROI和删除错误结果来修正标注
开始训练：通过"Models"菜单或CTRL+T启动训练
迭代优化：重复修正和训练过程

3D数据训练建议

保存随机的XY、YZ和XZ切片
确保切片间距足够大以包含不同信息
将所有切片放入同一文件夹进行训练

训练注意事项

初始训练必须使用内置的cpsam模型
建议将所有训练图像放在同一文件夹中
重新训练已有模型会偏向早期训练数据

键盘快捷键参考

| 快捷键 | 功能描述 | |----------------|----------------------------| | CTRL+H | 显示帮助信息 | | =/+ 或 - | 放大/缩小 | | CTRL+Z | 撤销上一步操作 | | CTRL+0 | 清除所有掩膜 | | CTRL+S | 保存掩膜到"_seg.npy"文件 | | CTRL+T | 启动模型训练 | | A/D或左右方向键 | 浏览当前目录中的图像 | | W/S或上下方向键 | 切换颜色模式 | | X | 切换掩膜显示 | | Z | 切换轮廓显示 | | ,/. | 调整绘制笔刷大小 |