2003年，布雷默签署刑事豁免命令，规定所有美国驻伊人员都享有刑事豁免权，也包括黑水公司，2003年9月16日，美国黑水保安公司在护送车队途径巴格达曼苏尔区时，就射杀了21名伊拉克无辜妇女和儿童，引起了伊拉克民众的深恶痛绝，2004年4月4日美军士兵和黑水公司雇员在纳杰夫开火射杀了数百名抗议的民众。 6park.com
2005年，黑水公司在伊拉克共开枪200起，其中84%都是胡乱开枪，毫不顾及平民的死伤，黑水公司雇员醉酒后曾枪杀了伊拉克副总统阿迪勒.阿卜杜勒.迈赫迪的保镖，事后黑水公司将其运送出境了事，劣迹斑斑的黑水公司在伊拉克引起反美情绪高涨，许多伊拉克人游行高呼“美国人是恐怖分子”。伊拉克内政部长博拉尼严厉称其行为是“令人发指的罪行”，宣布吊销黑水公司营业执照，要求该公司立即离境，禁止其雇员在伊拉克活动，伊拉克国防部长贾西姆称黑水公司雇员应该被判处死刑。伊拉克政府宣布由于“黑水公司雇员不尊重伊拉克人民的权利”，希望美国政府6个月内终止黑水公司一切合同,并向伊拉克受害者家属赔偿1.36亿美元的。除了黑水公司，还有其他私人军事公司参与了在伊拉克和阿富汗的军事行动。期间曾多次涉嫌射杀平民，2004年，提供审讯人员和翻译的巨人公司在监狱中采用酷刑手段残虐待未定罪，2005年5月，美国扎帕塔程公司16名雇员向驻扎在费卢杰的美海军陆战队开枪，被关押三天后遣送回国，没有人受到指控。 6park.com
2005-2006年，美国卡斯特战斗保安公司雇员为了尽快通过交通拥堵开枪射杀平民，并从一辆载有儿童的车辆上轧过。 6park.com
2006年，黑水公司雇员的SUV在与一辆美军“悍马”车碰撞，黑水公司雇员还将美军士兵缴械，强迫他们趴在地上检查。 6park.com
2006-2007年，美国三篷保安公司主管无故射杀伊拉克平民，事发后仅以没有及时汇报为由解雇了事，美国国务卿赖斯曾向伊拉克总理马利基道歉，承诺将进行“透明、公正”的调查，杜绝这类事件再次发生。 6park.com
根据最新的美国海军陆战队作战条令，美海军陆战队“前沿—由海向陆”的时代已经结束，美国海军陆战队未来将以私人军事公司联手行动，甚至由私人军事公司来实施原本应由美海军陆战队执行的任务。