34、基因调控网络:数据库、平台与本体论的综合指南

基因调控网络:数据库、平台与本体论的综合指南

1. 基因调控网络研究基础

基因调控网络(GRN)的研究旨在确定基因之间相互作用的方向和强度。例如,有研究使用系统扰动结合最小二乘回归来推断基因网络的拓扑结构和相互作用权重。在创建GRN图时遇到的问题,与设计途径或相互作用数据库时面临的问题相似。

2. 互联网上的数据库和知识库指南

生物信息学领域的兴起是为了应对基因组学、转录组学、蛋白质组学和其他组学中高通量技术产生的海量数据。这些数据被组织成数据库(DBs)和知识库(KBs),其中许多可在互联网上公开获取。全面而现实地建模GRN应利用这些数据库和知识库中的信息。

2.1 主要序列和结构存储库

数据库 描述 URL
GenBank 所有公开可用的带注释的核苷酸和蛋白质序列的存储库 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
EMBL Database 所有公开可用的带注释的核苷酸和蛋白质序列的存储库 http://www.ebi.ac.uk/embl.html
DDBJ (DNA Data Bank of Japan) 所有公开可用的带注释的核苷酸和蛋白质序列的存储库
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