trans_array函数存在潜在bug

[louhao1129]

处理GSE28491发现
原始exp探针数：18,391
ids中有映射的探针数：16,354（丢失2,037个，约11%）
实际唯一基因数：10,479
转换后实际行数：7,884（损失很大！）
根本原因
问题出在 trans_array 函数的实现上。关键代码：

ids = ids[!duplicated(ids$symbol), ]  # 先在整个ids(41937个)上去重，保留每个symbol的第一个探针
exp = exp[rownames(exp) %in% ids$probe_id, ]  # 然后才看哪些在exp中

这一行代码的问题：

它在 整个 ids（41937个探针）上对 symbol 去重，只保留每个基因的第一个 probe_id。但这个第一个探针可能根本不在你的 exp 中

具体例子
假设：

ids 中基因 ABC 有10个探针：probe1, probe2, ..., probe10
trans_array 去重后只保留 probe1
但 exp 中只有 probe3, probe5, probe7
因为 probe1 不在 exp 中，所以基因 ABC 的所有探针都被过滤掉了
但实际上 exp 中有 probe3, probe5, probe7，应该至少保留一个！