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30 de nov. de 2014

Lacunas 2.0: integrando informações para expor lacunas no conhecimento

Nova versão do sistema Lacunas 2.0 exibe lacunas geográficas no conhecimento da flora e da micota no Brasil e integra modelos de distribuição potencial das espécies disponíveis no sistema BioGeo.

Texto - Dora Ann Lange Canhos, Mariane S. Sousa-Baena


Página inicial do sistema Lacunas.


O sistema Lacunas, lançado em junho de 2012, foi desenvolvido com o objetivo de identificar grupos prioritários para coletas, digitação e/ou georreferenciamento dos dados. O desenvolvimento da nova versão, Lacunas 2.0, teve por motivação exibir com maior clareza as lacunas geográficas e integrar os modelos de distribuição potencial das espécies, preparados por especialistas e disponíveis no sistema BioGeo (http://BioGeo.inct.florabrasil.net).

O sistema Lacunas 2.0 tem como fontes de dados:

  • Herbário Virtual da Flora e dos Fungos/rede speciesLink 
  • Lista de Espécies da Flora do Brasil (Lista do Brasil), edição 2014 
  • Instrução Normativa MMA nº 06 de 23 de setembro de 2008 
  • Revisão da Lista da Flora Brasileira Ameaçada de Extinção, Fundação Biodiversitas, 2005 
  • Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil (acesso dinâmico) 


Diagrama da versão 2.0 do sistema Lacunas.

Os relatórios continuam sendo produzidos de maneira dinâmica, dependendo dos filtros selecionados pelo usuário (detalhes em http://blog.cria.org.br/2013/06/lacunas.html) . Além dos itens apresentados no relatório Lacunas 1.0, para os grandes grupos, famílias e gêneros, agora é também apresentada uma tabela comparando a distribuição geográfica por estado de acordo com informações da Lista de Espécies da Flora do Brasil, com os dados textuais da rede speciesLink.

No relatório por grandes grupos ou família é apresentada uma tabela sumarizando quantas espécies são mencionadas como ocorrendo num determinado estado pela Lista do Brasil (2014), mas que não têm nenhum registro de ocorrência para aquele estado na rede speciesLink. Na figura acima podemos observar que 14 espécies de Euphorbiaceae (listadas a esquerda) ocorrem no Maranhão de acordo com a Lista do Brasil, mas não têm registros de coleta no speciesLink como apontado na tabela do lado direito.

Para cada espécie, o sistema checa se existe algum modelo do seu nicho ecológico disponível no BioGeo e integra essa informação ao relatório online. A página oferece links dinâmicos aos serviços da Lista de Espécies da Flora do Brasil, à rede speciesLink e ao BioGeo. O acesso dinâmico à rede speciesLink permite avaliar o status atual dos dados online.

O Lacunas 2.0 traz uma tabela comparando a informações sobre a ocorrência de espécies da Lista do Brasil e da rede speciesLink. As células em amarelo indicam que segundo a Lista da Flora a espécie nao ocorre naquele estado (nesse caso Bahia), mas existem registros de coleta no speciesLink em tal estado. Além disso, os mapas são clicáveis, e direcionam o usuário paro o respectivo sistema de onde a informação é proveniente. 

O acesso à pagina do BioGeo permite com que o usuário veja quantos pontos e quais algoritmos foram utilizados na modelagem, sendo possível analisar cada ponto de ocorrência em relação aos dados textuais fornecidos pela coleção, bem como em relação à precisão de suas coordenadas geográficas. Além disso é possível visualizar o modelo com os pontos utilizados em sua geração plotados sobre ele, e também nesse mesmo mapa ter informações sobre a procedência dos pontos.

Acessando o sistema BioGeo o usuário tem informações detalhadas sobre os modelos disponíveis no Lacunas 2.0, incluindo número de pontos utilizados na modelagem, precisão das coordenadas de tais pontos além de ferramentas de visualização do modelo.

O sistema está disponível online de acesso livre e aberto para todos os usuários interessados. Estão também disponíveis online os relatórios anteriores, desde setembro de 2012.


5 de nov. de 2014

Herbários M e MSB (Munique) integram dados de espécimes coletados no Brasil com o INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos

Os herbários da Botanische Staatssammlung München (M) e da Universidade de Munique (MSB) estão compartilhando 5.409 registros, sendo 1.546 typus e 4.508 com imagens de amostras coletadas no Brasil com o Herbário Virtual da Flora e dos Fungos.

A Botanische Staatssammlung München (M) em Munique (Fotos: www.botanischestaatssammlung.de).

Os herbários M e MSB são mantidos juntos e historicamente formam uma entidade. Abrigam cerca de 3,2 milhões de espécimes de plantas,  líquens e fungos coletados em todo o mundo, mas seu acervo é particularmente representativo para a flora da Baviera e dos Alpes, para as plantas vasculares do Brasil, Chile, Ásia Central e partes da África. M é responsável por praticamente todo o material brasileiro devido ao seu antigo diretor Carl Friedrich Philipp von Martius (17 Abril 1794 – 13 Dezembro 1868).

Em outubro de 2014, 5.409 registros textuais e imagens associadas de amostras coletadas no Brasil foram repatriadas e integradas ao INCT - Herbário Virtual da Flora e dos Fungos. A maior parte dessas amostras foi coletada no século 19 e início do século 20. O acervo inclui material coletado por Martius (3.767 amostras), Pohl (422), Spruce (250), Sellow (166), Luetzelburg (157), Riedl (114), Krukoff (49), Blanchet (34) e muitos outros.

Mais de 1.500 amostras referem-se a tipos, incluindo 361 holótipos, 292 isótipos e 327 síntipos.



Catálogo online dos holótipos do Brasil do herbário M no Herbário Virtual da Flora e dos Fungos

Acesse o acervo M do Brasil em http://www.splink.org.br/index?lang=pt&group=plantas&ts_collectioncode=M&action=search





Saiba mais! 

The herbaria M and MSB (Munich, Germany) integrate their data of specimens collected in Brazil with Brazil’s Virtual Herbarium of Plants and Fungi

The herbaria of the Botanische Staatssammlung München (M) and the University of Munich (MSB) are sharing 5.409 records, 1.546 typus and 5.408 images of specimens collected in Brazil and under their care with Brazil’s Virtual Herbarium of Plants and Fungi.


The Botanische Staatssammlung München (M and MSB). Images from: www.botanischestaatssammlung.de

The herbaria M and MSB have long been intercalated and historically belong together. They hold about 3.2 million specimens of plants, lichens, and fungi from around the world, although their collections are particularly representative for the flora of Bavaria and the Alps, vascular plants of Brazil, Chile, Middle Asia and parts of Africa. Practically all material from Brazil is under the responsibility of M, because of its former director Carl Friedrich Philipp von Martius (17 April 1794 – 13 December 1868).

In October 2014, 5,409 textual records and associated images of specimens collected in Brazil were repatriated and became part of Brazil’s Virtual Herbarium of Flora and Fungi. Most samples were collected during the 19th and early 20th centuries and include material collected by Martius (3,767 samples), Pohl (422), Spruce (250), Sellow (166), Luetzelburg (157), Riedl (114), Krukoff (49), Blanchet (34), and many others.

Over 1,500 samples refer to types, including 361 holotypes, 292 isotypes, and 327 syntypes.


M’s online catalogue of holotypes from Brazil

Check out M’s collection of Brazilian plants at http://www.splink.org.br/index?lang=pt&group=plantas&ts_collectioncode=M&action=search







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30 de out. de 2014

Herbário Hamburgense integra dados de espécimes coletados no Brasil com o INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos

O Herbário Hamburgense integrou 1.668 registros e 722 imagens de amostras botânicas coletadas no Brasil com o INCT-Herbário Virtual do Brasil da Flora e dos Fungos. A coleção inclui 1.125 tipos e 866 registros coletados por Ernst Heinrich Georg Ule entre 1883 e 1907. 

O Herbário Hamburgense está localizado no Biocentre Klein Flottbek perto do Jardim Botânico Hamburgo.

O Herbário Hamburgense (HBG) é um dos maiores herbários da Alemanha, com mais de 1,8 milhões de espécimes. A coleção é rica em espécimes-tipo especialmente de áreas tropicais, como do Brasil (E. ULE), de Bornéu (H. Winkler, MS CLEMENS), da Índia (D. BRANDIS), da Austrália (A. DIETRICH, L. PREISS) e das ex-colônias alemãs na África e na região do Pacífico. O herbário foi fundado em 1883, integrando várias colecções importantes abrigadas em Hamburgo naquele momento.

Catálogo de amostras brasileiras de Ule está parcialmente disponível online. A digitalização dos espécimes-tipo de Ule mantidos no HBG será concluída em breve.

Depois disso, um grande número de coleções de todo o mundo foi adquirida pelo HBG, particularmente durante o auge do colonialismo alemão. Em 1919, o herbário foi incorporado à recém-fundada Universidade de Hamburgo. Surpreendentemente, o HBG atravessou a Segunda Guerra Mundial sem danos e, durante a guerra, uma quantidade substancial dos espécimes do herbário foi evacuada, primeiro transferidos para a Alemanha Central em 1943, depois para Leningrado (agora São Petersburgo) em 1945 e, finalmente, para Berlim Oriental na década de 1950. Estes espécimes permaneceram intocados por pesquisadores por mais de 40 anos, mas desde que eles foram devolvidos ao HBG, em 1990, eles estão disponíveis novamente de forma integral.

Proporção das categorias de espécimes-tipo brasileiros depositados no HBG.

O HBG agora compartilha com o INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos 1.668 registros de espécimes e 722 imagens de amostras coletadas no Brasil. Existem 866 registros disponíveis das amostras coletadas por Ernst Heinrich Georg Ule entre 1883 e 1907, das quais mais de 600 são tipos.

Infra-estrutura interna do Herbário Hamburgense para organizar os espécimes (Foto: Flickr JSTOR).

O Herbário Hamburgense está localizado no Biocentre Klein Flottbek perto do Jardim Botânico Hamburgo. Suas atividades de pesquisa e ensino estão ligados ao Departamento de Biodiversidade, Evolução e Ecologia de Plantas no Biocentre. Somos gratos ao Prof. Dr. Norbert Jürgens e sua equipe pela receptividade e determinação em participar da integração do HBG ao INCT-Herbário Virtual.




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Herbarium Hamburgense integrates data of specimens collected in Brazil with Brazil’s Virtual Herbarium of Plants and Fungi

The Herbarium Hamburgense integrated 1,668 records and 722 images of botanical samples collected in Brazil with Brazil’s Virtual Herbarium of Plants and Fungi. The collection includes 1,125 types and 866 records collected by Ernst Heinrich Georg Ule between 1883 and 1907. 

The Herbarium Hamburgense is located in the Biocentre Klein Flottbek close to the Hamburg Botanical Garden.

Herbarium Hamburgense (HBG) is one of the largest herbaria in Germany, with over 1.8 million specimens. It is rich in type specimens especially from tropical areas, e.g. Brazil (E. ULE), Borneo (H. WINKLER, M.S. CLEMENS), India (D. BRANDIS), Australia (A. DIETRICH, L. PREISS) and from former German colonies in Africa and the Pacific Area. The herbarium was founded in 1883, incorporating many important collections held at Hamburg at the time.

Ule’s catalogue of Brazilian samples is partially available online. The digitisation of the Ule type specimens kept at HBG will be finished soon. 

Afterwards, a large number of collections from all over the world was acquired by HBG, particularly during German’s colonialism heyday. In 1919 the herbarium was incorporated to the newly founded Hamburg University. Surprisingly, HBG went through the Second World War without damages, and during the war a substantial amount of the herbarium specimens was evacuated, first transferred to Central Germany in 1943, then to Leningrad (now St. Petersburg) in 1945, and finally to East Berlin in the 1950s. These specimens remained untouched by researchers for more than forty years, but since they were returned to HBG, in 1990, they are fully available again.

Proportion of Brazilian type specimens categories deposited at HBG.

HBG now shares 1,668 specimen records and 722 images of samples collected in Brazil with the Brazil’s Virtual Herbarium of Plants and Fungi. There are 866 records available of samples collected by Ernst Heinrich Georg Ule between 1883 and 1907, from which more than 600 are types.

Herbarium Hamburgense internal infrastructure to organize the specimens (Photo: JSTOR Flickr).

The Herbarium Hamburgense is located at the Biocentre Klein Flottbek nearby the Hamburg Botanical Garden. Its research and teaching activities are associated with the Department of Biodiversity, Evolution and Ecology of Plants at the Biocentre. We are grateful to Prof. Dr. Norbert Jürgens and his team for the receptiveness and determination in participating of the integration of HBG to the Brazil’s Virtual Herbarium.




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9 de out. de 2014

Integração do Herbário Anchieta-PACA ao INCT-Herbário Virtual da Flora e dos Fungos

Durante visita da equipe do INCT-Herbário Virtual ao Rio Grande do Sul, a curadora Maria Salete Marchioretto e o coordenador Padre Pedro Ignácio Schmitz, do Instituto Anchietano de Pesquisas, demonstraram interesse em integrar o Herbário Anchieta-PACA às redes speciesLink e INCT-Herbário Virtual, buscando fortalecer a coleção e ampliar o acesso a informações de enorme valor científico e histórico para o Brasil.

Tanto quanto os espécimes, as anotações originais do Padre Rick e colaboradores incluídas nas exsicatas de fungos possuem imenso valor científico e histórico.

Fundado em 1932 pelo Padre Balduíno Rambo, o Herbário PACA (Porto Alegre, Colégio Anchieta) abriga um acervo de enorme importância histórica e científica para a Micologia e a Botânica no Brasil, com cerca de 140.000 exemplares de plantas e fungos coletados principalmente na região sul do país. Conhecido originalmente como Herbarium Anchieta, o PACA abriga coleções repletas de tipos nomenclaturais, como a coleção de fungos do Padre Johannes Evangelista Rick, considerado o precursor da micologia no Brasil (Fungi Rickiani), a coleção de angiospermas do próprio Padre Balduíno (Flora Brasiliae Australis) e a coleção do Padre Aloysio Sehnem, com ênfase em pteridófitas e briófitas (Plantas do Sul do Brasil). O herbário recebe muitas visitas de pesquisadores de diferentes instituições de ensino e pesquisa, o que demonstra a importância do acesso às informações sobre os espécimes. Atualmente o PACA disponibiliza na internet uma lista com 539 espécimes-tipo de Angiospermas, Pteridófitas, Briófitas e Fungos, a maior parte com acesso às imagens das exsicatas, comentários e atualizações.

Infraestrutura física e manutenção do acervo

Curadora do PACA desde 1993, a Dra. Maria Salete Marchioretto coordena todo o trabalho de manutenção, organização, resgate, digitalização e disponibilização do acervo. Ela vem dedicando muito esforço para preservar as coleções, mesmo sendo a carência de pessoal uma limitação constante. "Passei por todos os processos de aprendizagem, desde coletar, passar o material na estufa, datilografar fichas, herborizar, guardar material na coleção, gerenciar empréstimos, passar material no freezer, digitar no banco de dados, fazer guias de remessa, enviar e responder correspondências..." - desabafa Salete. Por curtos períodos contou com funcionários, bolsistas (por meio da Rede de Herbários do RS) e estagiários (por meio da Prefeitura de São Leopoldo) que contribuíram no passado exercendo funções temporárias que não garantem a continuidade do trabalho. Atualmente a curadora tem somente uma bolsista ligada a um projeto de pesquisa, auxiliando-a dois turnos na manutenção da coleção.

A mudança da antiga sede da Unisinos no centro de São Leopoldo para o campus da Unisinos em março de 2014 levou o acervo para uma instalação moderna mais compacta e com sistema de refrigeração, eliminando a necessidade do controle com naftalina. A coleção de fungos está ordenada por gêneros, geralmente agrupados por família dentro de pequenas caixas de madeira guardadas em armários fechados. As coleções de Angiospermas, Gimnospermas, Pteridófitas e Briófitas estão organizadas em ordem alfabética de família. Quando a Dra. Salete assumiu a curadoria, apenas cerca de 20% dos espécimes estavam herborizados e havia muitos empréstimos de até 20 anos atrasados, mas com a intensificação da cobrança muitos exemplares foram resgatados. Além das coleções históricas, entre 2004 e 2005 o herbário HASU da Unisinos foi incorporado à coleção do herbário PACA, que ampliou ainda mais o acervo. O herbário tem ainda uma biblioteca setorial especializada, com obras raras, livros, periódicos nacionais e internacionais. 

A pesquisadora argentina, Andrea Romero, consultando literatura antiga da biblioteca do Herbário PACA durante visita para examinar espécimes de Ascomicetos do acervo.
A pesquisadora argentina Andrea Romero folheando um exemplar do acervo da biblioteca do Herbário PACA durante visita para examinar espécimes de Ascomycota.

Processo de informatização dos dados

O processo de informatização dos dados está avançado, de modo que as coleções Angiospermas, Gimnospermas e Pteridófitas estão quase todas informatizadas; a coleção de fungos está com um índice de 80 a 90% de informatização e a coleção de Briófitas cerca de 40% . O processo de informatização foi iniciado com um banco de dados desenvolvido especialmente para o herbário PACA no programa Access, mas a falta de pessoal para assessorar continuamente a curadora dificultou o desenvolvimento do trabalho. Um funcionário do Instituto Anchietano de Pesquisas que é também professor da Unisinos vem há mais de 5 anos dando suporte para a manutenção do banco de dados.

Padre Ignácio XXX e Maria Salete Marchioretto.
Padre Pedro Ignácio Schmitz, coordenador do Instituto Anchietano de Pesquisas, e a Dra. Maria Salete Marchioretto, curadora do Herbário PACA.
   

Integração com a rede speciesLink

A rede speciesLink, desenvolvida e mantida pelo Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA), é o sistema utilizado pelo INCT-Herbário Virtual para integrar e disponibilizar os dados dos acervos. A rede é considerada a maior referência sobre informações primárias sobre a biodiversidade no Brasil, contando com cerca de 5 milhões de registros de plantas e fungos, disponíveis de forma aberta e livre na internet. Durante visita da equipe do INCT-Herbário Virtual em setembro passado, o bolsista Ricardo Braga Neto teve a oportunidade de expor os benefícios da integração dos dados à rede e ficou acordado que a integração será realizada durante os próximos meses começando pela coleção de fungos. Segundo a curadora, sempre houve muita procura pelas coleções por pesquisadores, professores e alunos de graduação e pós-graduação, mas com a disponibilização dos dados ela acredita que haverá um acréscimo na procura do material, maior divulgação e maior prestígio para a instituição. 

Alunas de pós-graduação do Micolab da Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC) examinando a coleção de fungos do Herbário PACA.

Os próximos passos envolvem o cadastramento da coleção de fungos no sistema de gerenciamento da rede e a formalização da parceria. A equipe técnica do CRIA irá estudar o banco de dados utilizado pela coleção e a compatibilidade dos campos utilizados com o padrão DarwinCore. Uma visita está sendo planejada para efetivar a integração, realizar a instalação do software spLinker, configurar e mapear os campos de acordo com o modelo DarwinCore e testar o envio dos dados da coleção. A rede speciesLink possibilita a inclusão de imagens dos espécimes por meio do serviço Exsiccatae (INCT-Herbário Virtual/Reflora) e será possível associar imagens em alta resolução dos espécimes, ampliando a utilidade dos dados textuais e garantindo a preservação de informações preciosas. Muitas vezes as imagens reduzem a necessidade de manuseio das exsicatas, diminuindo o trabalho dos curadores e facilitando a consulta por qualquer interessado. As equipes do INCT-Herbário Virtual e do CRIA agradecem o interesse em formar a parceria e estão à disposição para dar o suporte necessário para fortalecer o Herbário Anchieta-PACA, ampliando sua visibilidade, o reconhecimento institucional e tornando a coleção cada vez mais viva.

Padre Rick, retrato em tela de Ronaldo Wasum, 1982.
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CRIA

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Texto

  • Ricardo Braga-Neto e Maria Salete Marchioretto

Fotos

  • Ricardo Braga-Neto

3 de out. de 2014

Herbário VIC se integra ao INCT-Herbário Virtual

Representando um dos maiores acervos de plantas do estado de Minas Gerais, o Herbário VIC da Universidade Federal de Viçosa (UFV) passou a disponibilizar parte do seu acervo na rede speciesLink. Estão disponíveis de forma aberta e livre cerca de 17.500 registros, compostos principalmente por angiospermas provenientes de diferentes ecossistemas e biomas do Brasil.

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Prédio do Herbário VIC, na Universidade Federal de Viçosa (UFV).

O Herbário VIC foi fundado em 1930 por Ynes Mexia. Ele está sob a responsabilidade do Departamento de Biologia Vegetal da Universidade Federal de Viçosa (UFV). É um herbário regional, com 54.000 espécimes e 42 exemplares-tipo, sendo o terceiro acervo do Estado de Minas Gerais. Botânicos ilustres depositaram parte de suas coleções no acervo do VIC, como: Agnes Chase, Howard S. Irwin e J. G. Kuhlmann. Seu acervo é constituído por algas, fungos e plantas, principalmente, Angiospermas provenientes de diversos ecossistemas do estado de Minas Gerais: caatinga, campo rupestre, cerrado, florestas semideciduais e ombrófilas incluídas no domínio da Floresta Atlântica, bem como, de outras regiões do Brasil.

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Exsicata do acervo do herbário VIC.
A comissão curadora é formada pelas professoras Rita Maria de Carvalho Okano e Flávia Cristina Pinto Garcia ( responsável pela informatização) e pelo professor Pedro Bond Schwartsburd. A informatização do Herbário VIC utilizando o Brahms teve início em 2010 com o projeto "Estruturação e Informatização de Coleções Biológicas da Universidade Federal de Viçosa", apoiado no Edital BIOTA Minas, FAPEMIG CRA-APQ-03537-09, sob coordenação de Flávia Garcia.

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Fernanda Lobão (técnica do herbário VIC) consultando o acervo de fungos.

No momento estão disponíveis 17.480 (~32%) registros online, em sua maior parte de plantas com destaque para a família Fabaceae. O acervo cobre uma extensa área do território nacional com coletas em todas as regiões do Brasil, mas com maior densidade na região sudeste.

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1 de out. de 2014

Herbário ICN integra imagens de 400 espécimes-tipo à rede INCT-Herbário Virtual

Durante visita realizada pela equipe do INCT-HVFF para discutir a qualidade dos dados integrados ao Herbário Virtual, foi realizada a associação de imagens aos registros textuais de cerca de 400 espécimes-tipo do herbário ICN. Em breve mais imagens serão disponibilizadas.

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Integrantes do herbário ICN acompanhando a visita da equipe do INCT-Herbário Virtual.

O Herbário ICN, da UFRGS, é uma das principais referências no Rio Grande do Sul em pesquisa para docentes, pesquisadores e alunos em diferentes áreas do conhecimento. É o maior acervo do estado, com cerca de 160.000 exemplares, abrangendo Angiospermas, Gimnospermas, Monilófitas, Briófitas, Algas, Fungos e Líquens, incluindo 440 espécimes-tipo de plantas, em sua grande maioria da flora do RS. Desde 2011 disponibiliza seus dados online na rede speciesLink de forma livre e aberta. Atualmente cerca de 90.000 (~56%) espécimes estão informatizados e disponíveis para consulta online, incluindo imagens de cerca de 400 espécimes-tipo.

O herbário ICN possui uma excelente infraestrutura para abrigar as coleções de plantas e fungos, além de uma equipe técnica permanente formada por vários biólogos que atuam na curadoria. Durante a visita foram realizadas atividades direcionadas à melhoria da qualidade dos dados diponibilizados utilizando ferramentas desenvolvidas pelo CRIA, como o relatório de data Cleaning, ferramentas geográficas e novidades na interface de busca do speciesLink. A equipe do herbário tem trabalhado ativamente na resolução da maior parte dos problemas do banco de dados da coleção, reduzindo erros de grafias de nomes de autores, nomes científicos, informações gerenciais e dados geográficos, mas até a visita não haviam imagens associadas.

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Densidade de registros do herbário ICN disponibilizados na rede INCT-Herbário Virtual.

O herbário ICN já dispõe de um sistema preparado para digitalizar as exsicatas, contando com uma câmera digital e flashes montados em uma estrutura fixa que permite a obtenção de imagens rapidamente em ótima qualidade, o que contribui para agilizar a obtenção das imagens. O procedimento de envio das imagens foi discutido com a equipe técnica e cerca de 400 imagens dos espécimes-tipo foram integradas à rede, permitindo a consulta das informações de forma aberta e livre por qualquer pessoa interessada.

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O equipamento usado para obtenção das exsicatas é simples, econômico e funcional.

Um ponto que merece destaque é a organização física das exsicatas na coleção, que está baseada sistema APG III, o mais recente utilizado na classificação de plantas. Isso exigiu bastante trabalho para organizar as dezenas de milhares de exsicatas nos armários, mobilizando a equipe técnica para completar a tarefa no menor tempo possível. Entretanto, depois disso as exsicatas ficaram fáceis de serem localizadas de acordo com a família e o gênero. No sistema APG III a tarefa de completar informações de ordem e filo, por exemplo, é facilitada. A inclusão de dados nesses campos melhora a qualidade das informações disponíveis e aumenta a eficácia das buscas na rede (veja mais detalhes aqui). A coleção atualmente utiliza o software Access para gerenciar seus dados, mas pretende começar a utilizar o software BRAHMS. Para isso, um treinamento de pelo menos uma semana está sendo planejado.
ICN logo
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Texto e imagens

  • Ricardo Braga-Neto e Flávia Pezzini

29 de jul. de 2014

Novas funcionalidades do sistema Lacunas de Conhecimento da Flora e dos Fungos do Brasil

O sistema Lacunas (lacunas.inct.florabrasil.net) foi atualizado. Além da informação sobre o status dos dados de determinada espécie, gênero, família ou outro grupo taxonômico, agora também é possível avaliar a evolução qualitativa do Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, uma vez que os relatórios anteriores também estão disponíveis online.

FIGURA 1. SCREENSHOT DO WEBSITE DO SISTEMA LACUNAS DE CONHECIMENTO DA FLORA E DOS FUNGOS DO BRASIL. A SETA VERMELHA APONTA O MENU ONDE SE PODE ESCOLHER DIFERENTES VERSÕES DO RELATÓRIO.

O sistema Lacunas foi desenvolvido integrando dados e informações da rede speciesLink, da Lista de Espécies da Flora do Brasil (ed. 2012), da Instrução Normativa MMA no. 06 e da Lista de Espécies Ameaçadas de Extinção da Fundação Biodiversitas e produzindo relatórios sobre o status da informação disponível online (Fig. 2).

FIGURA 2. DIAGRAMA ILUSTRANDO COMO O RELATÓRIO LACUNAS É GERADO.
Os dados de ocorrência de plantas da rede speciesLink, a Lista da Biodiversitas e os Anexos I e II da Instrução Normativa MMA no. 06 são filtrados pela Lista de espécies da flora do Brasil, edição 2012, isto é, apenas registros com nomes de espécies presentes na Lista são considerados na preparação do relatório (mais detalhes em http://blog.cria.org.br/2013/06/lacunas.html).

Assim, por um lado tem-se uma rede de herbários altamente dinâmica que apresenta uma média de duas atualizações por mês por provedor e por outro lado tem-se o sistema Lacunas que demanda tempo de processamento, o que inviabiliza que seja disponibilizado de forma dinâmica, em tempo real. Como um dos objetivos do sistema é facilitar a identificação de lacunas de dados online e dessa forma contribuir para a definição de estratégias de pesquisa e fomento, foi definido um intervalo de seis meses para a produção de novas versões do relatório. Assim, quando se faz uma busca no sistema Lacunas, o resultado obtido traz os registros que estavam disponíveis na rede speciesLink na data em que o relatório foi gerado (mais detalhes em Canhos et al. 2013).

O primeiro relatório data de setembro de 2012, utilizando a versão dinâmica da Lista de Espécies da Flora do Brasil. A partir de janeiro de 2013 os relatórios foram gerados utilizando a Lista de Espécies da Flora do Brasil edição 2012 como base, que apresenta 4.222 espécies de Algas, 31.900 Angiospermas, 1.531 Briófitas, 4.557 Fungos, 26 Gimnospermas e 1.212 Pteridófitas, totalizando 43.448 nomes aceitos de espécies.

Comparando os resultados do relatório Lacunas de janeiro de 2013 com o de julho de 2014, utilizando como filtros a seleção de nomes aceitos e seus sinônimos, a comparação fonética dos nomes e a inclusão de registros com ou sem coordenadas geográficas (ou seja, os critérios que procuram recuperar o maior número possível de registros), tem-se que mais de 1.600 espécies, anteriormente sem nenhum registro, passaram a ter dados online. Em termos percentuais o número de espécies sem registros caiu de 19% (8.176 de um total de 43.448) para 15%.

Analisando os dados considerando registros com coordenadas geográficas consistentes e distintas, incluindo sinônimos e realizando a comparação fonética dos nomes, tem-se que mais de 2.500 espécies, antes sem nenhum registro com coordenadas consistentes, passaram a ter pelo menos um ponto de ocorrência online, com coordenadas consistentes. Em termos percentuais o número de espécies sem registros com coordenadas geográficas consistentes caiu de 26% (11.188) para 20% (8.684). Além disso, o número de espécies com mais de 20 pontos com coordenadas consistentes e distintas, para as quais bons modelos de nicho ecológico podem ser gerados, aumentou em 5%. Trata-se, portanto, de uma avaliação qualitativa dos avanços na disponibilização de dados de herbários online.

Referências
Canhos, D. A. L., Sousa-Baena, M. S., Souza, S., Garcia, L. C., De Giovanni, R., Maia, L. C., & Bonacelli, M. B. M. (2014). Lacunas: a web interface to identify plant knowledge gaps to support informed decision-making. Biodiversity and conservation 23(1): 109-131.