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原创 目标基因单倍型分析——haploview软件使用及其数据整理

2.转换为cds文件并进行blast,将berg参考基因组中得到的基因cds序列使用前面得到的1号染色体cds集合进行比对获得X18基因组中候选基因,使用X18注释文件获取候选基因的起始终止位置。同时需要安装Java环境,安装之后win +r 输入cmd进入命令行,输入java -jar Haploview.jar之后即可以运行Haploview4.1。1.安装软件:下载Linux版本的Haploview4.1软件,单独放在一个创建的英文命名的文件夹下。二,Haploview软件使用。

2025-07-02 13:23:22 623

原创 如何从VCF文件中提取特定区间及特定位置变异位点信息

四、压缩VCF文件和索引同上,然后创建一个包含染色体名称和位置的以分隔符隔开的文本文件,进行提取。二、压缩VCF文件为GZ结尾文件,方便进行提取变异。三、安装vcftools进行特定位点的提取。一、安装软件并创建环境。

2025-05-13 09:44:25 600

原创 自用转录组分析流程

(创建一个脚本):按下 i 键进入插入模式,然后将你提供的代码内容逐行复制粘贴进去,如下:本次数据位双端测序转录组数据,使用安装使用fastqc -h 查看是否安装成功。以上直接通过salmon一步得到TPM的结果方案二:hisat2+samtools+stringtie安装hisat2,可以使用conda create -c bioconda hisat2安装;也可以下载安装包后解压# 修改当前环境变量# 然后我们把下面这个命令插入进去# 最后我们生效一下。

2024-12-11 19:39:26 1619

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